La real cédula de 1672 acabó, aunque teóricamente, con las encomiendas en Nuevo León. Su majestad las demolió, se decía entonces, y dispuso, en cambio, la congregación de indios en pueblos. Esta orden hizo que al finalizar el siglo XVII fuese acuñada aquí la denominación de congrega.
Eugenio del Hoyo trata de establecer diferencias, considerando que "la distinción entre congrega y encomienda es muy importante". Desde el punto de vista jurídico, dice, constituyen dos instituciones diferenciales que no pueden ni deben confundirse. Aunque dos líneas más adelante de esta aseveración asienta:
El paso de las encomiendas sólo fue un simple cambio de palabras: al encomendero se le llamó capitán protector y a las encomiendas congregas o congregaciones, pero de hecho nada, absolutamente nada, cambió.
La corrupción y el relajamiento habían afectado a no pocos misioneros. El obispo de Guadalajara don Diego Camacho y Ávila, en su visita pastoral de 1712, recabó en Monterrey una información sobre el estado de las misiones en el Nuevo Reino que tenían una marcada animadversión del prelado hacia los franciscanos, la que culminó con la secularización de las misiones. Ello podría desvirtuar lo expuesto en esta información.
Uno de los testigos, el licenciado Francisco de la Calancha, dijo que
los frailes sólo asisten a las misiones para que a los indios les alquilen y quitarles los jornales que ganan por su trabajo. Fray Diego de Evia —aseveró— no asiste a su misión [de Gualeguas]; fray Menchaca más asiste a los ranchos de los pastores que a su misión y fray Ventura Señas anda divirtiéndose en paseos. Las misiones —agregó— no han tenido ni tienen indios sujetos a son de campana, porque todos están en poder de los dueños de haciendas, distantes de la misión, que se sirven de ellos en tiempo de cosechas sin más salario que un corto mantenimiento [...] los visten con un cotón de sayal y calzones de paño burdo, y para trabajar les traen forzados y amarrados a las haciendas [...].
El testigo Juan Esteban de Ballesteros dijo que los indios de la doctrina de Monterrey "los tienen los vecinos en sus casas; o los labradores con título de protectores o nombres de tales con que han disfrazado los gobernadores los de encomenderos, que mandó S. M. consumir o demoler".
El capitán Joaquín de Escamilla dijo que eran pocos los frailes que enseñaban y no en las iglesias y que "no saben el estado que tienen estos indios por estar retirados en dichas haciendas y sólo saben de ellos cuando necesitan bautizarlos o casarlos. Los más de estos indios —agregó— no saben la doctrina cristiana, ni aun lo necesario para salvarse [...]".
Si la real cédula de 1672 proponía como solución congregarlos en pueblos y repartirles las tierras, Manuel de Mendoza sugería algo más eficaz aún: "La congregación en pueblos, pero en sus naturalezas"; esto es, sin sacarlos de su hábitat.
