Una vez configurado el federalismo en Tabasco, los problemas no se superaron; era necesario reestructurar el poder político y reorganizar la economía. Desde el 8 de mayo de 1824 el gobierno provisional quedó en manos del cunduacanense Agustín Ruiz de la Peña, quien emprendió una carrera política que estaría vinculada al desarrollo ulterior de su estado. Pero, sin adivinar los problemas que se generarían más tarde, el coronel José Antonio Rincón quedó al mando de las tropas, en representación del supremo gobierno, lo cual motivó un enfrentamiento entre ambos, pues Rincón había reunido a un grupo de adeptos y se había negado a acatar las disposiciones del Congreso local, así como a obedecer al gobernador. Por las pugnas internas, el ayuntamiento de Villahermosa hubo de trasladarse a Cunduacán, y por medio de una conjura Rincón fue relevado y sometido a prisión durante dos meses.
Enterado de la conflictiva situación en Tabasco, el presidente Victoria envió al batallón de línea dirigido por el coronel Francisco Hernández, quien asumió el mando como comandante general de Tabasco, apoyado por 400 hombres del coronel Antonio Facio y del capitán Ricardo Toscano; juntos derrotaron a los oponentes. Pero finalmente el gobernador Ruiz de la Peña fue despojado de su cargo por órdenes del general Manuel Mier y Terán, secretario de Guerra, y enviado para ser juzgado a la ciudad de México. Al resolverse esos conflictos, el 5 de febrero de 1825 se promulgó la primera Constitución Política del Estado de Tabasco.
Como una evidencia de las dificultades internas que privaron entonces en Tabasco, los senadores electos se quejaban de no poder realizar sus funciones. Así, don José María Alpuche e Infante se lamentaba de que su compañero senador segundo por Tabasco, don José Salvador Calcáneo, no había podido presentarse a la Cámara porque el ayuntamiento de Teapa le había entorpecido el viaje, en virtud de que tenía pendiente "una contrata que hizo de techar la iglesia, que podría cumplir el año entrante concluida su comisión", según una carta del 20 de septiembre de 1825 localizada en el ramo Gobernación. Luego de una explicación del mismo Calcáneo de que los del pueblo no le habían entregado las maderas sobrantes, y de que los jornaleros fallaron al negarse a trabajar por 2 reales, como se pagaba en todo el país, llegó incluso a mencionar que su casa había sido atacada en varias ocasiones. No obstante, el ayuntamiento respondió que nunca había negado auxilio al senador segundo; de cualquier modo, éste no podía forzar a los operarios a trabajar por ese salario, pues exigían 2 reales y medio. Alegaba además que Calcáneo había tenido el abasto de carne por un año para cumplir con la obligación de techar la parroquia que hizo con el común. Finalmente se decidió que la obra fuera concluida en agosto para que el senador segundo pudiera luego dar cumplimiento a sus obligaciones políticas.
Para 1827 dos grupos políticos se disputaron la conducción del estado. Por un lado se encontraban los liberales-federalistas, vinculados a los diputados que formaron parte de la Segunda Legislatura, encabezados por el gobernador Agustín Ruiz de la Peña; y, por el otro, los centralistas, que al renovarse la Cámara obtuvieron la mayoría de las curules. Este grupo reconocía en Marcelino Margalli, entonces vicegobernador, a su líder.
Desde ese cargo, Margalli dio a conocer varios decretos, que seguramente contaron con el aval del gobernador, y que atendían las inquietudes del clero, que prácticamente no había aumentado en número: en 1822 tenía 55 miembros más que en 1794, cuando registró 626 clérigos, según datos del ramo Justicia Eclesiástica; además, después de la Independencia su presencia disminuyó casi a la mitad. Los controles que se estatuyeron seguramente hicieron poca gracia a las autoridades eclesiásticas, porque el gobierno estableció como su facultad proveer los templos, lo que antes era decisión del vicepatronato del estado de Yucatán. Para llenar las vacantes del nuevo patronato, el gobierno eclesiástico metropolitano debía hacer llegar una lista de los candidatos al gobernador de Tabasco; asimismo se creó una junta de diezmos constituida por el vicario general del estado, el vicegobernador y el administrador de rentas particulares.
En las medidas había ya una clara disposición para buscar la independencia del clero tabasqueño respecto de la diócesis de Yucatán, si hemos de tomar como prueba la activa presencia del vicario José María Alpuche e Infante. Esto se desprende de varios documentos que el mismo presbítero suscribió. A mediados de 1827 preguntaba al ministro de Justicia Miguel Ramos Arizpe acerca de la inquietud del vicario general, don José Eugenio Quiroga, y del gobernador de Tabasco de que a pesar de estar prohibido por la Constitución Federal "... la data en propiedad de piezas eclesiásticas [...] vienen de Yucatán al estado de Tabasco curas propios y beneficiados despachados con título expreso y colocación canónica cuando de hecho y de derecho en ninguna diócesis se ha dado esta clase de beneficio sino en interinato hasta que se arregle el ejercicio del patronato".
Al mismo tiempo se dio a conocer la prohibición de una serie de libros por parte del papado, aunque éstos difícilmente podían afectar la vida cotidiana de los tabasqueños, porque varios de ellos fueron publicados en lenguas diferentes a la castellana. Destacaban: O Cidadao Lucitano, Breve Compendio en que se demostrao os frutos da Contituçao, é os deberes do Cidadao Constitucional y Difesa del Purgatorio dallo moderne opinioni o assía il Purgatorio vendicato dalle impostura. De las producidas en la lengua de uso fueron: Carta escrita al Papa Pío VII, y Disertación sobre el poder que los reyes españoles coercieron hasta el siglo duodécimo en la división de obispados y otros puntos concisos de la disciplina eclesiástica, pero probablemente los más leídos fueron la Colección de cuentos divertidos en verso y prosa con algunas fábulas y Cuentos en verso castellano, este último de Tomás Hermenegildo de las Torres.
De nuevo reaccionó el presbítero Alpuche, quien solicitó al ministro de Justicia se investigara sobre dicha prohibición que el párroco del Sagrario de Mérida remitió al vicario general del estado de Tabasco. A tal requisitoria, el gobierno eclesiástico de Yucatán respondió a don José Eugenio Quiroga, vicario de Tabasco:
...que no he recibido Bula, Breve, ni rescripto alguno de la Curia romana que el celo ordinario de esta Diócesis no me hubiera permitido circular [...] sin el pase correspondiente del Gobierno Supremo de la Nación. Lo que se remitió en correspondencia personal al Vicario de Tabasco es copia de varios libros prohibidos por la Sagrada Congregación del índice con aprobación de León XII, con fecha 6 de septiembre de 1824.
Pocos años más tarde, después del fallido intento de Tabasco por alcanzar la independencia eclesiástica de Yucatán en 1829, el Congreso General dio a conocer un decreto el 15 de abril de 1834 por medio del cual se reconocía que, luego de escuchar a los gobernadores de Yucatán y de Tabasco, además de la Santa Sede, la silla episcopal debía ser ocupada por "un eclesiástico mexicano por nacimiento, de conocida virtud e ilustración". El documento fue firmado por el senador Alpuche y por el resto del senado, así como por Valentín Gómez Farías y Andrés Quintana Roo.
