Por otro lado, también perturbaron la calma las noticias que llegaban del proyecto de Constitución General, premonitorias de la tormenta que se desataría después de su promulgación, el 5 de febrero de 1857, al disponerse que fuese jurada por todos los empleados gubernamentales so pena de cese. La libertad de cultos y varias leyes que precisaban las tarifas cobradas por los servicios religiosos, además del establecimiento de un registro civil, motivaron mayormente el enojo de los conservadores. Entre abril y septiembre hubo varios motines en Lagos, Mascota y la misma Guadalajara, si bien todos pudieron ser sofocados con rapidez.
Pero en otras partes los brotes de rebeldía tuvieron más éxito. Tal fue el caso en la ciudad de México, donde encabezó la rebelión el propio presidente de la República, Ignacio Comonfort, el 17 de diciembre de 1857. Se enarboló el Plan de Tacubaya en desconocimiento de la reciente Constitución y en favor de la concesión de amplias facultades al presidente para reorganizar el país.
Las reacciones frente a dicho pronunciamiento fueron inmediatas; el Congreso y gobierno de Jalisco, así como el Ayuntamiento de Guadalajara, reprobaron airada y abiertamente a Comonfort y se manifestaron en favor del orden constitucional.
El apoyo principal de Comonfort fue el general Félix Zuloaga hasta enero de
1858, cuando éste desplazó a aquél y se hizo proclamar presidente de la República.
Antes de partir, Comonfort logró que se liberara al vicepresidente Benito Juárez,
quien había sido encarcelado al proclamarse el Plan de Tacubaya.
