Reducidos los indios a las haciendas, los encomenderos les quitaban a los hijos, mientras los padres y las madres realizaban sus faenas diarias. Las mujeres se ocupaban también en buscar hierbas y raíces para alimentar a sus maridos y a sus hijos, según testimonio de Juan Esteban de Ballesteros, de 1712. Igualmente solían ser puestas a trabajar en el servicio doméstico o haciendo tejidos.
Por la noche, cuando dejaban los arados, "el que más bien los trata les da dos o tres mazorcas que, desgranadas, harán una embarrada poco más de maíz". Concluidas las tareas del día eran encerrados en galeras, para evitar su fuga. Quienes habían cometido alguna falta, por leve que fuese, eran castigados con prisión o puestos en cepos de pies y manos, o "de pescuezo".
Otros amos impedían el matrimonio de las indias a su servicio y atemorizaban a los indios que las pretendían. Pero, si llegaban a casarse, era como si no lo estuvieran, porque las mantenían en las cocinas y a los indios fuera, impidiéndoles la vida marital. Como las casas no eran muy grandes y vivían en ellas padres e hijos, era frecuente que las indias vivieran en mal estado con el amo o con los hijos de éste.
Los gobernadores, personalmente o por medio de comisionados, tenían por obligación visitar periódicamente las estancias y haciendas, a fin de cerciorarse de si eran bien tratados, vestidos, alimentados y doctrinados. Los encomenderos, sin embargo, sólo presentaban al visitador aquellos indios que sabían las cuatro oraciones (el credo, el padrenuestro, el avemaría y la salve) o a los del servicio doméstico o nacidos en casa, pero no a los demás.
Las crónicas e informes oficiales o religiosos de la época hacen más sombrío este cuadro. Un humanista de la época, el cronista Alonso de León, censura la encomienda. No obstante que como militar fue uno de los que hacían entradas a capturar indios y ser uno de los encomenderos, en su obra concluida en 1649, se ven constantes expresiones contra sus abusos y excesos.
Eran los misioneros los únicos que abogaban por el indio. Algunos fueron a pie a México o viajaron a España para plantear el problema. En el último tercio del siglo XVII y en el primero del XVIII, fueron frecuentes las disposiciones para aliviar esta situación. Los títulos de las reales cédulas existentes en el Archivo General de la Nación son muy elocuentes.
Que se ordene la reducción y administración de los indios de Coahuila y Nuevo Reino de León (1675); Prohibiendo averiguar por indios a las puertas de la iglesia; Que se ponga remedio a la reducción de los indios del Nuevo Reino de León; que se averigüe lo maltratados que son los indios por los dueños de las haciendas, de las provincias de río Verde, Tampico y Nuevo Reino de León (1689); Que se averigüen los excesos cometidos por los gobernadores de Coahuila y Nuevo Reino de León (1703); Encargando se cuide mucho la manutención y buen tratamiento de los naturales (1709).
Una de las disposiciones reales más eficaces fue la del 9 de mayo de 1672, de la reina gobernadora doña Mariana de Austria. Ordenaba:
que no se consienta que los indios puedan hacerse esclavos con pretexto alguno, ni venderse, ni enajenarse, lo que no debió consentirse sin castigarse serenamente [y que] la conversión de los indios se haga en predicaciones congregándolos en pueblos y repartiéndoles tierras.
