Al conocerse la noticia del cuartelazo en la ciudad de México y los consecuentes asesinatos del presidente y del vicepresidente, los maderistas se agruparon en Huimanguillo. Los hermanos Aguirre Colorado, Isidro Cortés, Aúreo L. Calles, Aureliano y Pedro Colorado se percataron de la indecisión del gobernador Manuel Mestre Ghigliazza para desconocer al usurpador Victoriano Huerta.
El 25 de febrero de 1913, Mestre se manifestó al respecto, enviándole un telegrama que decía: "Un alto deber de patriotismo, que usted sabrá apreciar debidamente, me obliga a coadyuvar en mi puesto en la obra de paz nacional". Años más tarde Mestre justificaba esa postura con el aislamiento en que se encontraba Tabasco y su distancia respecto del centro, además de las dificultades que hubiera implicado el enfrentarse a las fuerzas federales. El 28 de abril el Congreso local reconoció al gobierno de Huerta, con la excepción de varios futuros revolucionarios.
Con el asesinato de Madero tomó forma en Tabasco un nuevo movimiento con mayor articulación y coherencia para acercarse a la nueva corriente política nacional que el coahuilense Venustiano Carranza articulaba. El 5 de abril se lanzó el grito de rebelión en Cárdenas en contra de Huerta. Ramón Sosa Torres Rafael, Juan Gutiérrez y Fernando Aguirre Colorado, así como Aureliano y Pedro Colorado, junto con Aúreo L. Calles y Pedro Torruco, encabezaron a un grupo de 100 hombres a caballo que tomaron esa población, y al día siguiente Huimanguillo.
Estos revolucionarios, a los que se unieron los hermanos Carlos y Alejandro Greene, lanzaron varios planes a partir del 8 de abril de 1913: en ellos desconocían al gobierno de Huerta, se pronunciaban contra la restauración del porfirismo, en defensa de los principios del sufragio efectivo y la no reelección, contra la servidumbre y por las garantías individuales.
En el extremo sur del estado, surgió un movimiento similar a partir de que, el 27 de febrero, llegó a Balancán el vapor de río Sánchez Mármol y los pasajeros compungidos contaron la infausta noticia del cuartelazo militar y de cómo habían perdido la vida Madero y Pino Suárez. El 16 de marzo, el coronel Luis Felipe Domínguez convocó a sus amigos a una reunión en su rancho El Caracol. Allí, los revolucionarios de la región de los ríos acordaron levantarse en armas contra Victoriano Huerta.
Aun trataron de convencer al gobernador Mestre para que, en nombre de su vocación maderista, se sumara a ese desconocimiento; pero la gestión fracasó y decidieron contactar al gobernador de Coahuila, don Venustiano Carranza, quien había desconocido al usurpador y había asumido la dirección del movimiento en rebeldía que se manifestaba en todo el país. Entonces, Carranza le dio a Domínguez la responsabilidad de organizar a las fuerzas del estado.
Mientras se articulaban los dos brazos de la Revolución en Tabasco, el doctor Mestre pidió licencia a su cargo de gobernador el 25 de abril, y en su lugar fue designado el huertista Agustín Valdez, quien al mando del 18° batallón había llegado a San Juan Bautista para restablecer el orden, debido a que el 31° batallón se había sublevado. Así pagaba el antiguo gobernador su indefinición frente a la caída de Madero, y aún así llegó a la ciudad de México a solicitar audiencia en el Palacio Nacional, donde dio la mano a Huerta el 9 de mayo de 1913; algo que incluso sus amigos más cercanos no le perdonaron.
El 24 de mayo se declaró constituido el Ejército Constitucionalista del Occidente de la Chontalpa y se proclamó primer jefe a Pedro C. Colorado. Éste, junto con Carlos Greene y Aurelio Sosa, se fortaleció y adquirió un gran peso militar, y sobre todo político, en el estado.
En la región de los Ríos, por Tenosique, el núcleo encabezado por Luis Felipe Domínguez (familiar de Belisario Domínguez) había comenzado su actuación; destacaban entre sus filas Pablo Gamas y varios agricultores chicleros, así como las gentes de Pablo Marenco y Pedro Sánchez Magallanes, integrando la Brigada Usumacinta. Se completaba así un proceso en el que los dos grupos más fuertes de Tabasco hicieron supuestamente a un lado sus diferencias y se unieron para luchar por una sola causa.
