Diez años habían transcurrido desde el asesinato del primer gobernador del Estado, general Manuel Álvarez, hasta que constitucionalmente protestaba don Ramón R. de la Vega el 1° de noviembre de 1867 su gubernatura. Diez años durante los cuales hombres ajenos a Colima y a su identidad llevaron las riendas del poder enarbolando banderas distintas. Diez años en que la autonomía de la nueva entidad no existió y en los cuales, una vez más, Jalisco llevó la voz cantante. En esos años dolorosos y sangrientos, la buena convivencia en Colima sufrió serios embates y se agriaron las relaciones en el interior de la misma sociedad.
Años también de violencia, de fuertes contingentes militares, de proliferación de partidas de guerrilleros, trajeron consigo la destrucción sistemática de siembras y cosechas, de ranchos y haciendas. Arboles y ganados fueron desapareciendo del paisaje del estado. La destrucción ecológica fue una de las más graves consecuencias que trajo aquella triste década. Por otra parte, una vez más, Manzanillo destacó como lugar estratégico para el contrabando, la importación de armamentos y salida de efectos, a pesar de las enormes dificultades de tránsito existentes entre el puerto y la capital del estado. Los sucesivos proyectos para crear una línea de vapores a través de la laguna de Cuyutlán y construir un tramo de ferrocarril desde el desembarcadero de los mismos hasta Manzanillo, no se pudieron llevar a efecto.
Aquellos años dejaron también otras ruinas.
Los restos de las partidas de guerrilleros, acostumbrados al saqueo y al pillaje, no podían fácilmente incorporarse al nuevo orden. El bandolerismo se hizo endémico y fue extendiéndose por la región y las comarcas vecinas. Tantos hombres de tropa de uno u otro bando, habían dejado por todas partes un reguero de desolación y de familias desintegradas. Empobrecido el país, destruidas las estructuras productivas, muchos de aquellos soldados ahora engrosaban las filas del paro. Los vagos formaban tropeles que deambulaban de un punto a otro de la geografía, incrementando los índices de la delincuencia y el temor de los vecinos bien pensantes que no se atrevían a cruzar los desolados caminos. El comercio se abatió y el riesgo por hacer inversiones frenaba las urgentes medidas a aplicar para poner en pie a la nación.
Por otra parte, también en Colima se dio durante estos años una importante recomposición de la propiedad rústica y urbana a causa de la desamortización de los bienes eclesiásticos y otras corporaciones. Pero a pesar de todos los problemas se acordó la contratación del alumbrado de la ciudad de Colima y se inauguró el telégrafo en la capital del estado y en Manzanillo.
Entre 1860 y 1880 Colima experimentó en el plano económico una fuerte expansión, basada, en una primera fase, en el auge comercial, que coincidió con una gran demanda de algodón y la exportación de grandes cantidades de productos locales a los Estados Unidos en momentos en que este país padecía la guerra civil. Al parecer, esta rápida expansión comercial empezó a destruir una economía cerrada y autosuficiente y vinculaba a Colima, a través de un comercio vigoroso, con Europa y Norteamérica.
Como capital, Colima era el centro del comercio: intercambiaba principalmente arroz, azúcar, café, frutas tropicales, limones, algodón y otros productos agrícolas y mineros que pasaban hacia Manzanillo para ser embarcados a Europa y a los Estados Unidos. También su producción se vendía a otras partes del país. A Colima, en cambio, llegaban todo tipo de productos manufacturados, principalmente de ferretería y otros implementos agrícolas y maquinaria. Las telas, los embutidos, las medicinas y los vinos también ocuparon un lugar importante en el intercambio.
Colima se convirtió así en un centro importante de distribución hacia el interior, particularmente con los estados de Michoacán y Jalisco, con lo cual el incremento del tráfico comercial y de la arriería fue notable; los empleos aumentaron, las pequeñas villas crecieron y, en general, se expandieron las actividades económicas.
En el orden político, Francisco Santa Cruz fue nombrado gobernador, cargo que desempeñó hasta 1873. En 1874, y hasta 1877, Filomeno Bravo fue el nuevo gobernador. Durante este tiempo se fundó el Liceo de Varones; se inauguraron varias obras de importancia, tanto públicas como de salubridad. En 1877 su tardía adhesión al Plan de Tuxtepec fue la causa de que Porfirio Díaz lo sustituyera por el general Doroteo López.
Colima, un estado que si bien había padecido durante largos diez años las inclemencias de la guerra y los graves daños en su identidad, no se había dividido interiormente con la acritud manifestada en otras regiones. Un factor de estímulo y renovación fue la actitud del clero local y de algunos vecinos que pusieron empeño por crear la diócesis de Colima. Aquel movimiento esperaría años hasta cuajar, pero la demora sirvió para dar articulación y vida a una sociedad maltratada y malherida.
