Al consumarse la Independencia, el país estaba estructurado conforme a una doble división política: la de intendencias y la de diputaciones provinciales. La división por intendencias databa de 1786, siendo una de ellas la de México, que comprendía los actuales estados de México, Querétaro, Morelos, Hidalgo, la mayor parte de Guerrero y el Distrito Federal. La división por diputaciones provinciales era más reciente: se había establecido en la Constitución gaditana de 1812. Las diputaciones provinciales podían abarcar una o más intendencias. Funcionaban en algunos aspectos como una cámara de diputados: la mayoría de sus miembros eran elegidos popularmente, supervisaban la administración de impuestos, promovían la erección de ayuntamientos y la ilustración, así como la implantación del orden constitucional.
La Diputación Provincial de la Nueva España no comprendía todo el virreinato, sino sólo la intendencia de México y, por algún tiempo, otras más. Al igual que las demás diputaciones, siguió funcionando durante el primer Imperio y el periodo preconstitucional, hasta fines de 1823. Su importancia fue grande, pues según Mora "las diputaciones hicieron la Federación". De modo que el Estado de México se originó en dos bases institucionales preexistentes: La Intendencia de México y la Diputación Provincial de la Nueva España.
