Con miras a lograr una Universidad localizada y concreta, fuertemente enraizada en nuestra realidad, hemos establecido [...] como propósito fundamental de la nueva facultad [de Humanidades] contribuir al estudio y solución técnica de los problemas regionales y nacionales que son de su incumbencia [...] Queremos acabar de esta manera con la universidad que no está en ninguna parte o que se sitúa en un lugar cualquiera de espaldas a las necesidades e inquietudes de la comunidad, a la que simplemente se venía ignorando.
El 2 de enero de 1955, el profesor Ramón Alcorta pronunció estas palabras durante la velada inaugural de la Facultad de Humanidades. Alcorta propugnaba una Universidad regional, pues "el tratar de resolver problemas regionales implica necesariamente tratar de resolver problemas nacionales". Ramón Alcorta, quien en 1941, en colaboración con José Francisco Pedraza, publicó la Bibliografía histórica y geográfica del estado de San Luis Potosí, era un académico destacado y uno de los colaboradores y consejeros más cercanos del doctor Manuel Nava, rector de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí. En su discurso dijo:
Frente al notorio atraso político y por ende social en que ha vivido casi siempre y vive ahora más que nunca nuestra entidad, en trágica contradicción con su vocación cultural y con sus aspiraciones de mejoramiento social, la Universidad comprende bien que es necesario crear un nuevo tipo de universitario [...] La misión política del hombre de cultura nos dice Benedetto Croce es una misión política en tanto es una misión moral: la de salvar los valores permanentes y universalmente humanos contra toda superposición de valores empíricos, particulares y contingentes.
A lo largo de los años cincuenta, en la Universidad se fortaleció un grupo de profesores y estudiantes que en torno a la rectoría del doctor Nava comenzaron a manifestar una autonomía que no tardó en enfrentarlos con Gonzalo N. Santos. Éste se entrevistó con el rector Nava y le sugirió que ya no contendiera por la rectoría y que de esa manera beneficiaría a la Universidad, pues él, Santos, promovería ante las instancias federales más recursos para la máxima casa de estudios. La reacción del grupo que se aglutinaba alrededor del rector Nava fue la de un rechazo absoluto a la proposición de Santos. La mayor parte de los apoyos del rector provenían de la propia Escuela de Medicina. En la década de los cincuenta no había instituciones públicas de seguridad social y los médicos potosinos tenían un sistema de igualas con las principales empresas de la entidad, que consistía en que mensualmente recibían una cuota fija por parte de cada empresa y, a cambio, atendían a sus trabajadores y empleados cuando lo requerían; por tanto, el rector Manuel Nava y el grupo que lo rodeaba tenían un prestigio social que rebasaba el ámbito universitario. El conflicto entre Santos y el rector tuvo eco no sólo en la prensa, sino en la mayor parte de los sectores sociales de la ciudad de San Luis; por ejemplo, Prisciliano Pérez, dirigente obrero textil, comentó:
Los Nava en San Luis, Manuel, Rafael, José y Salvador, todos profesionistas en medicina, constituyen una familia de clase media o pequeña burguesía que vive específicamente de su profesión y sin más medios de vida que la renta que les reporta su propio trabajo que, como a todos a su nivel, les ha sido posible sostener una familia con ciertas comodidades, tener una casita donde vive y su coche en propiedad y eso sí, muy católicos, no fanáticos y menos militantes de una secta religiosa, y todos ellos apolíticos con excepción de Manuel, que siendo rector de la Universidad y con una actitud muy valiente se enfrentó al cacique Gonzalo N. Santos en los manipuleos que éste hacía en la casa de estudios; circunstancia que le valió las simpatías del pueblo y el apoyo del estudiantado. Rafael, Salvador y José, dedicados al consultorio como sacamuelas uno, el segundo oculista y el último curando niños; y apáticos por igual a la cosa pública. Mas toca la circunstancia que empiezan todos ellos a tomar relación y un estrecho contacto con el pueblo más humilde y con los trabajadores organizados por su manera de trato a los pacientes porque eran médicos de casi todas las empresas para sus trabajadores, así que los consultorios de los Nava siempre estaban llenos de electricistas, ferrocarrileros, textiles y mineros, y gente diversa. Eran personas sumamente conocidas.
