Tampoco debemos descartar el papel ejercido por la Iglesia, o al menos por algunos de sus miembros. Impulsado por el obispo Atenógenes Silva, a partir de 1900 se desarrolla el movimiento social católico, que tuvo como protagonistas mayores en Colima a los padres Ursúa y Carrillo. Ellos, junto con un menguado número de sacerdotes y laicos, fundaron en nivel nacional la Obra de los Congresos y celebraron varios de ellos. Aquellos pioneros tenían por retos, entre otros, la gravísima situación de los campesinos, faltos de tierra y en condiciones infrahumanas, el riesgo del socialismo en el medio obrero, y el alcoholismo como enfermedad social. Entre los instrumentos que promovieron para la solución de los graves problemas sociales a la luz de la encíclica de León XIII, Rerum novarum (1892), estuvieron la creación de los círculos católicos y el fomento de las cajas de ahorro, además de las tradicionales obras de beneficencia: asilos, hospitales, escuelas, etcétera, para más tarde propiciar la creación del Partido Católico Nacional y los sindicatos. En varias parroquias de la diócesis de Colima funcionaron aquellos círculos, integrándose campesinos, obreros y propietarios, paliando en alguna medida los dolorosos efectos de la pobreza y la injusticia. Para John Adrian Foley, "en Colima, a diferencia de otras partes de la República, la Iglesia estaba no sólo más cerca de los corazones de la gente, sino más enredada en su idea de progreso".
Mientras, en la capital de la República caían asesinados Madero y Pino Suárez, y el general Victoriano Huerta ocupaba la presidencia. Alamillo se aprestó a reconocer el nuevo régimen. A pesar de ello, en ciertos medios locales se veía que la situación del gobernador Alamillo había venido a menos y era la oportunidad de derrocarlo. El complot fue urdido por J. Cruz Campos, maestro en Comala, a quien se unieron Eugenio Aviña y el doctor Miguel Galindo, apoyados por Félix Díaz desde México y subvencionados por el acaudalado comerciante colimense Blas Ruiz. El gobernador Alamillo, tan pronto tuvo noticias del alzamiento, envió a sus fuerzas en persecución de los amotinados que se habían refugiado en las inmediaciones de Juluapan. Tras horas de combate, fueron desalojados. Cayó muerto el profesor Campos en el campo de batalla; los demás huyeron, siendo aprehendidos algunos que de inmediato fueron ejecutados en el cementerio de Villa de Álvarez. Llevando los cadáveres atravesados en las monturas y atados con fuertes reatas, entró la tropa capitaneada por el coronel Romualdo Sánchez por las calles de Colima.
Aquella noche, en la Plaza Principal y frente a Palacio, una multitud se hizo presente en señal de protesta por la masacre. Daban la cara como corifeos de aquella manifestación Francisco Cruz Ceballos y Francisco Santa Cruz Ramírez, hijo y nieto respectivamente del ex gobernador Santa Cruz, y los gritos alcanzaron a Alamillo: "¡Viva el general Félix Díaz! ¡Viva el general Huerta! ¡Muera el mal gobierno!" Cuando Alamillo salió al balcón para dirigirse a la multitud, lo recibieron con gritos y disparos. Desde Palacio, simpatizantes del gobernador y la fuerza pública respondieron al fuego. La multitud se dispersó quedando los cadáveres sobre el suelo.
Al día siguiente, Trinidad Alamillo tuvo que salir de emergencia a la ciudad de México, llamado por el gobierno de Huerta. Ya no regresó como gobernador. Detrás de él quedaron, sin embargo, su memoria y las huellas de su trabajo: llenó de árboles el parque Hidalgo, pavimentó la Plaza Principal y colocó en ella un kiosco importado de Alemania, impulsó la educación con la colaboración de Abraham Castellanos, erigió una escuela industrial para huérfanos en lo que fue un día la fábrica de La Atrevida, y estimuló la plantación de palmas de coco en todo el estado. Resentido con Huerta por haberlo desplazado del poder, Alamillo se levantaría en armas en su oportunidad y en favor del constitucionalismo.
A mediados de julio de 1914, ante la presencia cercana de Obregón, el Congreso local designó una delegación integrada por Ignacio Gamiochipi, el doctor Gerardo Hurtado y Salvador Ochoa para que acudieran a la hacienda de Quesería, donde estaba el campamento carrancista, a ofrecer la entrega pacífica de la capital y del estado. Ochoa, a medio camino, desistió de la tarea; los otros dos, al presentarse ante Obregón, fueron detenidos. Sabiendo que la plaza estaba desguarnecida, éste ordenó al coronel Jesús Trujillo ocupar la plaza con una avanzada de 400 yaquis sin entrar en componendas con grupo alguno; además dio instrucciones a la guerrilla de Alamillo de secundar la operación. Divididos en dos grupos, entraron en la ciudad por la calzada Galván y por el curso del río de Colima, para encontrarse en la Plaza Principal.
