Contrariamente a todo lo ocurrido en otras partes, especialmente durante los primeros doce años del Porfiriato, la actividad minera tuvo una caída muy notable en el estado. En 1879 trabajaban en los yacimientos de Jalisco 5 750 hombres, mientras que para 1895 sólo se ocupaban 4 325. Incluso la Casa de Moneda de Guadalajara, entre 1891 y 1896, acuñó plata por un valor de 20 mil pesos, contra 23 500 del lustro anterior y los 26 mil de 1881 a 1886.
Aunque la entidad contaba con yacimientos de oro, plata y fierro, la ausencia de capitales, el mal estado de los caminos y, sobre todo, la baja en el precio de los metales en el mercado internacional, motivó el abandono de minas tan ricas como las de Comanja, cerca de Lagos, entre otras. Mas al finalizar la centuria, nuevos capitales, en su mayoría norteamericanos, concurrieron para revitalizar la minería en lugares como Etzatlán y Bolaños. De este último, por caso, se extrajeron 92 500 toneladas de metal en 1904, lo que equivalió a más del 2% nacional.
Si en las actividades económicas rurales no hubo mayores inversiones, sí hubo empeño especial en promover el desarrollo del comercio y de la industria, dando enormes facilidades a los inversionistas tanto mexicanos como extranjeros que emprendieran nuevos negocios. No obstante, Tolentino decidió que se había ido demasiado lejos y dispuso que las exenciones fuesen únicamente para quienes estableciesen una industria no "explotada ni conocida". Por su parte, el general Corona, entre otras cosas, liberó de contribuciones a cualquier inversión superior a los 10 mil pesos que se hiciera en fábricas de hilados y tejidos; y en 1891, durante la administración del general Galván, se renovaron privilegios fiscales a otras áreas de la industria: molinos de grano, fábricas de loza y vidrio, etcétera. De esta manera, la actividad industrial de Jalisco hasta 1910 ocupaba el quinto lugar del país. Aunque en 1900 la producción equivalía al 10.7% nacional, a causa del crecimiento en otras partes, pero también de una reducción local, en 1910 no alcanzó el 8%.
El volumen global de la producción textil jalisciense sufrió un gran descalabro al segregarse en 1884 el cantón de Tepic, dadas las cuatro fábricas allí ubicadas. Comoquiera, para 1902 el número de estos establecimientos había ascendido a ocho, pero en 1910 sólo quedaban cinco. Los más importantes eran La Experiencia y Atemajac, cuyos propietarios, de ascendencia francesa, decidieron fusionarlos y formar la Compañía Industrial de Guadalajara.
En 1900 había 28 plantas aceiteras y dos años después su número aumentó a 33; sin embargo, la producción global bajó de 143 645 a 130 800 kilogramos. Para 1909 sólo quedaban nueve plantas. La industria azucarera disponía de 49 ingenios, distribuidos en Ciudad Guzmán, Autlán, Mascota y Sayula. Había 44 molinos de harina en la entidad, cuya producción en 1900 llegó a 6 500 toneladas y a 9 600 en 1909, a pesar de que para entonces sólo 29 funcionaban.
La producción tabacalera se concentraba hacia 1899 en 40 fábricas, las cuales produjeron 14 mil cajetillas de cigarros; pero, en 1910 únicamente quedaban 28 establecimientos que no llegaron a elaborar ni cuatro mil cajetillas. Otras industrias observaron también un marcado descenso: la de jabón, por ejemplo, de las 23 plantas que laboraban en 1900, diez años más tarde sólo existían 15. De las 25 fábricas que en 1895 producían velas y veladoras, diez trabajaban en 1906, debido al uso cada vez más generalizado de la energía eléctrica y del gas.
