Finalmente, cuando López de Santa Anna arribó a Guadalajara, procedente de Zacatecas en marzo de 1835, fue recibido con grandes honores por los pudientes citadinos y pudo constatar que el orden conservador imperaba en la capital jalisciense. El centralismo triunfante había desplazado a la Constitución de 1824; Jalisco, al igual que los demás estados, pasó a depender más intensamente del gobierno central.
De conformidad con las Bases Constitucionales promulgadas el 3 de octubre de 1835, la designación de los gobernadores quedaría en manos del presidente de la República, convirtiéndolos así en subordinados del gobierno central. Asimismo, los congresos estatales se convirtieron en Juntas Departamentales compuestas por sólo cinco miembros cuya única función sería la de aconsejar a su gobernador. En Jalisco, ya entronizado José Antonio Romero, únicamente quedaron seis ayuntamientos.
En junio de 1836, Romero fue integrado al gabinete presidencial y lo sucedió Antonio Escobedo, quien recibió las Siete Leyes Constitucionales decretadas en la ciudad de México el 30 de diciembre de ese año. Dicho documento disponía añadir el "poder conservador" a los poderes ejecutivo, legislativo y judicial, a efecto de que éste los regulara. Establecía, además, que el periodo presidencial tendría una duración de ocho años en vez de cuatro, en tanto que los estados serían ahora departamentos, subdivididos a su vez en distritos y partidos y sin injerencia en el manejo arancelario.
La rebelión regionalista sobrevino cuando el presidente Anastasio Bustamante, en agosto de 1841, impuso una contribución de 15% sobre textiles de procedencia extranjera. El general Mariano Paredes Arrillaga, comandante militar de Jalisco, proclamó entonces el llamado Plan del Progreso, que denunciaba el lamentable estado de la nación causado por las "peligrosas innovaciones" implantadas por las recientes administraciones, criticaba el referido impuesto y el manejo de la hacienda pública, convocaba a un congreso nacional extraordinario que reformara la Constitución de 1824 y desconocía al presidente Bustamante.
Dueño de la situación en Guadalajara, Paredes Arrillaga formó una Junta de Notables que incluía a federalistas y centralistas. Aunque Escobedo fue ratificado como gobernador, prefirió renunciar dejando su sitio a Paredes, quien designó una nueva Junta Departamental. En septiembre de 1841, Paredes, que había ganado seguidores en el resto del país, salió a pelear contra Bustamante. El 28 de ese mismo mes se publicaron las Bases de Tacubaya que desconocían también a los poderes nacionales e instaban a reformar la Constitución de 1824.
Bustamante se retiró, y Antonio López de Santa Anna le ganó a Paredes el camino a la presidencia de la República, por lo que éste tuvo que conformarse con gobernar Jalisco. Una vez en el poder, Santa Anna lanzó un llamado para instituir un nuevo congreso constituyente, pero en virtud de que éste se formó por una gran mayoría de federalistas ordenó su inmediata disolución y dispuso la creación de la Junta Nacional Instituyente, compuesta exclusivamente por militares. Fruto de esta junta fueron las Bases Orgánicas de la República Mexicana, que no eran otra cosa que las Siete Leyes promulgadas tiempo atrás con ligeras modificaciones. El nuevo documento fue jurado por los tapatíos el 12 de junio de 1843.
En agosto de 1844, Antonio Escobedo, quien había vuelto a ocupar la gubernatura
de Jalisco, recibió del gobierno central la orden de contribuir con 150 mil
pesos para la recuperación del territorio texano, disposición que provocó una
nueva insurrección. Paredes Arrillaga la encabezó, ahora en contra de Santa
Anna, quien finalmente fue desterrado. Sin embargo, Paredes tuvo que esperar
todavía dos años más para llegar a la presidencia.
