El gobierno de los moderados dur� poco tiempo. Santa Anna apareci� en Ayotla el 17 de mayo. Desde ah� anunci� que ten�a intenciones de entrar en la Ciudad de M�xico. Esta idea caus� gran alarma en la ciudad y el gobierno resolvi� enviar a Baranda, Trigueros y Ram�rez a conferenciar con el general Santa Anna. La entrevista entre los enviados y el general dio como resultado que Santa Anna estuviera dispuesto a dimitir de su mando pol�tico y a dedicarse a lo militar. El general Santa Anna cambi� de opini�n despu�s de una entrevista con el general Jos� Mar�a Tornel, quien lo convenci� de la necesidad de tomar el gobierno pol�tico y de organizar la defensa de la Ciudad de M�xico. En un golpe de audacia, caracter�stico de Santa Anna, entr� intempestivamente en la ciudad y se hizo cargo del gobierno. Jur� el Acta de Reformas y, en junta de militares, el 20 de mayo, decidi� resistir a los americanos en el Valle de M�xico.69
Santa Anna, esta vez, har�a a un lado a los puros y a los moderados y gobernar�a con reconocidos santanistas: Jos� Ram�n Pacheco, Vicente Romero, Ignacio Guti�rrez, Lino Alcorta, Francisco Lombardo y Jos� Mar�a Tornel, entre otros.70 Sin embargo, no se crea que esto dar�a fin a las confrontaciones: puros y moderados seguir�an disput�ndose el control del Congreso y el Poder Ejecutivo entrar�a en conflicto con el Legislativo, por la vigencia de la Ley del 20 de abril de 1847, que imped�a al Poder Ejecutivo entrar en negociaciones de paz. Para esto, la Ciudad de Puebla hab�a sido ocupada en mayo por el ej�rcito invasor, sin oponer resistencia. El general Scott y sus huestes estaban ya a pocos kil�metros de la Ciudad de M�xico.
Entre junio y septiembre de 1847, la lucha faccional no bajar�a de tono. Los moderados hab�an abandonado el Congreso y los puros trataban de reunirlo. El gobierno quer�a reunir tambi�n al Congreso, porque deseaba o�r proposiciones para la paz con los americanos. Mariano Otero escrib�a a Mariano Riva Palacio, a finales de junio: "(�) lo que yo no entiendo es c�mo el gobierno trabaja por la reuni�n del Congreso, pues veo ah� una gran mayor�a irritada y si hubiera sesiones no nos escapar�amos de grandes tempestades, que justas en su origen no por eso dejar�an de ser escandalosas y est�riles"71.
A mediados de julio el gobierno intent� que el Congreso, o lo que quedaba de �l, extendiera un dictamen sobre la posibilidad de o�r proposiciones de paz, ya que con el ej�rcito del general Scott ven�a un enviado ad hoc del gobierno americano, Nicol�s Trist, que ten�a plenas facultades para negociar con M�xico. El asunto, en lugar de tratarse de com�n acuerdo entre los dos Poderes, dio lugar a agrias contestaciones y recriminaciones. El Congreso dec�a al gobierno que actuara conforme a las leyes, pero no aclaraba si la Ley del 20 de abril estaba vigente o no. El gobierno dec�a al Congreso que como era un Congreso Constituyente y la Constituci�n estaba dada, ya no ten�a raz�n de existir. Todo el asunto muri� en un combate de palabras y el gobierno no tuvo la capacidad de sobreponerse a la Ley del 20 de abril, porque era un gobierno sin prestigio ni consenso. El general Santa Anna hab�a dilapidado en Cerro Gordo el poco prestigio que le quedaba.72
En los primeros d�as de agosto, el ej�rcito de Scott comenz� a salir de Puebla. La capital hab�a sido fortificada y un nuevo ej�rcito se hab�a levantado de los despojos de los anteriores. Hab�a optimismo en la sociedad y en el gobierno sobre poder detener a los americanos. El d�a 9 de agosto, a las dos de la tarde, se anunci� la llegada de los americanos al Valle de M�xico. El 19, el general Gabriel Valencia fue derrotado en Padierna; parte de la derrota fue atribuida a las desavenencias entre Santa Anna y Valencia. El 20, se pele� con valent�a en Churubusco. Los americanos pr�cticamente ya estaban sobre la ciudad. En otro de sus t�picos golpes de audacia, Santa Anna, los d�as 23 y 24 firma un armisticio, para o�r proposiciones de paz del gobierno americano. En la casa de Alfaro tienen lugar las primeras negociaciones de paz, que los comisionados mexicanos no aceptan por las duras condiciones que se le impon�an a M�xico. El 6 de septiembre terminaba el armisticio. El 8 de septiembre el Ej�rcito Mexicano perdi� la Batalla del Molino del Rey. El 13, los americanos tomaron Chapultepec. El 14 de septiembre se inicia la ocupaci�n de la Ciudad de M�xico, iz�ndose la bandera de las barras y las estrellas en el Palacio Nacional.
Santa Anna se movi� con el Ej�rcito a Guadalupe. El pueblo se vio abandonado por el Ej�rcito y bati� al enemigo por todas partes. "D�a 14, cosa de las siete el enemigo comenz� a ocupar la ciudad entiendo por la calle de Tacuba. Entonces el pueblo lo bat�a por todas direcciones y se asegura que el enemigo tuvo permiso para saquear. La confusi�n de M�xico en este d�a no puede explicarse: vencidos y vencedores se tiroteaban en todas las calles, en todas ca�an muertos y en todas se robaba sin freno ni temor a nadie. S�lo se o�an tiros de fusil y ca��n, lamentos de los heridos y de las familias saqueadas y estropeadas, que no pudiendo huir por las calles, saltaban por las azoteas de las casas y se ped�an socorro que nadie pod�a impartirles. �Horrible d�a para M�xico!"73.
La resistencia del pueblo dur� hasta el 16, en que se agot� el parque; el Ej�rcito Mexicano permaneci� en Guadalupe sin intervenir. Su participaci�n hubiera sido decisiva para dar un descalabro al Ej�rcito americano. Una vez m�s, los dirigentes no estuvieron a la altura del pueblo. El d�a 16, en Guadalupe, el general Santa Anna renunci� a la Presidencia, dispuso que Manuel de la Pe�a y Pe�a se encargara del Poder Ejecutivo con dos asociados, Herrera y Alcorta, y dividi� al Ej�rcito en dos partes.74
La anarqu�a y el desconcierto no eran privativos de los asuntos en el nivel nacional. �stos exist�an en los estados, en donde a peque�a escala los movimientos del centro ten�an una repercusi�n local, aunados a los tradicionales problemas de las �lites locales.
Antes de pasar al gobierno de Quer�taro, en la hilaci�n de los hechos, quisiera mostrar, a manera de ejemplo, lo sucedido en los estados de Oaxaca, Tabasco y Yucat�n, durante la guerra. Esto facilitar� valorar la situaci�n deplorable del pa�s, no s�lo nacional sino tambi�n local, lo cual nos permitir� aventurar la tesis de que lo verdaderamente milagroso fue que el pa�s no se desintegrara o desapareciera en el oto�o de 1847.