A partir de la aplicación de las leyes de Reforma, que se hicieron constitucionales en 1873, puede decirse que el clero fue reconquistando poco a poco muchos privilegios. Cuando en 1869 Pedro Loza y Pardavé se convirtió en segundo arzobispo de Guadalajara, dada su característica mesura, de manera discreta comenzaron a desarrollarse estrategias para soslayar las leyes, evitando siempre el enfrentamiento con el gobierno. En 1871, tras haber participado en el Concilio Vaticano Primero, Loza se dio a la tarea de promover la creación de escuelas de primeras letras anexas a las parroquias del medio rural, donde el Estado estaba obligado a ser más transigente, y en 1874 logró abrirse la primera en Guadalajara.
El número de instituciones educativas fundadas por Loza en Guadalajara llegaban a ocho en 1876, y para 1898 alcanzaron a ser diez más. Los establecimientos ubicados en esta ciudad eran financiados íntegramente por el arzobispo, mientras que los instalados en el resto del estado eran sostenidos mayormente por la feligresía.
La política impuesta por Loza le resultó muy fructífera, pues, además del apoyo de sus fieles, le ganó un gran respeto de la autoridad civil. Así se vio en 1888, en ocasión de la fastuosa celebración de sus bodas de oro sacerdotales, en la que el gobierno prestó su abierta colaboración para su lucimiento y buen orden. Igualmente, cuando el arzobispo falleció, a fines de 1898, el gigantesco cortejo fúnebre fue encabezado por el mismo gobernador Curiel.
En febrero de 1900, Jacinto López y Romo, oriundo de Encarnación, Jalisco,
fue nombrado sucesor de Loza, pero murió el último día del mismo año, cuando
apenas había aprobado un nuevo plan de estudios para las escuelas parroquiales
y comenzado la construcción de un edificio para la Escuela Normal de Profesores
Católicos. El sucesor, cuarto arzobispo de Guadalajara a partir de 1902, fue
José de Jesús Ortiz, nacido en Pátzcuaro.