Santos pudo renovar sus alianzas con el poder central en turno, Manuel Ávila Camacho (1940-1946), Miguel Alemán (1946-1952) y Adolfo Ruiz Cortines (1952-1958), ofreciendo el control del estado y su estabilidad como garantías; Cedillo, en su tiempo, lo había hecho con su ejército de agraristas armados. Santos contaba con el aparato político del PRI, a través de las organizaciones obreras y campesinas; sin embargo, el país cambiaba al igual que su clase política, en la que los universitarios comenzaban a tener un papel cada vez más preponderante, después de que Santos había impedido el desarrollo más autónomo de una clase política local que estuviera vinculada a la Universidad que, como en otras partes del país, producía los nuevos cuadros de gobierno.
El discurso de Alcorta tenía un lenguaje distinto y ajeno al de Santos. Desde principios de 1950 se sucedieron expresiones culturales que eran parte de la formación de una clase social media intelectual cuyo horizonte no estaba en El Gargaleote. En 1952 se creó el Museo Regional Potosino promovido por el médico y humanista Antonio de la Maza, a quien apoyaron el historiador Joaquín Meade, el dibujante Luis Chessal y María Emilia Rodríguez Lárraga, descendiente de quien había descubierto y resguardado una de las esculturas prehispánicas más valiosas del país, el llamado "Adolescente huasteco" que se conserva en el Museo Nacional de Antropología e Historia. De 1950 a 1955 se impartieron los cursos de invierno organizados por la Academia Potosina de Ciencias y Artes y la Universidad de San Luis, que permitieron vincular a esta universidad con la Universidad Nacional Autónoma. Las materias tratadas iban desde las fisicomatemáticas hasta las ciencias jurídicas, filosofía, historia, literatura, artes y ciencias sociales. Entre los maestros que participaron se encontraban Antonio Alatorre, Mariano Azuela, Nabor Carrillo Flores, Antonio Castro Leal, José Gaos, Edmundo O'Gorman, Eduardo García Maynez, Manuel Herrera y Lasso, Joaquín Meade, Efrén del Pozo, Jesús Silva Herzog, Jorge Adalberto Vázquez, Arturo Arnaiz y Freg, Carlos Bosch García, Francisco de la Maza, Henrique González Casanova, Emilio Luis Riera, Octavio Paz, Santiago Ramírez y otros. Algunos de los conferencistas también dieron sus cursos en Matehuala y Rioverde.
Este espacio activo y creativo de cultura que se desarrolló al amparo de la Universidad comenzó a permear la sociedad. En 1955 se fundó el Instituto Potosino de Bellas Artes. Santos comenzó a tener interloculores sociales que en el lenguaje cuestionaban sus practicas políticas. Su relación con ese grupo social universitario se fue tensando. Sus formas políticas comenzaron a ser cuestionadas: el ejercicio arbitrario de su poder fue impugnado, ya no desde una postura partidista como la de los sinarquistas, sino desde espacios civiles vitales de la sociedad como era la Universidad.
En 1957, ante la proximidad de las elecciones federales para la presidencia de la república y las elecciones locales para las presidencias municipales en San Luis Potosí, diversos grupos políticos comenzaron a movilizarse para desmantelar el cacicazgo santista. La señal había sido el destape del candidato del PRI a la presidencia de la república, Adolfo López Mateos. En San Luis se le atribuyeron dos características: su pasado vasconcelista y su distancia de Gonzalo N. Santos, quien se había inclinado por otras opciones. Durante los últimos meses de 1957 y en 1958 se replanteó la relación entre el poder central y los actores políticos regionales. En mayo de 1958 se anunció la formación de una agrupación política, la Alianza Cívica Potosina (ACP), dirigida por José E. de la Cruz: "Fui cedillista y conservo grata memoria de mi jefe por las cosas buenas que de él conocí [...] fue un honor para mí haber servido a las órdenes del caudillo de la Revolución, General de División, Saturnino Cedillo, fundador de la CNC y el hecho de haberle sido leal me pone en paz conmigo mismo". De la Cruz y Enrique Rangel, dirigente de la Confederación Revolucionaria de Obreros y Campesinos (CROC), fueron los primeros en el estado en lanzar la candidatura el 2 de noviembre de 1957 de Adolfo López Mateos. La ACP recibió el apoyo de ejidatarios, colonos y campesinos ex cedillistas. La presencia de la CROC significaba la disputa con la CTM, a la que en la localidad se le señalaba su subordinación completa a Gonzalo N. Santos. A la organización de De la Cruz se sumaron los reboceros de Santa María del Río y los ixtleros de Matehuala.
