El pueblo de misión, al que llamaremos simplemente misión, era una comunidad de indígenas asentada en un lugar fijo y con límites precisos, con buenas tierras de cultivo y aptas para construir acequias de riego. En el centro estaba el templo, que era el punto principal de la vida común, junto con el atrio, el cementerio, el campanario y la casa del misionero, situados al frente y a los lados del templo. Lindante con el atrio estaba una plaza que servía como lugar de reunión y alrededor de ésta se alineaban las chozas que habitaban los indios; más allá estaban los campos de cultivo y pastoreo del ganado. Según las leyes españolas, la tierra era propiedad de la comunidad, no de los individuos, aunque a cada familia se le entregaba una parcela para su sustento. Estaban también las tierras de la misión, cultivadas en común por los indios, y cuyos productos servían para cubrir las necesidades de la comunidad. El ganado de la misión era propiedad de la Compañía de Jesús.
En las misiones de Sinaloa el principal cultivo era el maíz para sustento de la comunidad, así como frijol, calabaza y chile. De las plantas traídas de Europa se cultivaban el trigo, la caña de azúcar y diversos árboles frutales. Se criaba ganado bovino y equino, principalmente, aunque también había cerdos, cabras y borregos. El padre misionero organizaba las actividades productivas y administraba el ganado y las cosechas de la misión. Por su parte, los indios administraban los productos de sus parcelas familiares y de los animales de su corral. En algunas misiones hubo otras actividades económicas, como la manufactura de artesanías de barro, cuero, lana y algodón y la fabricación de azúcar, harina de trigo, tasajo y cueros curtidos.
Los indios aptos para el trabajo debían laborar en sus parcelas familiares tres días a la semana; otros tres los dedicaban al trabajo en los campos de la misión, al pastoreo del ganado, a la conservación del templo, a la limpieza de acequias o a otras tareas de beneficio común. Las mujeres cumplían diariamente las pesadas labores domésticas y en ocasiones auxiliaban a los hombres en las tareas del campo. Cuando los indios trabajaban para la comunidad recibían el alimento para su familia en granos y carne, y una vez al año se les repartía la tela para el vestido de la familia y otros artículos importados desde México, como instrumentos de trabajo y enseres para el hogar. Ésta era la remuneración que el misionero entregaba a los indios por su faena.
Las leyes españolas reconocían el derecho de las comunidades indígenas a gobernarse por sus propias autoridades, pero subordinadas a los funcionarios del rey. Cada año, los indios elegían a sus "justicias", que eran tres principales: gobernador, alcalde y alguacil. Era responsabilidad del gobernador mantener el orden en la comunidad, juzgar las disputas y castigar a los culpables; tenía también la importante tarea de organizar el trabajo para el servicio común. El alcalde auxiliaba al gobernador en todas sus funciones y lo suplía cuando estaba ausente. El alguacil vigilaba a la comunidad, informaba al gobernador si se cometía algún desorden en el pueblo y ejecutaba las órdenes de éste de aprehensión y castigo de los delincuentes. En algunas comunidades había un capitán nombrado por el capitán español cuya tarea era organizar el servicio militar para auxiliar a las fuerzas del presidio.
Para la administración religiosa de la comunidad el misionero nombraba a sus auxiliares, que eran el fiscal, el temastián y el sacristán. El fiscal se encargaba de vigilar que todos los miembros de la comunidad cumplieran los deberes religiosos, como asistir a misa, a las oraciones y a la predicación; preparaba a los indios para la confesión anual, examinaba la instrucción religiosa de los jóvenes que iban a casarse y cuidaba que los enfermos recibieran los sacramentos. El temastián se encargaba de la enseñanza del catecismo a los niños. El sacristán custodiaba el templo, tocaba las campanas que regían la vida de la comunidad y cuidaba que músicos y cantores cumplieran bien sus funciones.
La autoridad máxima en la misión era el religioso, quien de hecho todo lo controlaba. Procuraba que en la comunidad se observara una disciplina estricta y reprimía con rigor a quienes incurrían en hechicería, a los raptores de mujeres, a los amancebados, a los borrachos y a los holgazanes. En la misión se aplicaban castigos corporales, como los azotes, el cepo y el recorte del cabello. Si el delito era muy grave, se entregaba el delincuente al alcalde mayor para que lo castigara, incluso con la muerte, como se penaba el delito de rebelión.
Esta forma de vida disciplinada en la misión logró someter a los cahitas a la autoridad de los españoles, de modo que en el curso de la segunda mitad del siglo XVII se consiguió que los indígenas de la provincia de Sinaloa estuvieran sujetos e integrados a la sociedad colonial: ya eran trabajadores utilizables en las empresas de los españoles. Es cierto que no todos los indígenas aceptaron de buena gana este cambio tan profundo en su forma de vida y muchos huían de la misión, pero el capitán del presidio los perseguía y reintegraba a la comunidad. Los pueblos de misión se convirtieron en importantes productores de granos y ganado capaces de abastecer sus propias necesidades, de auxiliar a otras misiones y de vender alimentos a la población española. No tenemos información acerca de la forma de vida de los indios gentiles, pero es seguro que la presencia de los españoles modificó sus costumbres; sabemos que algunos se acercaban voluntariamente a trabajar con los españoles y recibían remuneración.
