El gobierno republicano puso en seguida especial atención a las cuestiones educativas, en el entendido de que era la mejor vía para lograr la modernización integral de la sociedad. En consecuencia, se proponía instruir a todos y cada uno de los estratos de la población, incluyendo a los indígenas para incorporarlos al modo de vida de la mayoría de los mexicanos y, sobre todo, evitar una guerra de castas. Personajes como Ramón Corona y Emeterio Robles Gil habrían de dejar importantes testimonios de su preocupación por la educación de los indios, haciendo constantes llamados y esfuerzos para proporcionarles los recursos que elevaran su nivel de vida.
Una medida educativa de gran trascendencia se tomó en mayo de 1867, cuando el gobernador Antonio Gómez Cuervo expidió la Ley del Magisterio que establecía un mínimo de conocimientos para los mentores. Además, un año después, puso en vigor la Ley de Enseñanza Pública del Estado de Jalisco, que había expedido Ogazón en 1862, la cual disponía, entre otras cosas, que la educación pública fuera gratuita, impartida por el Estado y subdividida en:
—Primaria, manejada por los ayuntamientos con planteles para niños de cada sexo.
—Secundaria, impartida en los liceos y dirigida por las juntas cantonales, también con locales para cada sexo.
—Profesional, exclusivamente en el Instituto de Ciencias, coordinado y dirigido por la Junta Directiva de Estudios y financiado por el gobierno. Este instituto operaría únicamente en Guadalajara y su misión sería la de preparar profesionales de la medicina, la abogacía, las ciencias físicomatemáticas y la farmacología.
Asimismo, en octubre de 1868, el gobernador sustituto Robles Gil prohibió la enseñanza religiosa en los establecimientos oficiales. Pero en compensación levantó el veto de que la jerarquía eclesiástica operara centros educativos.
Durante el mandato de Vallarta se promovieron otros cambios importantes a la Ley de Enseñanza de 1862, entre los que destacó la obligatoriedad de la instrucción primaria para todos los niños entre los cinco y doce años.
En el medio rural, las escuelas de primer nivel estuvieron siempre ligadas a las haciendas o a otros centros periféricos de producción. De este modo, no fue raro que se inculcara a los infantes una absoluta obediencia al patrón y a la Iglesia.
Es indudable que la mejoría educativa lograda entre 1868 y 1877 se debió a la Compañía Lancasteriana, compuesta por grupos de particulares, nacionales y extranjeros, quienes con recursos económicos propios sostuvieron un importante número de escuelas gratuitas para niños de familias pobres.
Otra institución importante fue la Escuela de Artes y Oficios de Guadalajara, abierta en 1842, que hasta 1872 —cuando tenía unos 330 alumnos—, fue el único lugar para capacitar obreros en todo Jalisco. En ese mismo año se abrieron la Escuela de Agricultura en Zapopan y otra para sordomudos en Guadalajara.
A pesar de que la ley disponía que cada cabecera cantonal debía contar con su propio liceo para cada sexo, fuera de Guadalajara sólo estaban el del padre Guerra, en Lagos, y un seminario en Zapotlán.
En 1868, apoyado en Juan I. Matute, el gobernador Robles Gil se preocupó también por la reorganización del Liceo de Varones de Guadalajara, después del cierre ocasionado en 1863 por la Intervención francesa. En abril de 1870 el liceo alcanzó los 300 alumnos, aproximadamente, mientras el Liceo de Niñas apenas tenía 171 alumnas en 1875.
Cabe aclarar que ninguno de los dos establecimientos siguió cabalmente el lineamiento
positivista promovido por Gabino Barreda en la ciudad de México. Basta citar,
como ejemplo, que el texto de filosofía utilizado era de marcada tendencia escolástica,
contrariamente al que seguían en esa misma época en los planteles equivalentes
de la capital.
