El capitán Juan Fernández de Híjar, gobernador de la vecina villa de la Purificación, tuvo noticia de la llegada del adelantado y se trasladó inmediatamente al puerto de la Navidad para informarle del angustioso estado en que se hallaba todo el reino de la Nueva Galicia a consecuencia de la sublevación general de los naturales de la región. El capitán veía como obra de la providencia divina la presencia en aquel territorio de la poderosa fuerza que conducía un jefe y conquistador de tanta fama, y le rogó que ayudara a los españoles que en tan duro aprieto se encontraban y que contribuyera a pacificar los pueblos alzados. Alvarado aceptó sin vacilar la petición del gobernador y dio orden de que desembarcara su gente, dispuesto a marchar con ella a la ciudad de Guadalajara, que era el punto más amenazado por estar rodeado de los pueblos enemigos.
Ocurrió, sin embargo, que el virrey de la Nueva España, don Antonio de Mendoza, tuvo noticia también de haber llegado el adelantado al frente de la armada más poderosa que hasta entonces había desplegado sus velas en la Mar del Sur. Por diverso motivo, el virrey creyó ver igualmente la mano de la providencia en el arribo del gobernador de Guatemala, y despachó mensajeros al puerto de la Navidad para invitarlo a que se reuniera con él en un lugar intermedio entre la ciudad de México y costa para tratar de asuntos que a ambos interesaban.
Mendoza estaba empeñado a la sazón en una empresa de la que esperaba obtener pingües provechos. Un fraile visionario de la orden de San Francisco, conocido con el nombre de fray Marcos de Niza, había convencido al virrey de que al norte del territorio de la Nueva España, donde hoy existe el estado de Nuevo México, existía un grupo de pueblos indígenas de incalculable riqueza, a los cuales daban el nombre de Tzíbola. De orden del virrey el fraile franciscano había hecho un viaje a aquella región, y aunque no vio más que de lejos las casas de adobe edificadas por los indios zuñis sobre las mesas naturales, volvió a México con la sensacional noticia de que en dichos lugares era tan abundante el oro que hasta las vasijas y menesteres de cocina estaban hechos del precioso metal.
Halagado por tan fantásticas nuevas, el virrey había organizado una expedición por tierra que confió al gobernador de Jalisco, Francisco Vázquez de Coronado, y despachó por mar al capitán Hernando de Alarcón para que explorara las aguas de California y buscara desde la costa el acceso al Eldorado del norte.
En el cuadro de esta campaña encajaba la figura de Pedro de Alvarado, conocido por su espíritu aventurero y ambicioso y en posesión de una fuerza marítima respetable. Enterado de los deseos del virrey, el adelantado dio orden de que su gente se embarcara de nuevo y que la armada se trasladara algo más al norte, al puerto de Santiago de Buena Esperanza, en la desembocadura del Río Grande de Santiago, donde hoy existe el puerto de San Blas, en el estado de Nayarit. En seguida se puso en camino para reunirse con Mendoza.
La reunión entre ambos personajes tuvo lugar en el pueblo de Tiripitío, de la provincia de Michoacán, que era encomienda de Juan de Alvarado, deudo del adelantado. El virrey se presentó en compañía del oidor de la Audiencia de Nueva España, licenciado Alonso Maldonado, que había sido juez de residencia y gobernador de Guatemala, y del veedor de México, Peralmíndez Chirino. El obispo de Guatemala, licenciado don Francisco Marroquín, que por negocios de su diócesis acertó a encontrarse en México en aquella ocasión, acompañaba a Alvarado y le ayudó durante estas negociaciones.
Mendoza recordó al gobernador de Guatemala que por una cláusula de la capitulación de éste con Su Majestad para el descubrimiento y conquista de las islas del poniente, el soberano le concedía a aquél la tercera parte de los provechos que se obtuvieran, y en consecuencia le propuso que unieran sus fuerzas para dicho descubrimiento y que formaran al mismo tiempo una compañía para explorar las riquezas de las ciudades de Tzíbola, cuya fama había despertado la ambición no sólo de Mendoza, sino también de Cortés, quien por ese tiempo gestionaba directamente en la Corte el privilegio de descubrir ese territorio. Hacía notar el virrey que estando ya asociados por voluntad del soberano en los descubrimientos de la Mar del Sur, les convenía a los dos ampliar el campo de sus actividades atendiendo a ambas empresas.
La intromisión del virrey contrariaba los proyectos de Alvarado porque limitaba su libertad de acción; pero, por otro lado, la idea de participar en la distribución de las riquezas de Tzíbola ha de haber halagado fuertemente su ambición. Mendoza reconoce que entre él y el adelantado hubo "alguna discordia" sobre el concierto de que se trataba, pero que, por fin, teniendo presente lo sucedido en el Perú, donde se encontraron frente a frente las ambiciones de los conquistadores, consiguieron ponerse de acuerdo y convinieron en despachar dos armadas, una para descubrir la costa de la Nueva España por el rumbo del norte, y otra para que fuese al poniente "en demanda de los Lequios y Catayo".
En efecto, después de tratar largamente del asunto, el virrey y el adelantado suscribieron el 29 de noviembre de 1540 un "asiento y capitulación para la prosecución del descubrimiento de tierra nueva hecho por fray Marcos de Niza".
Faltando una vez más al cumplimiento de sus compromisos con la Corona, y "sin el respeto debido a Cortés", como anota el padre Tello, atraído por el falso brillo de la pretendida riqueza del país de Tzíbola, Alvarado se obligaba a cooperar al descubrimiento de esos lugares yendo en su busca por el lado del mar, y cedía al virrey Mendoza la mitad de las mercedes que el rey le había concedido para el descubrimiento de la especiería. Cedíale también la mitad de la armada que tenía en puertos de la Nueva España, con todos sus pertrechos, armas, velas, aparejos y bastimentos. A cambio de todos estos bienes y servicios, el adelantado recibiría un quinto de los aprovechamientos que hasta aquella fecha hubieren obtenido Vázquez de Coronado y Alarcón, y la mitad de las ganancias de lo que en lo sucesivo se descubriere.
El puerto de Acapulco, del virreinato de la Nueva España, quedó designado para la carga y descarga de los efectos de la compañía; y el puerto de Xirabaltique, en la costa de San Miguel, provincia de Guatemala, serviría para astillero donde se habían de fabricar otros navíos, debidamente aparejados por cuenta de Alvarado.
Examinando los términos de este arreglo, es fácil advertir que Alvarado iba a soportar todas las cargas del negocio; ponía en él sus barcos y cuanto tenía y aun se obligaba a fabricar y aparejar más naves por su exclusiva cuenta, mientras que Mendoza no arriesgaba nada ni contribuía con cosa alguna para los gastos de las dos empresas. En cambio, las ganancias debían distribuirse entre los socios por iguales partes.
El convenio obligaba al adelantado a hacer nuevos gastos para la preparación de la jornada, y por esta razón tuvo que permanecer en México durante los siguientes seis meses.
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