Al comenzar 1847, el Ej�rcito norteamericano ya hab�a ocupado Nuevo M�xico y la Alta California, con tropas al mando del general Kearny. El general Wool amenazaba a Chihuahua. El general Zacar�as Taylor ocupaba Monterrey. Adem�s, las flotas norteamericanas en el Golfo y en el Pac�fico bloqueaban los puertos m�s importantes del pa�s.
La situaci�n de M�xico era desesperada. El general Santa Anna concentraba un gran ej�rcito, en la Ciudad de San Luis Potos�, teniendo como n�cleo los restos del Ej�rcito del Norte que hab�a peleado en Palo Alto, Resaca de la Palma y Monterrey. A estas alturas ya era dif�cil pensar en poder derrotar a los americanos, pero el general Santa Anna cre�a factible ganar una gran batalla y, entonces, poder negociar la paz con mejores t�rminos para M�xico. Todo depend�a de que el Ej�rcito libertador contara con los medios adecuados para dar esa gran batalla.
La principal obligaci�n del gobierno de G�mez Far�as y del Congreso Constituyente era proporcionar recursos al Ej�rcito. La elecci�n del vicepresidente caus� inquietud en la sociedad, pues se tem�a que volvieran a ocurrir los excesos de 1833. Por su parte, el l�der de los puros crey� que hab�a llegado el momento oportuno de ocupar los bienes de la Iglesia, como un remedio radical a las penurias del Ej�rcito y del gobierno.
Las necesidades del Ej�rcito estacionado en San Luis Potos� eran muy grandes, y el gobierno en diciembre s�lo hab�a cubierto una peque�a parte del presupuesto. La correspondencia entre el general jalape�o y el l�der de los puros muestra claramente las tensiones de esta situaci�n. La estrategia de G�mez Far�as segu�a tres l�neas principalmente: enviar un m�nimo de recursos al general Santa Anna para que su situaci�n fuera desesperada, tener un fuerte apoyo en el Congreso para introducir la propuesta de ocupaci�n de los bienes de la Iglesia y convencer finalmente al general Santa Anna de que la enajenaci�n de los bienes de manos muertas era el �nico medio viable para allegarse recursos. Santa Anna en su desesperaci�n acept� la ocupaci�n de estos bienes y lo manifest� expl�citamente a Rej�n, en carta del 2 de enero de 1847.47
Los diputados puros introdujeron en el Congreso un proyecto de decreto que constaba de seis art�culos. Por el primer art�culo se dispon�a la hipoteca o enajenaci�n de los bienes de manos muertas hasta por 15 millones de pesos.48 El Congreso declar� sesi�n permanente para tratar el asunto. Entre los d�as 7 y 11 de enero, puros y moderados debatieron acaloradamente. Los moderados se opon�an al decreto, lo consideraban peligroso y, seg�n ellos, la sociedad entrar�a en alarma y al sacarlos a la venta, de golpe, los bienes del clero bajar�an de valor y no se lograr�a el prop�sito buscado. Los puros manten�an su posici�n en el sentido de que los bienes de la Iglesia eran el �nico medio para salvar al pa�s. Los puros ganaron la votaci�n en lo general por cuarenta y cuatro contra cuarenta y un votos, pero los moderados lograron introducir modificaciones y limitaciones al proyecto original de los puros. Las dos facciones usaron todas las estrategias posibles para sacar adelante sus ideas: salirse de la C�mara para que no hubiera n�mero, alargar las discusiones hasta extenuar a los oyentes, interrumpir a los oradores, discutir por palabras, puntos y comas.49
Dentro y fuera del Congreso prevaleci� el faccionalismo. El mes de enero fue muy desfavorable para el gobierno de los liberales puros. La oposici�n de la Iglesia se generaliz� y se extendi� a otros grupos sociales. La sangre corri� en Quer�taro, y en M�xico hubo connatos de motines y tuvieron que nombrar un gobernador interino que quisiera publicar la Ley. Los moderados comenzaron a tender sus redes para precipitar la ca�da de G�mez Far�as.50 Por si esto fuera poco, la Ley no tuvo los efectos deseados y el gobierno no cont� con los recursos para el Ej�rcito estacionado en San Luis Potos�. Las peticiones de Santa Anna a G�mez Far�as sub�an de tono y las relaciones se enfriaban entre los l�deres del movimiento de la Ciudadela. A finales de enero Santa Anna estaba desesperado. El 26 de enero, escrib�a dos cartas: una al Congreso y otra al vicepresidente. En la primera dec�a que era inconcebible la conducta del gobierno al no mandarle recursos, que la Ley del 11 de enero no hab�a producido nada, que �l s�lo hab�a dado una opini�n sobre la ocupaci�n de los bienes del clero y que la resoluci�n hab�a sido obra del Congreso.51 Las palabras al vicepresidente eran m�s duras: "(�) quedo impuesto de su apreciable del 20 con el m�s profundo sentimiento que ning�n auxilio manda el Gobierno a estas sufridas tropas (�) Asombrado estoy de semejante conducta, y no s� como U. puede acostarse y dormir tranquilo, sabiendo que tiene un Ej�rcito de m�s de 20,000 hombres que mantener, y al que m�s de un mes que hace empe�� U. las riendas del Gobierno no ha mandado U. un solo peso (�)"52. En esa misma carta informar�a al vicepresidente que comenzaba a mover el Ej�rcito hacia el norte, con los m�nimos recursos que hab�a podido obtener empe�ando su nombre.
El futuro parec�a incierto. Un enorme ej�rcito, pero con m�nimos recursos y soldados hambrientos, se mov�a hacia el norte, teniendo que cruzar el desierto para ir a dar la batalla decisiva de la guerra, mientras puros y moderados se hac�an pedazos en el centro del pa�s. En el Congreso, los moderados intentaron derogar la Ley del 11 de enero, por la gran oposici�n que hab�a tenido en la sociedad y porque no hab�a producido recurso alguno. Sin embargo, los puros se opusieron y, por el contrario, lograron pasar una nueva ley el 4 de febrero. Esta Ley otorgaba facultades extraordinarias al Ejecutivo en materia hacendaria para que pudiera obtener 5 millones de pesos, sin imponer pr�stamos forzosos, relajar las leyes prohibitivas, ocupar la propiedad de los particulares, ni celebrar contratos de colonizaci�n o enajenar el territorio nacional, ni disponer de los bienes exceptuados por el art�culo segundo de la Ley del 11 de enero.53
Los moderados, derrotados en el Congreso, pensaron que la �nica forma de vencer a los puros, y sacar del gobierno a G�mez Far�as, era a trav�s de un pronunciamiento militar. Las cosas quedaron en suspenso durante el mes de febrero. Mientras tanto, el Ej�rcito Mexicano, sin ser derrotado, perd�a la Batalla de la Angostura. Santa Anna abandon� el campo de batalla, despu�s de pelear bravamente los d�as 22 y 23 de febrero, cuando ten�a la victoria al alcance, porque la tropa estaba exhausta, pues llevaba varios d�as sin probar alimento. El 27 de febrero, la Batalla de Sacramento abr�a el camino para que el general Doniphan ocupara la Ciudad de Chihuahua, el 1� de marzo de 1847.