Es muy poco lo que sabemos de lo ocurrido en las provincias de Culiacán y San Sebastián durante los últimos 40 años del siglo XVI. De Culiacán sabemos que al morir los conquistadores las encomiendas se extinguían y los poblados indígenas pasaban a ser "corregimientos", es decir, eran gobernados por un corregidor español nombrado por el alcalde mayor. Estos indios, que ya no tributaban ni prestaban servicios a un español, ahora pagaban sus tributos al gobierno de la provincia. De San Sebastián tenemos noticias de que la población española disminuyó porque la bonanza de las minas fue efímera, y otros mineros cambiaron de actividad para dedicarse a la ganadería, la pesca o el comercio de la sal.
En 1576, el gobernador de Nueva Vizcaya fundó el presidio de Mazatlán en el lugar donde hoy se encuentra Villa Unión (el presidio era el destacamento militar que se establecía en las fronteras, en las costas o en algún otro lugar donde hubiera peligro de invasiones extranjeras o insurrecciones de indios). El presidio de Mazatlán se estableció con 25 soldados mulatos y sus familias para contener a los indios xiximes que deambulaban por la provincia y para impedir el desembarco de piratas ingleses u holandeses que merodeaban por estas costas con el propósito de asaltar al galeón que anualmente hacía el comercio entre Nueva España y las islas Filipinas.
La provincia de San Sebastián fue objeto de sonadas disputas entre el gobernador de la Nueva Vizcaya y la Audiencia de Guadalajara, que prolongaban antiguas rivalidades, pues ambas autoridades reclamaban la posesión del territorio y el derecho de nombrar el alcalde mayor que la gobernaba. En ocasiones hubo dos alcaldes mayores que pretendían gobernar la provincia.
Conocemos cuál era la situación de las tres provincias en el año de 1605 porque el obispo de Guadalajara, Alonso de la Mota y Escobar, hizo la visita pastoral y describió minuciosamente lo que encontró a su paso. De la provincia de San Sebastián dijo que sólo había 25 familias de españoles repartidas entre la villa de San Sebastián y algunos minerales. Dijo también que el presidio de Mazatlán contaba con 25 familias de mulatos y que en toda la provincia no había más de 75 familias de indios pacíficos, asentados en pueblos y dedicados a la agricultura.
De la Mota y Escobar describió San Miguel de Culiacán como un villorrio de casas de adobe habitado por 30 familias de españoles. Asimismo, afirmó que no pasaban de 60 las familias de españoles, mestizos y mulatos en toda la provincia, ocupadas en la ganadería, el comercio, la explotación de salinas y el laboreo de algunas minas. Según su informe, había 468 familias de indios pacíficos asentados en sus pueblos, dedicados a la agricultura y como jornaleros de la "gente de razón", como en aquella época se llamaba a los pobladores que no eran indios.
Cuando el obispo visitó la villa de San Felipe y Santiago de Sinaloa ya estaban allí los padres jesuitas, pero en 1590 sólo había los cinco vecinos que citamos. Las cifras de población que dio el obispo no incluyeron a los indios cahitas ni xiximes, porque no estaban sometidos al gobierno español y, por tanto, no eran fíeles de la Iglesia católica.
A fines del siglo XVI ya estaban bien definidos los grupos que conformarían la nueva sociedad surgida de la Conquista. El primer grupo era el de los españoles que, aunque reducido, resultaba el más importante porque concentraba en sus manos el poder político y económico y el prestigio social. Españoles eran los gobernantes: alcaldes mayores, miembros del cabildo, corregidores y oficiales de las milicias. Españoles eran los dueños de encomiendas, de tierras, minas, ganados, salinas, pesquerías y de las recuas de mulas para hacer el comercio con Nueva Vizcaya y Nueva Galicia. También eran españoles los clérigos y las personas distinguidas de las villas. El segundo grupo, más numeroso, era el de los indios sometidos, sobrevivientes de la hecatombe de la Conquista y de las epidemias. Habitaban en sus propias comunidades, separadas de las villas españolas, dedicados a la agricultura, a la manufactura de artesanías y al trabajo asalariado en las empresas de los europeos. Aunque aun quedaban algunas encomiendas, casi todos los indios estaban gobernados por corregidores españoles y sujetos al pago de tributo en favor del gobierno español. El tercer grupo social, el menos delineado en ese momento, estaba formado por mestizos, negros y mulatos, que los había en las provincias de Culiacán y San Sebastián, ocupados como soldados presidiales, artesanos o trabajadores a sueldo en las empresas de españoles.
