Luego de la caída de Vicente Guerrero como presidente de la República y del ascenso de Anastasio Bustamante al Poder Ejecutivo, la oposición a su gabinete se generalizó en todos los estados —sobre todo contra los ministros de Guerra y Relaciones, José Antonio Facio y Lucas Alamán—, porque se opinaba que violaba los principios federales. Mientras tanto surgían tres grupos: los partidarios de Bustamante, los que proponían un movimiento armado en su contra y los defensores del constitucionalismo; García Salinas entre ellos, quien rechazó formar parte de una conspiración contra el gobierno nacional.
El pronunciamiento del 2 de enero de 1832 de los jefes de la guarnición de Veracruz, que demandaba respeto a la Constitución y la destitución del gabinete de Bustamante, consolidó el poder del ejército con la colaboración de los estados que aceptaron usar las armas para recuperar "la legitimidad". Sin embargo, el fortalecimiento del ejército preocupó a los estados y decidieron recuperar la legitimidad del gobierno nacional en las elecciones de 1832. Se iniciaba así el fin de la primera república federal.
Ante los acontecimientos nacionales, la situación interna de Zacatecas se complicó; los miembros del gobierno adoptaron posturas encontradas, disolviéndose la cohesión que había existido. Entre los poderes Ejecutivo y Legislativo y en el seno mismo de este último se abrieron grietas que ya no cerrarían. Sin consultar a García Salinas, como era costumbre, el Congreso adoptó un tono amenazante en contra del gobierno nacional al que consideraba ilegítimo y demandó que Manuel Gómez Pedraza, triunfador legal de las elecciones de 1828, ocupara la presidencia, usurpada primero por Guerrero y luego por Bustamante. Los diputados Luis de la Rosa y Valentín Gómez Farías proponían la separación de Zacatecas de la Federación, provocando rechazo entre algunos de sus homólogos porque aducían que contrariaba los principios de legalidad que habían defendido.
La legislatura reconoció como legítimo presidente a Gómez Pedraza y autorizó al Ejecutivo a disponer de la milicia cívica y de recursos públicos para defender la Federación en contra del gobierno de Bustamante. Zacatecas asumió la dirigencia de una coalición formada por los estados de San Luis Potosí, Tamaulipas, Durango y Jalisco; el movimiento armado fue encabezado por las milicias cívicas zacatecanas y potosinas, siendo derrotadas por el ejército de Bustamante el 18 de septiembre de 1832 en El Gallinero, estado de Guanajuato. El costo político y económico de la derrota fue altísimo para Zacatecas. Las divisiones del grupo gobernante se profundizaron a tal grado que Gómez Farías encabezó una facción para impedir la reelección de García Salinas y quedar él a cargo del Ejecutivo, pero Tata Pachito resultó triunfador en las elecciones. Además, se rumoraba que el ayuntamiento de Aguascalientes se pronunciaría por el centralismo.