En julio de 1958 se dio la noticia de la creación de otra organización política dentro del PRI: el Frente Reivindicador de la Ciudadanía Potosina (FRCP), cuyos dirigentes eran el licenciado Franco Carreño (ministro de la Suprema Corte de Justicia de la Nación y amigo cercano de Adolfo López Mateos) e Ignacio Gómez del Campo (ex presidente municipal de San Luis Potosí durante el régimen de Gonzalo N. Santos y ex secretario de gobierno con Ismael Salas). El FRCP se manifestó enemigo del cacicazgo de Santos e impulsor del municipio libre. Según Franco Carreño, "a partir de la postulación de López Mateos en San Luis Potosí se formó una corriente hacia la reivindicación de los derechos cívicos; tal movimiento se funda en que el candidato surgió ajeno a la influencia y compromisos con el cacicazgo en San Luis Potosí". Meses después, en la revista Reporter de la ciudad de México Ignacio Gómez del Campo escribió:
Por décadas y más décadas han padecido los potosinos los efectos negativos del régimen caciqueril [...] todos los medios de comunicación existentes, los progresos de las letras y las luces y el incremento de las inversiones de capital y el crecimiento del proletariado industrial, su correlato indispensable, hacen que los malvados despotismos de provincia deban ser proscritos de la historia de México [...] El señorío insolente de Santos, indudablemente que se derrumba. Sus métodos de gobierno han sido y son anacrónicos e infecundos, tanto que comparados con los de la reacción, resultan todavía mas reaccionarios. Y aquí tienen las gentes de la capital de la república la explicación de la comentada simbiosis, que no ha sido otra cosa que una alianza de fuerzas sociales para destruir la peor forma del retroceso social y político de un pueblo: el caciquismo cimarrón.
Las líneas de Gómez del Campo querían aclarar el sentido de la unión de las principales fuerzas políticas en San Luis durante 1958.
A fines de 1957, se formó un grupo político que sería el eje de la oposición a Santos. Provenientes de la Universidad e inspirados en la lucha del rector Manuel Nava, varios médicos, abogados e ingenieros aconsejados por el profesor Ramón Alcorta decidieron participar en la contienda política que se avecinaba: "No simpatizábamos con ningún partido, ni el PAN, ni el PPS, de tal manera que decidimos que solamente a través del PRI, podríamos luchar contra uno de sus miembros como lo era Santos". Así recordaba el doctor Salvador Nava los inicios de aquella lucha cuando formaron la Federación de Profesionistas e Intelectuales del Estado de San Luis Potosí (FPEI) en julio de 1958. En aquella ocasión dijo: "Quizá seamos más culpables que otros, pues habiendo tenido la fortuna de una preparación universitaria, nos hemos reducido a actuar dentro de las limitaciones de nuestras diferentes disciplinas", y demandaba "obras de irrigación en el campo, facilidades a la creación de nuevas industrias con garantías para el capital y sueldos dignos para los trabajadores, libertad ciudadana de expresión sin temor a las represalias, y libertad para elegir dentro de nuestros mejores hombres a los que nos gobiernen". La mayoría de los miembros de la FPEI que habían ingresado al PRI venían de la Escuela de Medicina. Y si bien aparecían por primera vez en una contienda política electoral, lo hacían con un enorme "capital cívico social" que durante más de una década acumularon en el ejercicio de su profesión médica. Todos ellos eran profesores o alumnos en la Escuela de Medicina atendían en el Hospital Central y en sus consultorios establecieron el sistema de igualas, por lo que se convirtieron en los médicos de casi todos los sectores sociales; por ejemplo, desde fines de 1940 el doctor Salvador Nava era el oculista de los ferrocarrileros, mineros, trabajadores de la industria textil, así como de las órdenes religiosas que tenían a su cargo varias de las principales escuelas privadas. Los lazos de confianza y afecto entre médico y paciente se trasladaron a la arena política.