Los triunfos de los carrancistas por todo el país, así como el asedio a Veracruz por parte de tropas estadounidenses, pusieron fin al gobierno de Huerta. En Tabasco, la guerra continuaba y los revolucionarios adquirían grandes victorias. El 20 de enero de 1914, en la Chontalpa, Carlos Greene y Ramón Sosa Torres ocuparon la Barra de Santa Ana, guarnecida por 250 soldados federales. Y en los ríos, el general Domínguez tomó la plaza de Balancán el 26 de agosto. Fue un año decisivo para los revolucionarios, porque mientras Carranza firmaba los Tratados de Teoloyucan, pidió a Domínguez que se dirigiera a San Juan Bautista para hacerse cargo del gobierno y de las operaciones militares, de acuerdo con el Plan de Guadalupe. El general Alberto Yarza, como nuevo gobernador huertista, estuvo de acuerdo en negociar, y el 1° de septiembre entregó el gobierno del estado al cabecilla de la Brigada Usumacinta.
El mismo día salieron las autoridades depuestas y algunas familias pudientes que aprovecharon la ocasión para abandonar el estado. El testimonio de Andrés Iduarte, Un niño en la Revolución mexicana, dibuja los hechos:
Los soldados venían muy cansados, muy tristes y muy sucios; familias enteras no estaban de acuerdo en abandonar sus pertenencias, pero el temor a los revolucionarios les hizo huir. En un muelle improvisado tomamos el barco que nos llevaría a la isla del Carmen, en el estado de Campeche, por la maravillosa red fluvial de Tabasco.
El 2 de septiembre de 1914, luego de librar varios combates, los revolucionarios entraron en la capital de Tabasco. El pueblo vitoreó a los generales Pedro C. Colorado, Carlos Greene, Ramón Sosa Torres, Isidro Cortés, José Domingo Ramírez Garrido, Ernesto Aguirre Colorado, Aúreo L. Calles y demás miembros del ejército de la Chontalpa. Los hechos han trascendido gracias a la polémica entre los generales José Domingo Ramírez Garrido y Mario J. Domínguez Vidal. Los revolucionarios fueron agasajados con arcos triunfales y varios festejos. Fue el general Domínguez quien firmó como gobernador militar del estado de Tabasco, de acuerdo con las promesas que hiciera la revolución de la Chontalpa y de los Ríos, el decreto de amortización de las deudas de los peones y el de la abolición de la servidumbre, y en el que se establecían sanciones para los hacendados que violaran las disposiciones de los decretos del 18 y 19 de septiembre de 1914.
A la capital pudieron entrar juntos los dos grupos revolucionarios por decisión de Domínguez, quien llamó a los compañeros en armas para compartir ese momento. Las pugnas internas, sin embargo, habían comenzado a hacer mella en el grupo. Los jefes de los Ríos eran transigentes y con un sentido de justicia que impedía cualquier exabrupto; asimismo, daban garantías a los hacendados y a los comerciantes poderosos de la entidad. Su acción se circunscribió a una porción reducida del territorio tabasqueño; la Brigada Usumacinta tenía pocos hombres, y sus acciones no armadas no fueron tan determinantes en la caída de Huerta.
En cambio, los revolucionarios de la Chontalpa eran radicales y no ponían freno ni al saqueo de sus tropas ni a sus acciones anticlericales. Eran poco caballerosos y hasta ignorantes. Por ejemplo, de los hermanos Greene se decía que Carlos tenía "aspecto de peluquero [?] y es de una ignorancia aplastante; Alejandro es de torvos instintos". Sin embargo, fueron los de esa región quienes realizaron las acciones militares de mayor envergadura, lo cual dio garantías a Domínguez para negociar con los huertistas, que salieron tranquilos, con toda clase de garantías; la capital fue recuperada sin mayor derramamiento de sangre.
