A raíz de la conquista militar, y con igual grado de intensidad, se da lo que Robert Ricard ha llamado la conquista espiritual de la Nueva España Su fin principal era la incorporación de los naturales al mundo cristiano de Occidente por medio de la religión católica.
En 1523 desembarcaron los primeros franciscanos: fray Juan de Tecto, fray Juan de Aora y fray Pedro de Gante, quienes comenzaron otro periodo en la historia del dominio de la Nueva España.
Se establecieron en Texcoco e iniciaron desde allí la evangelización de los naturales. Fray Pedro de Gante, junto a sus tareas misionales, estableció la primera escuela para niños indígenas donde se enseñaba música, artesanías, lectura, escritura y doctrina cristiana. La acción evangélica se enfocó hacia los menores por la mayor facilidad de acción entre ellos, ya que podían aprender con gran rapidez la lengua castellana y a su vez enseñar náhuatl a los misioneros. Aunque algunos adultos hablaron pronto el idioma de Castilla, su catequización se retrasó por su modo de vida basado en antiguas creencias.
Al año siguiente llegaron "los doce", bajo el mando de fray Martín de Valencia. Celebraron su primera misa en Texcoco, donde percibieron cómo la labor de fray Pedro de Gante empezaba a dar frutos. Los misioneros desempeñaron el papel de constructores del nuevo orden establecido. Quizá, sin quererlo, fueron el instrumento definitivo de la dominación, pues poco a poco, pero con gran eficacia, transformaron al indígena en súbdito español.
La gigantesca tarea de cristianización de los nativos del Nuevo Mundo consideró la satisfacción de las dos partes, el conquistador y el conquistado, a fin de que la obra no se perdiera ni quedara aislada. Hubo de enfrentar un mosaico de climas y lenguas autóctonas complejas: náhuatl, otomí, matlatzinca, mazahua, ocuilteca y, en las fronteras con Michoacán, tarasco. Se pusieron en práctica algunos vocabularios, gramáticas y métodos especiales para enseñar la doctrina. Se utilizaban indios instruidos en la doctrina cristiana, seguramente trilingües, que reunían cada domingo grupos de indígenas con la misma lengua. El catequista de cada grupo durante una hora enseñaba primeramente en latín y después en la lengua nativa. Había sesión de preguntas y respuestas. Al final, el cura oficiaba la santa misa y predicaba el sermón, de preferencia en náhuatl.
En 1525 tuvo lugar "la primera batalla al demonio"; los frailes ahuyentaron a todos los que estaban en los templos indígenas y persiguieron la idolatría que se ocultaba tras las imágenes católicas. Empezaron la evangelización sistemática administrando los sacramentos de la penitencia (confesión) y el matrimonio, instruyendo convenientemente a los nuevos feligreses. Se combatió la poligamia acostumbrada desde los tiempos prehispánicos. Los principales indígenas tuvieron que decidir cuál de sus numerosas mujeres sería la legítima. Para dar mayor importancia social al matrimonio, en Texcoco éste fue solemne y con grandes festejos.
Conforme aceptaban el cristianismo, los indios se mostraban diligentes en la construcción de los nuevos templos. Ellos mismos cargaban las piedras y las vigas, hacían la cal, los adobes y los ladrillos. Para 1541, fecha en que Motolinía escribió sus Memoriales, este fraile contó más de 400 templos cristianos erigidos en los pueblos importantes de las cabeceras de Texcoco, Tlalmanalco y Chalco; Tenayuca, Cuautitlán, Otumba, Tepeapulco y Cempoala.
Texcoco, uno de los principales conventos de la provincia del Santo Evangelio, trabajó afanosamente en los primeros 20 años de evangelización. En este lugar la labor misional de fray Pedro de Gante dejó huellas tan profundas entre la población que el arzobispo Montúfar llegó a decir: "El arzobispo de México no soy yo, sino fray Pedro de Gante."
En la región de Chalco, un incendio fue el preludio de la evangelización. Los templos indígenas de Amaquemecan, Tlalmanalco y Tenango se consumieron en llamas. Sobre sus cenizas, aún calientes, el agua de los bautismos apagaría la idolatría. Así empezaron los franciscanos. Después vendría la labor de convencer a los nobles de que dejaran la poligamia y se casaran con una sola mujer.
A partir de 1524 se empezaron a fundar conventos en los grandes centros indígenas de importancia política y religiosa. Los franciscanos abrieron brecha al apostolado en el México central, sus fundaciones se multiplicaron entre 1525 y 1531, y con la llegada de las otras dos órdenes mendicantes —dominicos en 1526 y agustinos en 1533— se hizo una red de comunicación entre los diversos conventos establecidos en la Nueva España.
Se fundó la custodia del Santo Evangelio en 1524, creándose como provincia en 1535. México fue promovido a arquidiócesis en 1546, quedando sujetas a ella todas las catedrales de América. Las tres órdenes mendicantes acordaron su delimitación geográfica. Los franciscanos se establecieron en la región de Puebla y en el Centro de México, en lo que serían los futuros estados de México, Morelos, Hidalgo y Tlaxcala. Los dominicos extendieron su actividad a los lugares vacantes del valle de México, Puebla y Morelos, además de toda la zona mixteca-zapoteca con Oaxaca como Centro. Los agustinos sembraron la fe en tres direcciones: un área meridional, otra septentrional, entre los otomíes, y la última occidental, hacia Michoacán. Se establecieron en la región fronteriza de los actuales estados de Guerrero y Morelos, y en los años de 1537 y 1543 se instalaron en Ocuilan y Malinalco, respectivamente, en el valle de Toluca, y en algunos lugares del valle de México como Acolman, Ayotzingo, Tecamac y Tepexpan de acuerdo con el capítulo de 1540; por esa misma época fundaron casa en Capulhuac, Tianguistenco y Zacualpan, y en Toluca dos conventos.
