Durante la era de Cañedo se iniciaron en Sinaloa los esfuerzos gubernamentales en favor de la salud pública; en épocas anteriores, los problemas de salubridad eran atendidos por los particulares o por las instituciones religiosas. A mediados del siglo XIX no había médicos en Sinaloa, ni farmacias ni hospitales; se atendía a los enfermos con los procedimientos de la medicina tradicional, a cargo de curanderos empíricos. En 1854 se fundaron en Mazatlán los dos primeros hospitales, el militar y el civil, con capacidad para 34 internos.
La medicina moderna empezó en Culiacán gracias al doctor Ignacio Praslow, de origen alemán, quien fue director del primer hospital de la ciudad, el hospital de El Carmen, que fundara el obispo Uriarte. Hubo también en Culiacán otros tres médicos extraordinarios, los doctores Ramón Ponce de León, Ruperto L. Paliza y Andrés Vidales. Durante la era de Cañedo se rehabilitaron en Mazatlán los hospitales que ya existían, que fueron atendidos por médicos de gran capacidad profesional, los doctores Martiniano Carvajal, Juan Jacobo Valadés y Luis Lerdo de Tejada. Asimismo se fundaron hospitales en Concordia, Cosalá, El Rosario y Sinaloa. También en este periodo el Colegio Rosales abrió la carrera de químico farmacéutico.
Los anales sinaloenses registran tres catástrofes durante la era de Cañedo. La primera fue la hambruna de 1878 que se presentó en el norte y centro del estado, después de una larga sequía. La falta de alimentos incidió sobre una población ya de suyo desnutrida, e hizo que proliferaran varias enfermedades, especialmente el tifo, que causó muchas defunciones. El recién instalado gobierno de Francisco Cañedo tuvo muchas dificultades para conseguir alimentos y detener las violentas manifestaciones de inconformidad del pueblo. Más tarde brotó una epidemia de fiebre amarilla, que empezó en Mazatlán en el año de 1883 y se extendió a Culiacán. La epidemia mató a la soprano Ángela Peralta, quien se encontraba en Mazatlán con su compañía de ópera. Peró más grave fue la epidemia de peste bubónica que sufrió Mazatlán en 1902 y que causó la más grande mortandad que se recuerda en Sinaloa. Las epidemias de 1883 y de 1902 fueron combatidas eficazmente por los médicos sinaloenses, quienes evitaron que los estragos fueran mucho mayores.