La generación de electricidad estuvo desde el principio en manos de franceses, quienes, además de suministrarla a sus factorías, abastecieron al alumbrado público y casas habitación. Otra empresa concesionaria que proveía de este fluido a Guadalajara y otras poblaciones cercanas fue la Compañía Hidroeléctrica e Irrigadora de Chapala, fundada en 1893, que aprovechaba la caída de agua, que entonces era abundante, de El Salto de Juanacatlán.
La manufactura de calzado en 1906 se llevaba a cabo en 90 fábricas, a la vez que había 161 curtidurías y 38 talabarterías, que empleaban en conjunto a 940 personas, entre hombres y mujeres. La fabricación de papel se hacía en dos plantas: El Batán, situada en el municipio de Zapopan, que elaboraba papel para cigarros y cartoncillo, y La Constancia, ubicada en Tapalpa, que hacía papel para cigarros. Para 1909 esta última se vio obligada a cerrar sus puertas y la de El Batán bajó su producción 35%.
El total de obreros ocupados en el estado en 1895 era aproximadamente de 73 mil. Para 1900 su número llegó a 84 500, pero hacia 1910 bajaría a menos de 63 mil. Su salario era bajísimo y laboraban en condiciones semejantes a la esclavitud. Además, como predominaba la práctica de adelantar la paga en especie o mediante vales y tarjetas canjeables solamente en las tiendas de raya, el obrero era deudor eterno de su patrón. La jornada de trabajo iba de las seis de la mañana a las seis de la tarde y, en algunos casos, hasta las ocho de la noche. Pronto comenzó a manifestarse una cierta conciencia grupal, mas el derecho de huelga estaba negado bajo severas penas y multas; las autoridades, por su parte, estaban siempre dispuestas a reprimir cualquier muestra de insumisión.
Otros problemas crecientes fueron la insalubridad y la mendicidad, principalmente en Guadalajara, ya que aquí vivía 20% de los desocupados de Jalisco, contra lo que poco podía hacer el Hospicio Cabañas.
Debido a que la infinidad de contribuciones fiscales lesionaban el comercio, el gobierno de la República dispuso en septiembre de 1881 que todos los artículos nacionales como harinas, jabones, leche, libros, licores nacionales, tortillas, sombreros, velas y zapatos, entre otros, quedaran exentos del timbre. A su vez, el gobernador Tolentino decretó, en julio de 1883, la libre circulación de mercancías por todo el territorio del estado. En consecuencia, si bien no puede decirse que era excelente la situación del comercio jalisciense en la década de los ochenta, tampoco era del todo mala.
Aunque el arribo del ferrocarril a Guadalajara coadyuvó en términos generales al repunte mercantil, al principio no todo resultó como se esperaba. Al pasar a depender el comercio directamente de la capital del país, un buen número de pequeños comerciantes, artesanos e industriales se precipitaron a la ruina, sin contar que muchos arrieros tuvieron que cambiar de actividad o de ruta. Como resultado, a finales del siglo XIX y principios del XX, una buena parte del mercado estaba en manos de franceses, emparentados o asociados con compatriotas suyos radicados en la ciudad de México.
En 1895 había en Jalisco 20 400 personas vinculadas al comercio entre empleados, comerciantes establecidos y vendedores ambulantes; sin embargo, las grandes transacciones estaban en poder de poco más de 20 personas, relacionadas generalmente con mercaderes capitalinos.
Otro problema que siguió vigente fue la escasez de dinero circulante, agudizado por la falta de una reglamentación hacendaria adecuada que retirara monedas antiguas y prohibiera el uso de la "acuñación particular". Para 1881 se aseguraba que en Guadalajara circulaban más de 10 mil piezas falsas de un peso.
Con la finalidad de promover la actividad comercial y conglomerar a gente involucrada
en asuntos agrícolas y mercantiles, se creó en 1888 la Cámara de Comercio, que
a poco se convirtió en un influyente medio de presión económica y política.
Un año más tarde, en 1889, con miembros de la propia cámara se organizó una
comisión encargada de fomentar la industria local y proteger el trabajo artesanal.