A la provincia del Santo Evangelio, comúnmente llamada de México, pertenecían los valles de Toluca y México. Tenía una extensión geográfica de 40 leguas de norte a sur, y de 80 leguas de oriente a poniente, abarcando desde el puerto de San Juan de Ulúa, en Veracruz, hasta el convento de Zinacantepec. En 1585, cuando el padre comisario general visitó la provincia, contaba con 69 casas entre grandes y pequeñas: 38 conventos estaban sujetos al arzobispado de México, 30 al de Tlaxcala y uno al de Cuba.
Un convento o una iglesia parroquial servía de sede a un área geográfica interrelacionada con pueblos menores, con objeto de mantener una comunicación con la población indígena aledaña a dicha cabecera. Las sedes fueron seleccionadas por el tamaño, por el estatus de sus comunidades o por la densidad de la población, sin tener en cuenta las fronteras tribales.
En el valle de Toluca los franciscanos escogieron como cabeceras de doctrina a Toluca, Zinacantepec, Calimaya, Jilotepec y Metepec. En cada lugar se construyó una iglesia con dinero del encomendero o por donación de los mismos naturales. Según el padre Chauvet, la primera fundación fue Toluca en 1529-1530; luego Jilotepec en 1530; más tarde, alrededor de 1569, Metepec y Zinacantepec, y por último Calimaya en 1577, aunque algunas fuentes señalan que esta última se fundó en 1561.
Aparte de las primeras fundaciones franciscanas y agustinas se sabe que el clero secular administró varios pueblos del valle de Toluca a partir de 1535. Almoloya, Amatepec, Atarasquillo, Atlacomulco, Atlapulco, Chapa de Mota, Huitzizilapan, Ixtapan de la Sal, Ixtapan del Oro, Jalatlaco, Jocotitlán, Ocoyoacac, Otzoloapan, Tecualoyan, Temascalcingo, Temascaltepec, Tenango del Valle y Zumpahuacan, entre otros. Sin embargo, fueron los franciscanos quienes dominaron la región y controlaron su economía. El clero diocesano quedó relegado al poniente y sur del valle de Toluca.
En el siglo XVI, en el valle de México, el clero regular estableció conventos en Santiago Chalco, San Andrés Chiautla, San Miguel Coatlinchan, San Buenaventura Cuautitlán, San Cristóbal Ecatepec, San Luis Huexotla, La Purísima Concepción Ozumba, San Juan Teotihuacan, San Antonio de Padua Texcoco, San Luis Obispo Tlalmanalco, Corpus Christi Tlalnepantla y San Lorenzo Tultitlán, asentamientos que luego se ampliaron en el siglo XVII.
En 1528 los dominicos se establecieron en Chimalhuacán, Chalco, Ecatzingo, Ixtapaluca, Tepetlaoxtoc, Tenango Tepopola y Amecameca. Aprovechando la fertilidad de la zona y la abundancia de la fuerza de trabajo, desarrollaron la agricultura y dieron auge a actividades económicas importantes como la arriería, el corte de madera y la fabricación de carbón.
Por su parte, los agustinos se establecieron en San Agustín Acolman en 1555, Ayotzingo, Tecamac y Tepexpan. Los jesuitas llegaron en 1572 a la Nueva España. No se hicieron cargo de curatos o doctrinas en nuestro territorio, como tampoco en lugar alguno de la Nueva España. En cambio, hicieron sentir su influencia desde el colegio de Tepotzotlán, internado de indios y noviciado de la orden, en el suntuoso edificio que es muestra de su riqueza.
En general, el clero regular controló la mayor parte del actual Estado de México. Llama la atención que el clero secular no tuviera ninguna injerencia en el valle de México, que era el más rico y poblado en el momento de la Conquista. Dentro de la Iglesia, los frailes mendicantes regulares y el clero secular comprendían dos grupos poderosos de oposición que lucharon por el control de los pueblos. En el primer momento de la evangelización se habían confiado a las órdenes religiosas poderes parroquiales y sacramentales para la realización de metas misionales, facultades tradicionales de los clérigos de la jerarquía episcopal que consideraban el control parroquial por el clero regular como una intromisión no autorizada.
A fines del periodo novohispano, la Iglesia era ya una institución rica y compleja. Sus doctrinas recibían ingresos de rentas de tierras, hipotecas, cofradías, hermandades, organizaciones caritativas y otros fondos e inversiones, además de las contribuciones regulares de los miembros de la parroquia. Todo esto condujo a que las fricciones se acrecentaran cada vez más, por lo que al cambiar la dinastía Habsburgo por la Borbónica, y con las reformas de gobierno, se decretó en 1756 la secularización de varios de los conventos que estaban en manos de los mendicantes, entre los que se encontraban casi todos los monasterios del valle de Toluca y de México, pasando a formar parte de la arquidiócesis y quedando controlados por el clero secular, con lo que terminó un capítulo importante de la labor misional de la Iglesia.
Así, la conquista militar sometió a los indígenas al poder del imperio español. Algo semejante ocurrió en el terreno espiritual. Clero regular y secular predicaron el evangelio entre los antiguos adoradores de dioses sangrientos. Si bien se suprimieron los sacrificios humanos, se presentaron nuevas formas de religiosidad que no lograron desplazar del todo a las antiguas.
