Durante la ocupación de Colima por las fuerzas imperiales, se llevó a cabo la reestructuración territorial y administrativa del país, mediante el Estatuto Provisional del Imperio Mexicano (10 de abril, 1865). Según éste, se creaban ocho grandes comisarías imperiales integradas por departamentos. A la Comisaría de Guadalajara se le asignaron los departamentos de Jalisco, Colima, Aguascalientes, Zacatecas, Nayarit, Michoacán, Tancítaro y Coalcomán. De acuerdo con tal división, el departamento de Colima aumentó en extensión territorial y tras diversas gestiones realizadas por José María Mendoza, prefecto superior del nuevo departamento, se crearon los distritos de Colima, Manzanillo, Zapotlán, Sayula y San Gabriel. Colima, no obstante, por aquellos días vivió algunos sueños, como cuando Tranquilino Alemán visitó la ciudad trayendo consigo el primer globo aerostático. El 8 de junio de 1865, estuvo haciendo maromas a gran altura ante el congojo de las señoras, las argumentaciones científicas de los notables y la extremada atención de la chiquillería.
El imperio de Maximiliano, sin embargo, tenía las horas contadas, sobre todo cuando perdió el apoyo de Napoleón III. Aparte de la tragedia que la guerra cosechaba en los campos de batalla, la represión ejercida por las autoridades, tanto liberales como imperiales en sus correspondientes territorios, iba en aumento. En Colima, el prefecto José María Mendoza y la corte marcial creada para perseguir de oficio a quienes resistieran al imperio, pusieron manos a la obra. La sociedad estaba entre la espada y la pared. Dentro, las drásticas medidas dictadas por la autoridad imperial; afuera, la proliferación de los guerrilleros, en especial los comandados por Julio García, quien hostilizaba la región desde Trojes.
Cuando el Jefe de gendarmería imperial general Alfredo Berthelin, más conocido por la Avispa, pasó por Colima hacia Manzanillo custodiando una conducta, Mendoza creyó que era la oportunidad de combatir a Julio García. Aceptó Berthelin la propuesta a su regreso de Manzanillo. Corría el mes de noviembre de 1866. En un paso llamado El Guayabo, las fuerzas imperiales sucumbieron ante los guerrilleros de Julio García. La cabeza de la Avispa fue primero colocada en una escarpia en la hacienda de Trojes como trofeo de guerra; luego, introducida en una castaña de alcohol y remitida a Colima. Un mes después, en las cercanías de Jala, los conservadores sufrieron otro descalabro. Terminaba el año de 1866 y el desorden en las fuerzas imperiales iba creciendo. El 21 de diciembre caía Guadalajara. El general imperialista Felipe N. Chacón, huyendo, llegó con 2 000 hombres a Colima y destituyó a Mendoza, quien de inmediato se dio a la fuga embarcándose para Nayarit. Chacón se dedicó a fortificar la ciudad. A mediados de enero de 1867 hicieron acto de presencia las fuerzas de Julio García y Antonio Guadarrama teniendo varios encuentros sangrientos en La Cruz Gorda, por el rumbo de Villa de Álvarez, sufriendo por ambas partes numerosas bajas. El 31 del mismo mes arribó el general Ramón Corona, jefe supremo del Ejército Republicano de Occidente. Ante su presencia la ciudad se rindió y se firmó un armisticio. Evacuada la plaza por el general Chacón, Corona hizo su ingreso y restituyó en la gubernatura a don Ramón R. de la Vega el 2 de febrero. Don Ramón designó por presidente municipal al villalvarense Miguel Bazán. Días despues, Corona regresaba a Guadalajara llevándose consigo a algunos elementos locales cuyas pretensiones podían colocar en dificultades al gobierno apenas restablecido.
El 15 de mayo de 1867, en Querétaro se derrumbaba el imperio y el emperador Maximiliano era fusilado. Con su muerte, moría un proyecto de nación para instaurarse otro.
