Si Porfirio Díaz contó con una abrumadora mayoría, también Ignacio L. Vallarta ganó por un margen muy amplio la presidencia de la Suprema Corte de Justicia de la Nación, lo que hizo de él un candidato natural para suceder a Díaz, y ocasionó el distanciamiento de ambos personajes: uno representaría a los políticos liberales civiles, el otro tendría el respaldo de los militares triunfantes en las luchas recientemente concluidas.
A pesar de quienes decían que Vallarta tenía muchos enemigos en Jalisco, el sufragio de noviembre de 1878 hizo ganador a su partidario Fermín González Riestra, en contra del porfirista Pedro A. Galván. Sin embargo, algunos disturbios ocurridos al calor de las elecciones permitieron una mayor injerencia del comandante militar Francisco Tolentino. De esta manera, cuando González Riestra tomó posesión el 1 de marzo de 1879, los porfiristas habían ganado mucho terreno. Así, al asumir Manuel González la presidencia, en 1880, habiendo derrotado a Vallarta gracias al apoyo de Díaz y a la gestión en Jalisco del general Tolentino, comenzó el ocaso de quienes aspiraban a que continuara el gobierno de civiles. Más tarde, a fines de 1881, al iniciar sesiones el Congreso de Jalisco, vallartistas y porfiristas se proclamaron igualmente triunfadores y se acusaron mutuamente de tramposos. El 1 de febrero de 1882, los diputados vallartistas, apoyados por el Congreso saliente, se instalaron en la sede oficial de la Cámara; mientras que los otros, con el respaldo de las huestes de Tolentino, hacían lo mismo en el mesón de Guadalupe. La disputa llegó hasta el Ministerio de Gobernación; mas éste no se pronunció en favor de grupo alguno, en tanto que Tolentino, aprovechando una excusa nimia, sacó a sus soldados a la calle, impuso a sus diputados por la fuerza y obligó al mandatario González Riestra a renunciar.
En su lugar quedó Antonio I. Morelos hasta el mes de mayo, cuando el Senado de la República nombró en su lugar a Pedro Landázuri. Finalmente, se convocó a nuevas elecciones que dieron el triunfo al propio Tolentino y tomó posesión el 1 de marzo de 1883, no obstante el impedimento legal de que un militar desempeñara tal cargo. Poco después, durante su gestión, se eliminaría tal interdicto.
Tolentino fue el primer gobernador netamente porfirista; su mano dura cayó sobre ladrones y bandoleros y, de paso, sobre cualquier opositor, aplicándose la ley fuga con una frecuencia inusitada. Por otro lado, también emprendió notables mejoras a la fisonomía urbana de Guadalajara: la ampliación de la red de agua potable y las líneas de tranvías, la introducción del alumbrado eléctrico en el primer cuadro de la ciudad y la colocación del reloj que todavía se encuentra en el Palacio de Gobierno. El 30 de octubre de 1884, durante la administración de Tolentino, se produjo la formal separación del distrito militar de Tepic, de donde él era oriundo, al votar el Congreso de la Unión en favor de que el séptimo cantón se convirtiera en territorio federal.
Dado el control que Díaz ejercía ya en Jalisco, se daba por hecho que Pedro A. Galván, su incondicional, sería el sucesor de Tolentino; pero en abril de 1885 el general Ramón Corona regresó de ser ministro plenipotenciario de México en España y Portugal, y se postuló para gobernador del estado.
Como Corona tenía grandes posibilidades de alcanzar la presidencia de la República por su gran popularidad y su extendida "fama de honradez y patriotismo", además de su notable prestigio como militar, Díaz prefirió brindarle su apoyo y relegar a Galván a la comandancia militar. Así el 1 de marzo de 1887, a pesar de la franca oposición de Tolentino, Ramón Corona Madrigal asumió la gobernatura, al tiempo que se instalaba una nueva legislatura compuesta de cuatro diputados tolentinistas, otro tanto de coronistas, dos galvanistas y otros dos seguidores de Luis del Carmen Curiel, quien se desempeñaría como secretario de Gobierno.
Entre las primeras acciones de la nueva administración está la fundación de una caja de ahorros y del Monte de Piedad. Además, en mayo de 1887, con ánimo de que el gobierno del estado absorbiera los gastos de la enseñanza elemental, se promulgó un nuevo Reglamento de Instrucción Primaria, y, dos años más tarde, en junio de 1889, la Ley Orgánica de Instrucción Pública, que prohibía catequizar en las escuelas auspiciadas por el Estado. Se promovieron también importantes reformas a la Escuela de Medicina y comenzó a construirse un céntrico mercado en Guadalajara.
Pero el mayor interés del gobernador fue promover el comercio, por lo cual procedió a suprimir algunos impuestos y, sobre todo, se preocupó por la terminación de la vía férrea entre la ciudad de México y Guadalajara, arribando el primer convoy el 15 de mayo de 1888, con numerosas personalidades a bordo.
Si los dos primeros años de la administración de Corona fueron políticamente difíciles, la situación comenzó a cambiar en septiembre de 1888 cuando pudo retirar a Curiel de la Secretaría General de Gobierno y dejar a Luis Pérez Verdía, quien era de toda su confianza.
Entre tanto, el 1 de diciembre de 1888, después de realizarse las reformas pertinentes a la Constitución General y hacer un simulacro de elecciones, el general Díaz se entregó el poder a sí mismo por cuatro años más, lo que facilitaba a Corona la posibilidad de sucederlo en 1892, un año después de concluida su gestión gubernamental.
Luego, en febrero del siguiente año, se renovó el Congreso de Jalisco, formado
ahora por una mayoría de diputados afines al gobernador. A principios de ese
año, las finanzas públicas habían empezado a verse mucho más sanas, de modo
que pudieron incrementarse las obras públicas y empezó a pagarse oportunamente
a los empleados estatales. Pero la trágica muerte de Corona, ocurrida el 11
de noviembre de 1889, como consecuencia de un atentado ocurrido el día anterior,
interrumpió la dinámica alcanzada y dejó libre el camino para que Díaz impusiera
sin dificultades a sus hombres en Jalisco, a la vez que se facilitaron sus reelecciones
posteriores.
