Hasta mediados del siglo XVI el movimiento por las costas neogallegas fue apenas el que había entre Culiacán y Barra de Navidad. Pero en 1557 llegó una orden de que zarpara de este puerto una gran expedición en pos de las Molucas y de una ruta que permitiera ir y venir de las Filipinas. La preparación de la empresa, al mando de Miguel López de Legaspi, atrajo una gran derrama económica a la comarca, pero los duros trabajos ocasionaron gran mortandad entre los indios.
La expedición se hizo a la mar el 21 de noviembre de 1564 y llegó a su destino en marzo de 1565. Legaspi procedió en seguida a instalar una colonia que en el futuro proveería de productos asiáticos a América, en tanto que el 1 de junio de 1565 el fraile Andrés de Urdaneta, piloto de la expedición, emprendió el tornaviaje que culminó el 3 de octubre en Acapulco. Se abrió así una ruta comercial transpacífica que traería en seguida grandes beneficios a los comerciantes de Nueva España y de Cádiz, aunque no a los de Nueva Galicia.
No se tienen noticias de contratiempo alguno en este trayecto hasta que, en 1579, el pirata inglés Francis Drake penetró en el Pacífico y asaltó la nao de China frente a las costas de California. En 1587, su paisano, Thomas Cavendish, atacó el litoral neogallego, después de apoderarse del galeón de Manila, destrozando las precarias instalaciones de Chacala, Chamela y Mazatlán. Esto ocasionó la suspensión de expediciones que pretendían explorar California.
A pesar de que en 1580 habían comenzado las incursiones formales a California en busca de perlas, no fue sino hasta 1596 cuando se encargó a Juan Sebastián Vizcaíno reconocer detalladamente su litoral. En 1602, Vizcaíno realizó otro viaje de exploración y levantó una vasta cartografía, recorrió la isla de Cedros y fondeó la bahía que llamaron San Bernabé. Luego, en el mes de diciembre, fundó más al norte un puerto con el nombre de Monterrey.
Esta incursión trajo la idea de que California era una isla, error que perduró casi cien años. Además, atrajo gente de Matanchén, Chacala y Mazatlán, quienes coadyuvaron a establecer un incipiente comercio con algunos pequeños poblados indígenas de sudcalifornia.
Hacia 1561 una fracción del territorio de la Nueva Galicia pasó a formar parte de la Nueva Vizcaya. Fue una extensa franja al noroeste, limitada por los ríos Piaxtla y Cañas, en la que una nueva expedición al mando de Francisco de Ibarra logró establecimientos de españoles más formales. Pero con esta acción la provincia de Culiacán quedó desmembrada del resto del reino. Asimismo, con la creación del obispado de Durango, en 1521, la jurisdicción de la prelatura tapatía se redujo sensiblemente, y lesionó en forma considerable sus ingresos.
Por otro lado, para proteger de los guachichiles el transporte de la plata zacatecana a México y participar de los beneficios que ésta dejaba en su camino, la Audiencia de Guadalajara determinó en 1564 la creación de una población que llevaría por nombre Santa María de los Lagos. Con el mismo fin dispuso, en 1575, el establecimiento de la villa de Aguascalientes.
En 1572, con la llegada del virrey Martín Enríquez a la Nueva España, la audiencia
tapatía quedó prácticamente supeditada a su autoridad; sin embargo, dos años
más tarde ganaría absoluta independencia administrativa del virrey, a la vez
que su presidente, hasta fines del siglo XVIII, desempeñaría al
mismo tiempo el cargo de gobernador de la Nueva Galicia.
