El movimiento político y social al que Sinaloa se adhirió en septiembre de 1855 fue llamado de Reforma, o la revolución liberal, porque efectivamente ambos términos se ajustaban a los preceptos políticos enunciados por los insurrectos. La Reforma modificó profundamente la organización de la sociedad mexicana e imprimió una nueva orientación a la economía nacional. Fue una revolución liberal porque fueron tales principios los que delinearon su proyecto de nación. Durante el periodo que llamamos la Reforma y el Segundo Imperio (1854-1867), la revolución liberal apenas se iniciaba, pues lo más importante que se consiguió fue neutralizar las fuerzas sociales que se oponían al cambio, luego de dos guerras cruentas y devastadoras.
La revolución liberal surgió de las condiciones económicas y sociales del centro del país. A grandes rasgos podemos describirla como la violenta confrontación entre dos sectores del grupo dominante: los conservadores, integrado por los grandes propietarios, la jerarquía eclesiástica y los militares de alto rango, quienes detentaban privilegios heredados de la época colonial: y los liberal o progresistas, los pequeños propietarios, profesionistas e intelectuales que surgieron de los estratos medios de la sociedad.
Las dos facciones en pugna tenían su propio proyecto de nación. Los conservadores, además de mantener sus privilegios, pretendían lograr el desarrollo del país principalmente por medio de la industrialización. En las circunstancias del momento, este proyecto era muy difícil de realizar porque México carecía de tecnología industrial, de crédito y de la infraestructura necesaria para la economía de mercado, como por ejemplo las comunicaciones; en efecto, el país no tenía medios de transporte expeditos y esto le impedía formar un mercado nacional. Del mismo modo, en el mercado internacional sería muy difícil la competencia con las potencias capitalistas.
El proyecto impulsado por los liberales preveía la implantación de instituciones democráticas y conseguir el crecimiento económico por medio de la adecuación de la economía nacional a las exigencias del mercado internacional que, en esos momentos, demandaba a los países no industrializados que produjeran y exportaran las materias primas para la industria capitalista, así como que abrieran sus fronteras a la importación de manufacturas y a las inversiones directas de capitales extranjeros. Este proyecto era factible y, de hecho, los notables del noroeste ya habían dado grandes pasos en ese sentido; sin embargo, conducía a la economía nacional a una dependencia cada vez mayor de las naciones industrializadas, como también ya se había constatado en Sinaloa. Ambos proyectos económicos, más que excluyentes, pudieron haber sido compatibles si las circunstancias de confrontación no hubieran radicalizado las posiciones. Coincidían en mantener sujeta y sin participación política a la mayor parte de la población. El discurso de los liberales proclamaba los derechos individuales y la igualdad de todos los ciudadanos, pero en realidad no se entendía que fuera para todos los mexicanos, contradicción que mostró el partido liberal a la hora de aplicar su proyecto.
Al triunfo de la revolución liberal, el general Juan Álvarez asumió la presidencia de la república y nombró un gabinete integrado por políticos de una nueva generación que ostentaban una ideología liberal. Se inició entonces la aplicación del programa político contenido en el Plan de Ayutla que, a la larga, llevaría a la reforma profunda y general de la nación. Álvarez también ordenó la renovación de los poderes estatales para eliminar a los antiguos santanistas de los puestos de gobierno. En Sinaloa, el general Blanco dejó la gubernatura y la asumió Pomposo Verdugo (18 de octubre de 1855), quien a pesar de ser uno de los notables de Culiacán, nada pudo hacer para devolver a su grupo el control de los poderes locales. A este gobierno correspondió expedir el estatuto orgánico del estado de Sinaloa (3 de enero de 1856) que debía regir la vida política del estado mientras se elaboraba la nueva constitución que anunciaba el plan de Ayutla. Pomposo Verdugo también dispuso la celebración de elecciones para designar a los diputados que representarían a Sinaloa en el Congreso constituyente, que fueron Mariano Yáñez, Ignacio Ramírez y Antonio Martínez de Castro; asimismo, trasladó la capital del estado a Culiacán. En los dos años que duró su periodo, hubo muchas rebeliones militares en contra de su régimen o del gobierno de la República, además de los motines que seguían provocando los comerciantes de Mazatlán.
