Antonio López de Santa Anna, nombrado por Agustín de Iturbide comandante general del sureste, envió a Fernández Mantecón, al mando de 300 hombres, a proclamar la independencia por esas acuosas tierras. Mantecón entró triunfalmente en Villahermosa el 7 de septiembre sin encontrar resistencia de los realistas y, al día siguiente, precisamente en domingo, el Plan de Iguala fue jurado en la capital de Tabasco. La Independencia se había consumado.
Fernández Mantecón organizó el gobierno local, cargo en el cual se mantuvo poco tiempo, porque tocó a Manuel María Leytón proclamar emperador a Agustín de Iturbide en un acto celebrado en la Plaza Mayor de Villahermosa el 10 de junio de 1822. Por otro lado Iturbide disolvía el Congreso y creó la Junta Instituyente, que decretó la formación de la Diputación Provincial Tabasqueña, con fines legislativos, el l° de enero del año siguiente. Pero Iturbide no pudo sostener sobre sus hombros el manto púrpura ribeteado de armiño, y antes de un año tuvo que tomar el camino del destierro.
Su salida del país fue un éxito a medias de los mexicanos, ya que, al proclamarse la República, los estados que secundaron el movimiento de Casa Mata se dividieron en federalistas y centralistas, escisión que dio origen a numerosos conflictos durante todo el siglo XIX. Sin embargo, se creó el Congreso Constituyente Mexicano y a él se adscribieron tanto la Diputación Provincial como el Ayuntamiento; obediencia y fidelidad fueron juradas por los tabasqueños en la Plaza Mayor de Villahermosa el 25 de mayo de 1822. Tabasco eligió como diputado al Segundo Congreso Constituyente al presbítero José María Ruiz de la Peña y a él correspondió solicitar que se le reconociera calidad de Estado, lo cual terminó por aceptarse.
En ese entonces se creó el pueblo de San Fernando, un lugar curiosamente habitado desde hacía unos años sólo por el vigía que atendía la entrada y salida de los buques. Sin embargo, para 1822 su población aumentó a 200 almas, y ni Villahermosa ni Nacajuca aceptaron encargarse de los auxilios espirituales de sus habitantes. El capitán de Milicias y Disciplinado de esta provincia, Cayetano Carensí, consideró que la falta de servicios religiosos había auspiciado un terrible desorden, por lo que, por propia iniciativa, hizo construir un oratorio y solicitó la presencia de un capellán. Don Juan de Dios Helguera, debido a la persecución de que fue víctima por "constitucional" y por haber cometido el "sacrilegio así llamado entonces de propender al sistema de Independencia", había fijado su residencia a una legua de la Barra Principal de Tabasco cuando en 1816 el obispo diocesano le confirió el cargo de capellán interino de la tropa destacada en ese lugar.
Casi de manera inmediata se le presentaron 30 familias de indios con el objeto de establecerse en aquel lugar. El capellán los alojó en su casa para que observaran el terreno, "que miraron con agrado por su fertilidad y llanura", y luego decidieron establecerse en un cañaveral, sobre el cual el gobernador aceptó se hiciera el trazo y el arreglo del nuevo establecimiento.
Durante ocho años el capellán trabajó intensamente en la construcción de la villa, facilitó buques y bongos para transportar a las familias, recaudó los granos para la subsistencia inicial. La población aumentó considerablemente si aceptamos el dato de la visita del gobernador don Francisco de Heredia y Vergara, en el sentido de que en la temprana fecha de 1817 había encontrado que en la población de San Fernando de la Victoria había 593 indios y vecinos. En su organización contemplaba la posibilidad de formar una Compañía de Milicias Pardas destinada a defender la barra.
El 25 de mayo de 1820 Helguera fue reconocido como el verdadero fundador de la villa, por lo cual el fiscal de Hacienda Pública dispuso asignarle la cantidad de 300 pesos anuales para su subsistencia. Sin duda, el gobierno otorgó esa recompensa debido al carácter estratégico del nuevo emplazamiento, tanto para el comercio como para la defensa del estado. En plena guerra de Independencia se daba el ánimo suficiente para que los habitantes hicieran un paréntesis y dedicaran sus esfuerzos a la construcción de un proyecto, que incluyó una traza urbanística con clara idea de un poblado moderno, según documentos del ramo de Justicia Eclesiástica:
...que dejen una plaza de 150 varas en cuadro, para poner en uno de sus frentes la Iglesia, Casa del padre, Casa Real y Casa del Gobernador (...) que esté inmediato el pueblo al río; las casas y los solares tirados a cordel en igual capacidad y cada 150 varas una calle en travesía; que las calles sean rectas de oriente a poniente y de norte a sur que todos cerquen sus solares dejando de calle quince varas de ancho y que siembren sus solares de árboles frutales.
En otro orden de cosas, el 14 de enero de 1824 Tabasco declaró la forma de gobierno republicano, representativo, popular y federal en el marco del derecho imprescriptible de la Independencia, declaratoria encontrada en el ramo Gobernación aceptada por el Congreso Constituyente el 7 de febrero y comunicada por José Rincón mediante una circular con la leyenda "Dios y Libertad". En ella expresaba a las corporaciones políticas del estado hasta el último grado "... cuáles son los heroicos sentimientos de los Supremos Poderes en favor de la Patria único objeto que ha llamado siempre sus Paternales miras para hacer felices a los Estados de la Federación y elevarlos a su propio engrandecimiento..."
De acuerdo con la Constitución Federal de los Estados Unidos Mexicanos, proclamada el 4 de octubre de 1824, se eligió al general Guadalupe Victoria primer presidente de la República; en la capital de Tabasco se procedió a la organización de las festividades que tal proclama ameritaba. Se estableció que la publicación del Bando Nacional se realizaría el sábado 20 de diciembre con toda la solemnidad y que se juraría el domingo siguiente, "yendo a la cabeza el primer Alcalde y cuatro regidores". Ese día, a las 9 de la mañana, el presidente del Congreso prestaría el juramento del decreto del 4 de octubre ante los secretarios y demás diputados. El gobernador del estado protestaría como tal en el salón del Congreso y sería recibido por los empleados, corporaciones y autoridades, tanto civiles como eclesiásticas, en el paraje designado por el secretario de Gobierno.
Se previó que posteriormente el gobernador se dirigiera a la iglesia parroquial, donde se cantaría un solemne te deum, se daría misa en acción de gracias y el eclesiástico de mayor dignidad pronunciaría un discurso de tan alta dignidad como el solemne acto. Las calles se adornarían y serían iluminadas por las noches, y habría diversiones públicas y repiques generales. En los pueblos, los alcaldes debían prestar juramento ante los ayuntamientos; actos todos en los que también debía participar el pueblo.
