Cuando en 1860 el obispo Pedro Loza y Pardavé fue expulsado de Sinaloa por Plácido Vega, el presbítero José de Jesús Uriarte y Pérez quedó como administrador de la diócesis y le tocó enfrentar a los gobiernos liberales y la aplicación de las leyes de Reforma. Uriarte tuvo conflictos continuos con los gobernadores de Sinaloa, hasta el punto de tener que refugiarse en la sierra para eludir la persecución que sufría. El problema terminó en 1866, cuando el hombre fuerte de Sinaloa, el general Ramón Corona, ordenó que se dejara en paz al presbítero. El obispo Loza, que estaba en San Francisco, en 1865 volvió a Sonora, que también era parte de su diócesis, pero no pudo entrar en Sinaloa; en 1868, fue admitido de nuevo en Culiacán, pero ese mismo año fue enviado a ocupar el obispado de Guadalajara.
El presbítero Uriarte, quien era originario de Badiraguato, fue nombrado obispo de Sonora en 1869, y al año siguiente tomó posesión de su cargo. En su desempeño como obispo de Sonora reorganizó el Seminario Conciliar, clausurado en tiempos de la Reforma, terminó la catedral de Culiacán y fundó el hospital de El Carmen, que fue la primera institución de asistencia que hubo en Culiacán. En 1883 la diócesis de Sonora se dividió y se creó la diócesis de Culiacán, que comprendía el territorio del estado de Sinaloa. El señor Uriarte fue nombrado primer obispo de Culiacán, puesto que ocupó hasta su muerte en 1887.
