En 1616, desde las fronteras de Nuevo México (hoy los Estados Unidos) hasta Acaponeta estalló una seria rebelión encabezada por un indio tepehuán que se daba el título de Hijo de Dios y del Espíritu Santo. En abril de 1617 un gran número de chichimecas atacó al pueblo de Acaponeta, después de asaltar Quiviquinta. Luego se fueron para no volver. De Quiviquinta sólo quedaron las ruinas, y los habitantes se fueron adonde es ahora Huajicori.
Los misioneros siguieron luchando para apaciguar y controlar a los coras, huicholes y chichimecas de la sierra de Nayarit. Eso era un trabajo sin fin, pues cada vez que creían terminada la obra, un nuevo levantamiento venía a demostrarles lo contrario.
En busca de minas, muchos españoles entraron a la sierra por el rumbo de Jora, lo que desagradó a los serranos. Una noche de 1620 éstos se juntaron y quemaron todas las casas, antes de irse a Pochotitán y a las barrancas. A duras penas se logró que algunas familias regresaran a Amatlán de Jora. Pero no siempre permanecieron los indios en el pueblo; seguido se remontaban a la sierra obedeciendo a su instinto de absoluta independencia.
Un siglo después la situación seguía igual en la sierra, pero en el plan la población había crecido muchísimo y las autoridades, fortalecidas por ese dinamismo, dejaron de tenerles miedo a los indios montañeses. Su existencia se les hizo un escándalo insoportable.
A principios del siglo XVIII se efectuó una última tentativa para convencer pacíficamente a los serranos de que abandonaran sus costumbres guerreras y reconocieran la autoridad del rey: "tres veces les rogamos; y ellos dijeron que no quieren; que así lo dijo su rey que es el primer Nayarit. No se cansen los padres misioneros. Sin los padres y las autoridades estamos en quietud; y si quieren matarnos que nos maten, que no nos hemos de dar para que nos hagan cristianos". Así fracasó el franciscano fray Margil de Jesús (1710-1711).
APA 2. III.
Luego los serranos bajaron a hostilizar a los pueblos de Centispac y Aztatlán. Sus habitantes se defendieron y las autoridades suspendieron todo comercio con la sierra. Lo que más afectó a los serranos fue la falta de sal, que necesitaban mucho. El rey ordenó que se pacificara el Nayar y se encomendó la tarea a Juan de la Torre, natural de Jerez, a quien los indios estimaban. Era bueno con ellos y conocía su lengua. De la Torre buscó una solución pacífica y creyó haberla encontrado. Convenció al jefe Tonati y a 25 de sus indios de que viajaran a México, capital de la Nueva España (1721). Se rindieron al virrey y le prestaron homenaje.
Al regreso empezaron los problemas: otros jefes reprocharon duramente al Tonati haber admitido a soldados y misioneros; el Tonati se asustó y se escondió en la sierra; Juan de la Torre, su amigo, se enfermó gravemente y los acuerdos de paz quedaron anulados. Se mandó una expedición militar en septiembre de 1721. De la Torre intentó una vez más negociar, pero se le contestó que debía "tomar la vuelta para su casa, porque los nayaritas no querían sujetarse ni admitir otra religión".
Después de largas discusiones los caciques se decidieron por la guerra, contra la opinión del Tonati, y tendieron una emboscada a los españoles que, después de ruda pelea, tuvieron que retirarse a San Juan Peyotán. Unos 3 000 nayaritas se reconcentraron en la Mesa del Tonati, fortaleza natural y templo mayor de sus dioses, y los españoles resolvieron esperar a organizarse mejor. Un nuevo capitán y gobernador del Nayarit, Juan Flores de la Torre, encabezó otra columna, llegando a Peyotán en enero de 1722 con 560 soldados, más los indios amigos. Sus embajadas de paz fueron rechazadas.
El 16 de enero una de las columnas subió por una angosta vereda y sorprendió a los nayaritas, quienes después de una lucha muy reñida se dieron a la fuga. Poco después quedó pacificada la región y se mandó a México el esqueleto del rey Nayarit, que había sido venerado en uno de los adoratorios de la Mesa, así como el calendario de piedra y los vasos sagrados del templo del sol.
Para asegurar la paz se construyeron fuertes en la sierra y se fundaron los pueblos de Jesús María, Santa Gertrudis, la Santísima Trinidad, San Francisco, Dolores, Santa Teresa y Santa Rosa.
"Es digno de notarse que la conquista del Nayarit se llevó a cabo sin las crueldades acostumbradas en las pasadas guerras y merecen alabanza los capitanes que la llevaron a cabo con tanta humanidad y desinterés", escribió el jesuita José Ortega, poco después de los acontecimientos. Este hombre pasaría toda su vida entre los coras y elaboraría un diccionario y una gramática cora de valor incalculable.