Los funcionarios del gobierno esperaban la entrada pacífica del ejército carrancista, pero al ver huir al gobernador, corrieron a la estación de ferrocarril para escapar hacia Manzanillo. En la estación, ya ocupada por los yaquis, fueron detenidos y algunos de ellos pasados por las armas. Entre los cadáveres quedó Darío Pizano, a quien Gonzalo Suárez disparó a quemarropa, saldando así la venganza por el crimen que aquél había cometido en Tepames cinco años atrás. El día 19 de julio aún consumiría más sangre. Trujillo y sus yaquis se dirigieron a la hacienda de la Albarradita, donde estaban acuartelados 100 federales. Aun cuando el oficial que estaba al mando de aquellos rurales se entregó, Trujillo ordenó fusilar a todos.
Al frente del Ejecutivo quedó Juan G. Cabral, a quien siguieron Eduardo Ruiz, Ignacio Padilla y Juan José Ríos. Apenas ocupó este la jefatura del estado fue llamado a Guadalajara, dejando en su lugar a Wistano Orozco. A los pocos días empezaron a merodear en las cercanías partidas villistas. El 28 de noviembre de 1914 atacaron la ciudad de Colima pero fueron desalojadas por Orozco. Ese mismo día, temiendo el regreso de los atacantes, Wistano Orozco tomó el tren hacia Manzanillo. El 29, al saber de la huida del gobernador, los villistas entraron en la capital entre música, cohetes y repiques de campanas. Al frente de ellos venían Rafael Gómez Espinosa, rico terrateniente de la localidad, y su hijo Fidel, que entraron en palacio. De inmediato fue elegido gobernador Gómez Espinosa. Todavía estaba festejando el acontecimiento cuando le alcanzó el rumor de que los yaquis, al son de tamborcillos, entraban por las calles de Colima. El pánico cundió entre todos y se dieron a la fuga. Gómez Espinosa sólo fue gobernador 12 horas.
A pesar de las múltiples interrupciones que por motivos militares tuvo durante su gubernatura, Juan José Ríos —según Blanca Gutiérrez Grageda— "imprimió una profunda huella en la sociedad colimense", desde que se hizo cargo del puesto a fines de 1914 hasta que restableció el orden constitucional en 1917.
Al ritmo de lo que acontecía en otras entidades federativas, en Colima el gobierno constitucionalista acusó al clero de haber venido explotando la ignorancia y el fanatismo de las masas, y prohibió el cobro del "diezmo, las primicias y otras gabelas" por "antieconómicos" e "inmorales". Además, incorporó a la beneficencia pública el Hospicio para Niñas, el correspondiente de niños y el colegio de San Luis; incautó el seminario, el obispado y algunos templos, erigiendo en el del Beaterio una biblioteca pública, inaugurada por Venustiano Carranza cuando visitó Colima. La política anticlerical fomentada por Juan José Ríos fue, sin duda, motivada por las ideas imperantes en el momento y no tanto por efecto de la situación eclesial colimense. John Adrian Foley acierta cuando dice: "por ello los ataques en su contra fueron más bien ataques contra Colima y su gente". Las consecuencias de aquella política aflorarían un decenio después.
Con la colaboración de Basilio Vadillo, director general de Educación Pública, Juan José Ríos impulsó ésta declarándola de interés público; le otorgó facultades para intervenir en todos los establecimientos de enseñanza y obligar a los particulares a sujetarse a sus lineamientos. Ordenó, además, que los propietarios de haciendas agrícolas e industriales sostuvieran con sus propios medios una escuela para los hijos de sus obreros, quedando prohibido el trabajo de los niños en edad escolar. Por último, estimuló a los maestros aumentándoles el sueldo hasta en 100%; procuró organizarlos con el objeto de que pudieran interpretar de modo uniforme las leyes del ramo, programas escolares y disposiciones reglamentarias, y también para ventilar en el seno del propio magisterio las nuevas ideas en materia educativa; para ello convocó a un Congreso Pedagógico, restableció la Escuela Normal y adaptó las instalaciones del Colegio Civil para escuela de Artes y Oficios.
Aquel militar no podía soportar, en las circunstancias por las que pasaba la
nación y el estado que gobernaba, el menor asomo de crítica. Denunciando "el
libertinaje de prensa", clausuró El Popular —cuyo propietario era
Salvador Saucedo— y advirtió que no permitiría periódico alguno que no simpatizara
con la causa constitucionalista. Según él, era preciso "ser implacables con
el enemigo" en tanto no triunfara plenamente la Revolución.