Durante 1958, las tres agrupaciones políticas hicieron su precampaña para la convención del PRI que elegiría los candidatos, pero Santos logró controlar e imponer sus propios candidatos en el mes de octubre. El 1° de noviembre se hizo pública la creación de la Unión Cívica Potosina (UCP), que unió al PREI, FRCP y ACP; a las tres agrupaciones del PRI se sumaron los sinarquistas y los comunistas. El doctor Luis Fernando Rangel, uno de los principales dirigentes de ese naciente movimiento de oposición, afirmó: "Yo creo que desde ese momento en que se realizaron las convenciones, este movimiento que había sido gestado dentro del propio partido, se desarrolló como un movimiento popular independiente".
El año de 1958 fue de intensa movilización popular en todo el país. Sobresalieron los ferrocarrileros, que participaron primero con sus demandas sindicales y luego en las campañas electorales. El movimiento político en San Luis corrió al parejo que la campaña presidencial de López Mateos y su triunfo. Desde el principio, la oposición potosina hizo campaña en favor del candidato priísta López Mateos cuyo principal oponente fue el panista Luis H. Álvarez y continuó con ella sin importar las imposiciones santistas.
San Luis Potosí vivió en esas semanas una experiencia cívica inédita por la amalgama de sectores sociales y organizaciones políticas que participaron activamente apoyando a los candidatos de la Unión Cívica. El doctor Salvador Nava contendió por el municipio de la capital y la composición de su planilla mostró esa convergencia social: cuatro industriales, cuatro obreros, dos empleados y un comerciante; algunos de ellos eran priístas, sinarquistas y comunistas.
Durante noviembre se multiplicaron las manifestaciones, principalmente en la capital. Una de ellas, organizada por un grupo universitario denominado Germán del Campo, provocó que el gobernador del estado Manuel Álvarez dejara el palacio de gobierno e incluso abandonara el estado. En los primeros días de diciembre se arrestó a varios manifestantes de la oposición. Cientos de ciudadanos fueron hasta las puertas de la cárcel para exigir su libertad. Un agente de la policía disparó e hirió de muerte a un niño; la respuesta fue la paralización de las actividades económicas: "el comercio organizado y la industria [...] han determinado continuar el cierre de sus establecimientos en forma más firme". Era un hecho que el remplazo del cacicazgo llegaría muy pronto.
Después de las intensas movilizaciones populares y el inicio del nuevo gobierno federal se reconoció el triunfo del doctor Salvador Nava en el municipio de San Luis Potosí. En enero de 1959 también se nombró un nuevo gobernador interino, Francisco Martínez de la Vega.
San Luis Potosí comenzó a modificar su relación con el poder central a través de un proceso de modernización política que exigía el fortalecimiento de una vida institucional que diera cabida y participación a los diversos sectores sociales. La modernización del PRI implicaba la movilización democrática de amplios sectores de la sociedad, que, a partir de 1958, formaron parte en la contienda electoral.
El municipio libre se convirtió en el bastión de la comunidad en alianza tácita con el nuevo poder federal. El doctor Salvador Nava recibió decenas de cartas de potosinos radicados en otros estados que describieron cómo entendían los sucesos:
...que queden en el olvido como una pesadilla, esos largos años en que nuestro estado desde la época del cedillismo hasta nuestros días con Gonzalo Santos, ha vivido la denigrante situación del pueblo envilecido en donde las libertades brillan por su ausencia, gracias al favor de que han gozado los caciques en turno por las propias autoridades federales. López Mateos al visitar San Luis Potosí dijo que los caciques duran mientras el pueblo los tolera, pero también porque están apoyados por la fuerza, por el terror [...] Sin embargo con eso dio la pauta para que San Luis Potosí se sacuda definitivamente ese estado de cosas [...] y [...] entre a una etapa de superación de acuerdo con el ritmo que llevan actualmente otras entidades de la República...