En el lapso que duró el gobierno preconstitucional de los liberales de Ayutla (2 de octubre de 1855 a 5 de febrero de 1857), algunos de los ministros del gabinete expidieron cuatro leyes que iniciaron la reforma de la sociedad, pero también la confrontación entre conservadores y liberales: la Ley Juárez (23 de noviembre de 1855), que abolía los tribunales especiales para impartir justicia en la nación, exceptuando a los eclesiásticos y a los militares; la Ley Lerdo (25 de junio de 1856), que disponía la desamortización de los bienes inmuebles de las corporaciones religiosas y civiles; la Ley del Registro Civil (27 de enero de 1857) y la Ley sobre Cementerios (30 de enero de 1857), a la que se añadió la Ley Iglesias, sobre el pago de derechos parroquiales (11 de abril de 1857). Estas leyes limitaban ciertos derechos que las instituciones eclesiásticas habían ejercido por siglos, sobre todo la Ley Lerdo, que obligaba a las corporaciones religiosas a deshacerse de sus bienes raíces, excepto los necesarios para el ejercicio del culto, por medio de su venta a las personas a quienes estaban arrendadas, fueran casas en las ciudades o ranchos en el campo. La aplicación de la Ley Lerdo en Sinaloa afectó más a la comunidades indígenas que a las corporaciones religiosas, porque eran muy pocos los bienes de las instituciones eclesiásticas y muchas las tierras comunales de los indios mayos en el norte del estado, los cuales fueron obligados a repartirlos en forma de propiedad privada. La desamortización de las tierras comunales no era cosa nueva en Sinaloa, ya que se venía practicando desde 90 años antes, pero las leyes reformadoras aceleraron la pérdida.
En ciertas regiones del país, como las del altiplano, las leyes reformadoras afectaron a las comunidades religiosas porque poseían muchos bienes raíces y ejercían una influencia política considerable, así que la confrontación entre liberales y conservadores se anunciaba como violenta. En cambio, en lugares como Sinaloa el enfrentamiento pudo haber sido menor, porque aquí las circunstancias eran diferentes y ya se estaban aplicando los principios liberales desde tiempo atrás, como lo podemos ver en la privatización de las tierras comunales de los indios y en la adecuación de los notables a las exigencias de los comerciantes extranjeros; sin embargo, fue el aspecto religioso el que vino a encender los ánimos al publicarse la nueva constitución liberal. En efecto, la constitución, que fue promulgada el 5 de febrero de 1857, contenía las leyes reformadoras y otras más que limitaban la participación política del clero. Los obispos consideraron que la ley era antirreligiosa y declararon que incurriría en excomunión el católico que la jurara; en realidad, la constitución afectaba privilegios de los altos jerarcas de la Iglesia católica, pero no lesionaba los sentimientos religiosos del pueblo creyente.
El obispo de Sonora, don Pedro Loza y Pardavé, con residencia en Culiacán, siguió el acuerdo de los demás prelados mexicanos y prohibió a los católicos que juraran la constitución bajo pena de excomunión. Este hecho provocó la escisión en la sociedad, porque muchos sinaloenses eran creyentes y respetuosos de la voz de su obispo y se enfrentaban a esta aparente contradicción; aparente porque en la realidad no hubo esa violencia en contra de la religiosidad del pueblo que los obispos condenaron. El 19 de abril de 1857 juró la constitución en Culiacán el gobernador interino Miguel Ramírez, porque Pomposo Verdugo pidió licencia temporal para separarse del cargo y librarse de la obligación de jurar la nueva ley. En el partido de El Fuerte, el prefecto Francisco Camilo Orrantia se negó a jurarla por lo que en su lugar lo hicieran los milicianos de la localidad. En Mazatlán se realizó con grandes muestras de regocijo, pero en la mayor parte de las ciudades sinaloenses, aunque se verificó el juramento, muchos de los funcionarios del estado y de las municipalidades se abstuvieron de participar. Sin duda, esta conmoción religiosa del pueblo influyó en la guerra intestina que sobrevino a causa de la reforma liberal.
