Durante la primera década del siglo XX
comenzaron a hacerse evidentes los anhelos de mayor preeminencia eclesiástica, tras la promulgación en 1891 de la encíclica Rerum Novarum, de León XIII. Este documento, que condenaba los excesos del capitalismo y pugnaba por mejores relaciones obrero-patronales, dio pie a que la Iglesia mexicana sobrepasara con mucho la preocupación gubernamental por mejorar el nivel de vida de los trabajadores.
En 1902 tuvo lugar en Guadalajara el Primer Congreso Nacional Católico, inspirado en la referida encíclica, en el que sobresalió Miguel Palomar y Vizcarra por su propuesta para establecer cajas de ahorro para trabajadores. Motivado también por este congreso, el arzobispo dispuso una equitativa distribución de los diezmos en las escuelas parroquiales. Asimismo, ordenó la reorganización del Boletín Eclesiástico y autorizó la creación de El Regional, el primer diario católico de Guadalajara.
En octubre de 1906 se celebró, también en la capital jalisciense, el Tercer Congreso Católico Nacional y Primero Eucarístico, el cual planteó la obligación patronal de dar un mejor trato al obrero, concederle descanso dominical, crear escuelas para sus hijos y pagarle un salario justo. Sin embargo, algunos canónigos se mostraron contrarios a tales resoluciones, sobre todo la referente al pago.
Desde que fue celebrado el Primer Congreso Católico Nacional se produjo una creciente desobediencia a las leyes del culto externo por parte de los párrocos foráneos. Esto obligó a que, al mediar 1906, el gobierno del estado reimprimiera y diera a conocer el texto legislativo que prohibía la celebración de actos de culto público en los atrios de los templos y en los cementerios. Comoquiera, para 1907 era perceptible que la Iglesia intervenía ya abiertamente en toda clase de actividades, haciendo caso omiso a las disposiciones gubernamentales. De hecho, la arquidiócesis de Guadalajara estaba a la cabeza de un movimiento que empezó a promover cambios en las relaciones sociales, económicas y políticas de los jaliscienses.
El último Congreso Católico Nacional tuvo lugar en la ciudad de Oaxaca a principios de 1909. En él se propuso instituir la jornada máxima de trabajo de siete ocho o nueve horas, según el sexo y la edad del trabajador, y también se trató de los accidentes de trabajo y el derecho de huelga. Pero los obispos y arzobispos que asistieron firmaron después una carta pastoral para atenuar los planteamientos.
Estos cuatro congresos pretendían que la Iglesia volviera a desempeñar en la
vida pública nacional el preponderante papel de antaño. En consecuencia, también
en 1909, se fundó en la ciudad de México el Círculo Católico Nacional "para
preparar a los católicos en la necesaria actuación política". De hecho, esta
agrupación apuntaba a la fundación de un partido católico, lo que pudo hacerse
el 3 de mayo de 1911, cuando la caída del presidente Díaz era inminente.