Domínguez y Colorado declinaron su posible postulación para el cargo de gobernador con el fin de evitar fricciones, así que la responsabilidad recayó en Carlos Greene, mientras Sosa Torres era nombrado comandante militar, según cuenta Alfonso Taracena en Mi vida en el vértigo de la Revolución mexicana. Greene ocupó la gubernatura de octubre de 1914 a febrero de 1915, con lo que se lograba una alianza que pudo mantener unidos a los ejércitos de la Chontalpa y de los Ríos. Al final se reconsideró el punto y Domínguez fungió como gobernador, seguramente con la desaprobación de los de la Chontalpa, que habían mostrado una gran disposición para la lucha y habían estado en la primera línea de fuego. Varios gobernadores se sucedieron como producto de las diferencias que se presentaban en el estado, las cuales no constituían solamente un problema tabasqueño.
Podría decirse que Domínguez tuvo una visión más conciliatoria de la Revolución, en tanto que Greene escogió una orientación más acorde con la práctica política que el momento exigía. Las fuerzas internas continuaron en un precario equilibrio, con permanentes desacuerdos y ajustes, y ninguna parecía tener el poder suficiente para imponerse a la otra. No obstante, Greene consiguió el apoyo del primer jefe gracias a su amistad con el yerno de éste, Cándido Aguilar. Quizá la decisión fue consecuencia de las simpatías y la cercanía de Pedro C. Colorado con Carranza, mientras que algunos consideraban justa la postura de Francisco Villa. Los carrancistas decidieron participar en la campaña en contra de Villa y fueron a combatirlo a El Ébano, en Tamaulipas. Al regresar a Tabasco, Colorado fue asesinado, y sus colaboradores más cercanos apresados. La unidad y la tranquilidad en el estado habían durado muy poco tiempo.
Carranza, conocedor de la situación y ante la muerte de uno de sus jefes más incondicionales, decidió enviar a Tabasco al general Francisco J. Múgica, quien al mando de 700 hombres desembarcó en el puerto de Dos Bocas. Era el mes de septiembre de 1915 cuando el coronel Aquileo Juárez entregó el mando al enviado del constitucionalismo. Pero la decisión no fue del agrado de ninguno de los dos bandos, de modo que ambos propusieron a Carranza en la ciudad de México que destituyera a Múgica, el cual fue retirado después de dos meses y le sustituyó Domínguez; pero las pugnas entre los dos grupos de la Revolución en Tabasco no se resolvieron, y Múgica regresó para proseguir su labor del 24 de febrero al 13 de septiembre de 1916. Más adelante salió para intervenir en los debates de la nueva Constitución en Querétaro.
Durante sus dos cortas administraciones Múgica, demostró su inflexibilidad para resolver problemas. Restituyó a la capital su antiguo nombre de Villahermosa y aplicó los preceptos derivados de las Leyes de Reforma. Devolvió el carácter civil a los cementerios e inició las reivindicaciones que prometió la Revolución. Por ejemplo, decidió el primer reparto agrario el 13 de mayo de 1916 y puso fin al litigio entre la Compañía Agrícola Tabasqueña y los demandantes de tierra de la Villa de Jonuta. De esa manera entregó a los vecinos una porción de la isla de la Hacienda El Chinal, más meritorio aún porque lo hizo en desacuerdo con Carranza, quien hizo todo lo posible por que las propiedades fueran devueltas a sus dueños.
Además, Múgica mandó perseguir a las fuerzas de Gil Morales, responsable de la muerte de Pedro C. Colorado, hasta que las derrotó cerca de Palenque e hizo fusilar a los sobrevivientes. Sin embargo, los alzamientos continuaron, pese a todos los esfuerzos de recomposición política. Los felicistas asediaron Teapa y luego fueron perseguidos hasta Chiapas por más de 100 combatientes de la Brigada Usumacinta; pero volvieron al ataque sobre Pichucalco, hasta que el 28 de abril de 1917 Félix Díaz designó gobernador y comandante militar a Fernando Villar. El carrancista Salvador Alvarado llegó a Tabasco el 2 de septiembre de 1917 a dirigir la campaña en contra de los felicistas, para la cual buscó el apoyo del para entonces general Carlos Greene.
Se iniciaba así la transición hacia una nueva etapa que asegurara una relación
más expedita entre Tabasco y el resto del país. Las diferencias personales se
supeditaron a las políticas, los localismos respondieron a una sola intención
política de orientación nacional; se pretendió, en suma, que a la violencia
se antepusiera la razón.
