Por el movimiento de la Ciudadela, en Oaxaca, los liberales llegaron al poder, con ayuda de la guarnici�n de la capital del estado. Una junta de notables, nombrada por el coronel Juan D�az, jefe de la revoluci�n, form� un nuevo gobierno, encargando el Poder Ejecutivo a un triunvirato formado por Luis Fern�ndez del Campo, Jos� Arteaga y Benito Ju�rez.75 Los triunviros duraron un mes en el ejercicio del Poder Ejecutivo. El gobierno del general Salas orden� que se disolviera el triunvirato, porque era contrario a la Constituci�n de 1824 y a la del estado de Oaxaca. A su vez orden� que Jos� Arteaga, amigo personal de G�mez Far�as, quedara como gobernador del estado.76 Benito Ju�rez fue nombrado regente de la Corte de Justicia y posteriormente diputado al Congreso Constituyente nacional. Ju�rez viaj� a la Ciudad de M�xico en diciembre de 1846 y estar�a en la capital hasta julio de 1847. Pertenec�a al Partido Puro y era el alma de la diputaci�n oaxaque�a en el Congreso Constituyente. Por lo tanto particip� ampliamente en la lucha faccional, como miembro del partido exaltado.77
El gobierno liberal de Jos� Arteaga, en Oaxaca, se mantuvo sin problemas hasta el mes de febrero. Cuando el Congreso Constituyente decret� la ocupaci�n de los bienes de la Iglesia, el gobierno y la legislatura de Oaxaca secundaron la medida del gobierno nacional.78 Esta calma en Oaxaca era aparente. Las fuerzas antiliberales del estado preparaban un pronunciamiento para evitar que los liberales ocuparan los bienes de manos muertas. Antes del pronunciamiento de los polkos en la capital, el 15 de febrero, en Oaxaca, miembros de la guarnici�n, la Guardia Nacional y el vecindario, dirigidos por el general Jos� Mar�a Malo, proclamaron un Plan por el que desconoc�an a las autoridades, menos al vicegobernador Jos� Joaqu�n de Guergu�. El Plan tambi�n desconoc�a a la diputaci�n oaxaque�a en el Congreso General, ped�a la derogaci�n de la Ley del 11 de enero, prohib�a cualquier ocupaci�n de los bienes del clero y nombraba al comandante Juan D�az jefe de la revoluci�n.79
La revoluci�n triunf� en la capital del estado de Oaxaca. El comandante general, Juan D�az, negoci� con los pronunciados para salvar su puesto, y sacrific� al gobernador Arteaga. Jos� Joaqu�n de Guergu� organiz� el gobierno: convoc� a elecciones para formar un nuevo Congreso local, reconoci� siempre al gobierno de M�xico e hizo un esfuerzo muy notable para enviar recursos a M�xico para la guerra contra Estados Unidos. El gobierno nacional pidi� al de Oaxaca que repusiera a las autoridades liberales, pero al mismo tiempo consultaba con el general Antonio Le�n, antiguo insurgente y "patriarca" del estado, su opini�n sobre el nuevo gobierno. Antonio Le�n contest� que la revoluci�n era un hecho consumado, que ten�a apoyo en la sociedad y que volver a cambiar a las autoridades traer�a muchos problemas. El gobierno nacional se sinti� complacido con la respuesta del general Le�n, pues no ten�a la intenci�n de remover a los polkos oaxaque�os porque Oaxaca, con este gobierno, era el estado que m�s contribu�a con recursos materiales y humanos para la guerra.80
La diputaci�n oaxaque�a conoci� la revoluci�n en abril de ese a�o. Benito Ju�rez y sus paisanos dedicaron todos sus esfuerzos a sacar adelante en el Congreso un decreto que desconociera el gobierno de los polkos oaxaque�os. "La tarea de Ju�rez no era f�cil por varias razones: el Congreso no hab�a decretado la ilegalidad de la revoluci�n de los polkos del centro, sino al contrario, de alguna forma la hab�a aceptado como un hecho; los polkos oaxaque�os obedec�an a las autoridades nacionales y respetaban el sistema de gobierno; el Congreso hab�a derogado las leyes del 11 de enero y 4 de febrero, que era lo que ped�a la revoluci�n del 15 de febrero en Oaxaca; el gobierno no contaba con fuerzas disponibles para sujetar a los pronunciados; y, finalmente, el gobierno recib�a una gran ayuda del gobierno espurio de Oaxaca."81
La tenacidad de Ju�rez fue admirable. Contra viento y marea, pactando con los moderados y contra toda posibilidad, logr� que el Congreso decretara la ilegalidad de los polkos oaxaque�os, el 10 de mayo de 1847.82 Los oaxaque�os liberales quer�an contar con un recurso de legalidad, para el caso de que pudieran sacar del poder a los polkos oaxaque�os. Tambi�n, al negociar con los moderados, si �stos permanec�an en el poder, los radicales de Oaxaca pod�an regresar al control del gobierno de su estado fund�ndose en el decreto. Lo que s� nos admira grandemente es c�mo la diputaci�n oaxaque�a en M�xico no titube� en su prop�sito, a pesar de que los polkos oaxaque�os contribu�an a la causa nacional, que sin duda deber�a ser considerada prioritaria ante los intereses faccionales o regionales.
El vicegobernador Joaqu�n de Guergu� renunci� al cargo el 27 de mayo. La Legislatura del estado nombr� a los generales Antonio Le�n y Francisco Ortiz de Z�rate, gobernador y vicegobernador respectivamente. El general Le�n, con un ej�rcito formado en Oaxaca, se unir�a al Ej�rcito de Oriente, y escribir�a p�ginas gloriosas en la Batalla del Molino del Rey. El vicegobernador, Ortiz de Z�rate, tom� el Poder Ejecutivo del estado. El gobierno de Oaxaca recibi� el decreto del gobierno nacional que lo consideraba ilegal y reaccion� diciendo que ese decreto no ten�a ning�n efecto en el estado, puesto que las autoridades oaxaque�as hab�an dado muestras sobradas de obediencia al gobierno nacional y de patriotismo frente a la invasi�n de los americanos.83
El gobierno nacional no pod�a hacer algo para cambiar a las autoridades de Oaxaca, cuando ten�a al invasor a las puertas de la Ciudad de M�xico. En julio, Benito Ju�rez y otros diputados oaxaque�os regresar�an a su patria chica, convencidos de que nada �til pod�an hacer en la Ciudad de M�xico. Los liberales trabajaron para derrocar a las autoridades de Oaxaca y el 23 de noviembre consiguieron su objetivo. La Legislatura nombr� gobernador a Benito Ju�rez. El gobierno de Ju�rez reconoci� al gobierno moderado de Pe�a y Pe�a. Los moderados controlar�an el gobierno nacional, y Ju�rez, liberal puro, amparado en el decreto del 10 de mayo, por el que tanto hab�a peleado, alcanz� plena legalidad y jam�s fue cuestionado por los moderados reunidos en Quer�taro.84