El acontecimiento más importante ocurrido durante la conquista de Nuño de Guzmán fue el exterminio de tahues y totorames. Este hecho fue la causa principal de que los españoles no obtuvieran la riqueza que buscaban, pues no hubo suficientes indios para que con su trabajo produjeran la plata y los frutos de la tierra y construyeran las edificaciones que caracterizaban las villas y ciudades españolas. Así lo expuso el obispo Alonso de la Mota y Escobar: "Está muy arruinada esta villa [San Miguel de Culiacán], así de casas como de vecinos, que son pobrísimos. La causa de esto es la muerte de los indios cuyo sudor hace ricos a los españoles".
Si comparamos la situación de las provincias de San Sebastián, Culiacán y Sinaloa a fines del siglo XVI con el estado de otras provincias de Nueva España, encontramos acentuados contrastes. En la Nueva España se había establecido una "colonia", pues las instituciones españolas estaban sólidamente implantadas: de gobierno, como el virreinato, el municipio y la alcaldía mayor; de justicia, como la audiencia; económicas, como la encomienda, el repartimiento, el real de minas y la hacienda; sociales, como la iglesia católica. Los indios estaban sujetos a los españoles y su trabajo servía a los intereses de los dominadores. La población europea era numerosa y había establecido empresas productivas en minería, agricultura, ganadería y otros ramos de la economía, de modo que se producía lo necesario para la subsistencia de la sociedad, más un crecido excedente que se remitía a España en forma principalmente de plata; es decir, la Nueva España funcionaba como una "colonia" como los españoles la deseaban. La sociedad surgida de la conquista y colonización estaba organizada de modo que todo concurriera para beneficio de los vencedores, los que habitaban la Nueva España y los que quedaron en Europa; todos recibían el producto del trabajo arrancado a los vencidos.
En el noroeste, en cambio, por las mismas fechas, no había tal pujanza porque la población era muy débil: los indios habían sido aniquilados por las epidemias y los europeos eran unos cuantos. Nuño de Guzmán empleó los mismos procedimientos que Hernán Cortés, es decir, la guerra y la encomienda, pero aquí fue en vano. Los conquistadores no consiguieron los resultados que deseaban pues los beneficios obtenidos en Culiacán y San Sebastián fueron ínfimos y nulos en Sinaloa.
Esta primera fase de la conquista del noroeste fue el resultado de dos guerras que se libraron simultáneamente. Una fue la guerra de los soldados de Nuño de Guzmán que con las armas, las epidemias y los malos tratos aniquilaron a los indígenas. La otra fue la guerra de dos políticos rivales, Hernán Cortés y Nuño de Guzmán, que terminó con el triunfo de los partidarios del primero y la desarticulación de los planes del segundo. El Reino de la Nueva Galicia terminó copado por el de la Nueva Vizcaya, dejando a la provincia de Culiacán como un enclave, aislado del territorio neogallego. Nuño vio frustrados sus planes aun en la Mar del Sur, que fue surcada por los marinos de Cortés.
Pero a fines del siglo XVI las circunstancias políticas habían cambiado. Ya no había lugar para los conquistadores empresarios, y era el propio gobierno español el que con sus recursos financiaba las empresas de conquista y colonización. Además, se habían ensayado nuevos métodos de conquista, más eficientes que los anteriores: la misión y el presidio, que se aplicaron en Sinaloa bajo la dirección de los padres jesuitas, como veremos en el próximo capítulo.
