Entre las acciones de guerra más importantes protagonizadas durante le revolución cristera, sin duda estuvo el asalto a Manzanillo por fuerzas combinadas de Jalisco y Colima al mando del general Jesús Degollado. Sorpresivamente, el 24 de mayo de 1928 los cristeros cayeron sobre el puerto. La inesperada presencia del cañonero Progreso complicó los movimientos, pero como éste no podía bombardear a la ciudad, zarpó. A mediodía, los cristeros se bañaban victoriosos en el mar. Sin embargo, hora y media después, arribaba en tren el general Charis. Degollado ordenó la retirada, pero algunos hombres del jefe cristero Lucas Cueva quedaron atrapados en el puerto. Después de intenso combate, Charis recuperó Manzanillo. Las bajas cristeras fueron de entre 55 —cifra que da Spectator— y 123 muertos —según informe de Charis—. Por parte de los federales murieron 29, entre oficiales y soldados, al decir de Charis, y según Spectator hubo más de 300 bajas. Terminado el combate y tras examinar los motivos de la derrota, se culpó al general cristero Alberto Gutiérrez por no haber llevado a cabo la interrupción de las comunicaciones entre Manzanillo y Colima, como se le había ordenado, no sólo cortando el telégrafo sino también afectando la vía férrea. También fueron acusados el general Andrés Salazar y Marcos Torres por no haber amagado Villa de Álvarez y Colima para distraer a las fuerzas federales.
La última fase bélica del conflicto corrió entre los meses de enero y junio de 1929. Al incrementarse la presencia del ejército nacional, las fuerzas cristeras optaron por la que sería su mejor estrategia: las acciones guerrilleras y los ataques sorpresivos en zonas desguardadas, incrementándose las tareas de sabotaje, en particular contra el ferrocarril entre Ciudad Guzmán y Manzanillo. Estos incidentes se hicieron repetitivos. Según el general Charis, los cristeros "tenían una gran red de pequeños y grandes campamentos" en las zonas bajo su control, sin "hacerse visibles, aprovechando bosques y barrancas", se reunían "cuando por sorpresa pretendían asaltar a un tren, batir una escolta de corto efectivo, o atacar algún pequeño destacamento".
Dos factores vinieron a agravar la situación: la rebelión de Manzo y Escobar en el norte, y las lluvias que hicieron crecer los ríos dificultando el movimiento de las tropas. Jean Meyer concluye al respecto:
El pesimismo cundió de tal manera entre los elementos del gobierno que muchos agraristas buscaron acuerdos locales con los cristeros y aumentaron las deserciones entre los federales [...] en tales circunstancias, el estado quedó prácticamente en manos de los cristeros que, para entonces, habían formado sus propios ayuntamientos en los pueblos. La gran ofensiva cristera de marzo, abril y mayo fue seguida por un poderoso contraataque federal a partir del 22 de mayo de 1929; el último y más duro que tuvieron que enfrentar los combatientes del volcán.
Además de las fuerzas de Charis, llegaron múltiples refuerzos: entre éstos, el general Eulogio Ortiz, el segundo hombre más importante del ejército mexicano, con 4 000 soldados, con los generales Lázaro Cárdenas y Figueroa, en tanto que cinco barcos de la marina estaban surtos en Manzanillo y una escuadrilla de aviones en el aeropuerto de Colima. El 22 de mayo empezó el bombardeo sobre los volcanes y el 28 la ofensiva por tierra. Los pilotos tenían instrucciones de bombardear cuanto campamento localizaran y "ametrallar a quienes hallaran en despoblado". Tales consignas obligaban a la población a permanecer reconcentrada en sus pueblos. Era la guerra total.
La gran ofensiva, sin embargo, tuvo endebles resultados. De vuelta a Colima, el balance del general Charis era mínimo: cuatro prisioneros, dos individuos se rindieron y 35 armas habían sido recogidas. Por su parte, aunque hablaba de "notable éxito", el general Ortiz sólo informaba de haber aprehendido a un cristero. El general Figueroa consideró que su ataque desde San Gabriel había sido provechoso dando por resultado la rendición de muchos rebeldes y el desaliento de otros. Su logro mayor había sido capturar 300 familias.
Los cristeros se habían hecho ojo de hormiga. Su táctica ante el ataque frontal de los federales fue desaparecer aquí para resurgir más allá. Pronto, sin embargo, lo que el ejército nacional no pudo obtener en campaña, lo lograría en la mesa de negociaciones. El 21 de junio se hicieron públicos los "arreglos" entre el presidente Emilio Portes Gil, quien asumió el poder tras el asesinato del electo Álvaro Obregón, y los obispos. De inmediato el obispo José Amador Velasco reanudó los cultos y los soldados de Cristo Rey debieron entregar las armas. Charis se hizo cargo de la situación en Colima tras la partida del general Ortiz. Su labor de concordia no resultó fácil, porque algunos cristeros se negaban al indulto y a entregar las armas. No obstante, las muestras de buena voluntad dadas por el militar eran significativas: devolvió a la Iglesia los anexos de la Catedral ocupados por la Jefatura de Operaciones y liberó a todos los civiles acusados de rebelión. Con la ayuda del padre Enrique de Jesús Ochoa, Charis pudo al fin convencer a los cristeros. El 31 de julio daba por concluida la campaña. "Venciendo obstáculos de consideración, propios de pasiones nacidas entre elementos regionales de criterio opuesto", al fin triunfaron los anhelos de paz.
No se puede olvidar una realidad: aquellos años fueron de guerra civil, a la que se fue llegando poco a poco y, por lo mismo, tras tantas tragedias y miserias, también poco a poco sus heridas fueron sanando. Además, ha sido presentado con frecuencia el cristero como un movimiento contrarrevolucionario y fanático: tuvo de lo uno y de lo otro, lo mismo que sucedió en el campo contrario y en el discurso oficial durante décadas. Pero también tuvo características muy definidas de "revolución": se combatió por la justicia, las libertades y la democracia aunque a muchos les cueste trabajo entenderlo. Fue, sin duda, el despertar de las conciencias.