La remoción del cacicazgo santista estaba en marcha. La fuerza regional que se formó alrededor del doctor Nava y su presidencia municipal dio el siguiente paso cuando se decidió a competir por la gubernatura del estado. Surgió así un priísmo potosino renovado que se preparó a disputar las elecciones estatales de 1961. El 20 de enero, el doctor Nava se entrevistó con el general Alfonso Corona del Rosal, presidente del Comité Ejecutivo Nacional del PRI, para informarle de que había solicitado licencia en su cargo como presidente municipal, "ya que un grupo de amigos míos, militantes del PRI, piensa lanzar mi candidatura al gobierno del estado". En el mes de febrero afirmó que
a lo que debe recurrir el ciudadano potosino es a la Ley. Estamos seguros de que sus derechos cívicos serán respetados por los dirigentes del PRI como sucedió en 1958, con motivo de las elecciones municipales cuando se hizo el mas grande acto de justicia al pueblo de San Luis Potosí [...] soy miembro activo del PRI. Algunos militantes de este instituto me pidieron que aceptara un trabajo de auscultación proponiéndome como candidato al gobierno del estado. Acepté con la condición de que si no tengo el respaldo popular, no tendrá objeto que yo esté al frente de una contienda política [...] En mi vida he pertenecido a un solo partido político, que es el PRI. En la contienda de 1958, al rebelarme no lo hice en contra de mi partido, pues ningún partido político me postuló [...] ¡No soy sinarquista!, ¡No soy comunista! ¡Jamás he pertenecido a Acción Nacional!
La amplia alianza de fuerzas que se unió alrededor del doctor Nava provocó que sus enemigos políticos lo señalaran como representante de la reacción, un lenguaje propio de la etapa de guerra fría que imperaba en esos años. El movimiento político que encabezó ya no se enfrentó al cacique regional, sino al poder central que impuso las condiciones de la lógica nacional en los espacios locales. La dirigencia nacional del PRI no apoyó la precandidatura del doctor Salvador Nava y quiso incluso que éste y los suyos renunciaran a su proyecto político. Años después, el doctor Luis Fernando Rangel recordó: "Ellos sostienen su disciplina partidaria. Nosotros no la teníamos".
El 23 de abril de 1961, el PRI local efectuó su convención y nombró candidato al profesor Manuel López Dávila, que había hecho su carrera política en el estado de Chihuahua y retornaba a San Luis después de muchos años de ausencia. El nombramiento de López Dávila se interpretó como una imposición del poder central que obligó al doctor Nava y a sus seguidores a continuar su campaña por la gubernatura fuera del PRI. A fines de abril, en un mitin en la plaza pública, Nava y varios de sus principales colaboradores hicieron saber que renunciaban al PRI y que iban a continuar la lucha política para abrir espacios democráticos en San Luis. La decisión del GEN del PRI fracturó el proyecto de renovación y modernización política del partido en la entidad. La campaña del navismo se extendió por todo el estado. El 21 de mayo, el jefe de campaña del doctor Nava en la Huasteca potosina, el licenciado Jesús Acosta, fue asesinado. Acosta había sido abogado defensor de los derechos de los campesinos pobres e indígenas.
El 2 de julio, con las principales poblaciones del estado ocupadas por el ejército, se celebraron las elecciones. Los resultados oficiales le dieron el triunfo al candidato del PRI. La oposición navista, a la que se le reconoció haber ganado sólo en la capital del estado, comenzó un movimiento de resistencia civil acusando al gobierno de haber perpetrado un gran fraude. El resultado de las elecciones fracturó a la sociedad regional. López Dávila protestó como gobernador rodeado de bayonetas y tanques militares; unos días antes, el 16 de septiembre, fueron aprehendidos cerca de 50 dirigentes de oposición; entre ellos había industriales, comerciantes, profesionistas, estudiantes, amas de casa y líderes obreros. Acusados de subversión y de haber suscitado una "matanza" el 15 de septiembre en la plaza de armas de San Luis, fueron trasladados al Campo Militar número 1 de la ciudad de México. La presión nacional, la falta de pruebas y la evidencia de la represión ejercida obligó a las autoridades a poner en libertad a los pocos días a los detenidos, entre ellos el doctor Nava, quien sería trasladado unas semanas más a la cárcel de Lecumberri.
Los años siguientes evidenciaron la ruptura social que polarizó a la sociedad potosina. La represión del gobierno local y los insultos de la oposición fueron constantes durante el gobierno de López Dávila. Su gobierno intentó paliar la inconformidad invirtiendo en obra pública, principalmente en la construcción de escuelas. Creó la zona industrial para promover económicamente a la entidad y buscar alianzas con ciertos grupos que habían participado en el movimiento navista.
Los dirigentes de la oposición, tras la persecución y, en algunos casos, la tortura, abandonaron la arena política y se replegaron a sus actividades profesionales.