Pomposo Verdugo reasumió la gubernatura en junio de 1857, tan sólo para convocar a elecciones de diputados al Congreso constituyente que habría de adecuar la Constitución de Sinaloa a la nueva constitución nacional y también para la elección de gobernador del estado. Efectuados los comicios, resultaron electos el general José María Yáñez y Leonardo Ibarra como gobernador y vicegobernador. Yáñez, quien era comandante militar del estado, asumió la gubernatura y trasladó la capital a Mazatlán, donde tuvo el más amplio apoyo de los comerciantes extranjeros porque pensaban que sería su colaborador, como lo habían sido los anteriores comandantes del ejército federal. Pero la gubernatura de Yáñez resultó muy breve; lo único que hizo en Sinaloa fue sumarse al Plan de Tacubaya (17 de diciembre de 1857) por el cual los conservadores de la capital desconocieron la Constitución de 1857 e iniciaron la confrontación militar con los liberales. El general Yáñez fue llamado a México por sus superiores en febrero de 1858, pero dejó Sinaloa adherida al bando conservador, pues logró que los militares, un buen número de políticos, la mayor parte de los diputados constituyentes y los notables apoyaran el golpe de Tacubaya.
El general Pedro Espejo sustituyó en la gubernatura a José María Yáñez y, al parecer, recibió un estado tranquilo; sin embargo, los liberales preparaban una insurrección en favor del régimen constitucional, encabezados por Plácido Vega, miliciano radicado en El Fuerte. Como carecían de tropa y equipo militar, los conspiradores recurrieron al gobernador de Sonora, el general Ignacio Pesqueira, y cuando éste les aseguró su respaldo proclamaron, el 19 de agosto de 1858, el Plan de El Fuerte, que pedía la restauración de la Constitución de 1857 y el reconocimiento de Benito Juárez como legítimo presidente de la República. Eran unos cuantos los sinaloenses levantados en armas, pero Pesqueira envió al coronel Jesús García Morales con 400 soldados y algunas piezas de artillería. Sinaloenses y sonorenses se reunieron en la villa de Sinaloa donde formaron la "brigada de occidente", que quedó al mando de García Morales (15 de octubre de 1858).
El general Manuel Arteaga, al frente de las fuerzas del gobierno, salió de Mazatlán para batir a los sublevados pero fue derrotado en La Noria, punto situado entre Mocorito y Culiacán. Arteaga huyó por Altata para refugiarse en Mazatlán al tiempo que los constitucionalistas entraban en Culiacán (19 de noviembre de 1858). Aparecieron otras guerrillas liberales, como la de Fortino León, en Concordia, que hostilizaban a la capital del estado (que se encontraba en Mazatlán).
A fines de 1858, Mazatlán era la principal plaza que ocupaban los golpistas de Tacubaya, y el general Pesqueira decidió dar contra ella el asalto definitivo. Él mismo se puso al frente de la reorganizada brigada de occidente, que en esos momentos contaba con 2 000 hombres de las tres armas con 20 piezas de artillería. Ese día, 4 de enero de 1859, Pesqueira fue aclamado como comandante militar y gobernador del estado de Sinaloa. Las fuerzas liberales no pudieron tomar Mazatlán y se retiraron a Cosalá donde recibieron la adhesión del general Esteban Coronado, quien venía de Durango al frente de un destacamento de constitucionalistas. El general Arteaga, al frente de las tropas del gobierno, quiso sorprender a los liberales y salió precipitadamente contra ellos; los ejércitos chocaron en Los Mimbres (15 de marzo de 1859), donde Arteaga fue de nuevo derrotado y se replegó a Mazatlán. Pesqueira avanzó sobre la capital, al mismo tiempo que parte de sus tropas ocupaban las ciudades del sur del estado. Tras un breve sitio, Mazatlán cayó en manos de los constitucionalistas (3 de abril de 1859), mientras los jefes conservadores huían protegidos por la marina inglesa.
El gobernador Ignacio Pesqueira empleó dos meses en reorganizar la brigada de occidente con objeto de que operara en el vecino territorio de Tepic, donde fuerzas conservadoras amenazaban la región sur del estado. Luego convocó a elecciones para gobernador y legisladores con la intención de regularizar la situación política del estado, nombró a Plácido Vega como depositario del poder Ejecutivo para que concluyera las acciones iniciadas y volvió a Sonora el 4 de junio de 1859.
