Manuel de la Pe�a y Pe�a volvi� a encargarse del Poder Ejecutivo provisional el 8 de enero de 1848. Nombr� ministro de Relaciones a Luis de la Rosa, quien tambi�n se hac�a cargo de Hacienda, y a Pedro Mar�a Anaya como secretario de Guerra. La continuidad del programa de los moderados estaba asegurada con estas designaciones.113 "Entre enero y junio de 1848 muchos problemas enfrent� el gobierno moderado de Manuel de la Pe�a y Pe�a: la negociaci�n del Tratado de Paz, la reuni�n del Congreso en Quer�taro, el movimiento del gobernador de San Luis Potos� desconociendo al de Quer�taro, la falta total de recursos, la disoluci�n del Ej�rcito, la presencia inquietante del general Paredes y Arrillaga en M�xico, que presagiaba un levantamiento, las rebeliones ind�genas en la Huasteca, la guerra de castas en Yucat�n, el creciente faccionalismo que llevaba incluso a plantear, aunque solamente por una peque��sima parte del Partido Puro, la anexi�n a Estados Unidos y la oposici�n de quienes estaban en favor de la guerra."114
Las negociaciones comenzaron el 2 de enero. El gobierno de Estados Unidos consideraba como condiciones indispensables de las mismas, el l�mite del r�o Bravo, la adquisici�n de Nuevo M�xico y la Alta California y una indemnizaci�n que no excediera los 20 millones de pesos. Los comisionados mexicanos trabajaron para lograr los mejores t�rminos posibles.
La negociaci�n fue dif�cil por las pretensiones norteamericanas y porque el gobierno de Estados Unidos orden� a Trist que regresara a Washington sin dilaci�n. Bajo estas presiones, el 2 de febrero de 1848, en Guadalupe Hidalgo, los comisionados de ambos pa�ses firmaban el Tratado de Paz.
La frontera qued� definida, siguiendo el criterio de elementos naturales para dividir a las dos naciones, donde fuera posible. Los comisionados mexicanos lograron que la Baja California permaneciera unida a Sonora, pero el puerto de San Diego qued� del lado americano. Los derechos de los habitantes de la Alta California y Nuevo M�xico quedaron protegidos. El gobierno de Estados Unidos se comprometi� a respetarlos y los habitantes de esos territorios quedaron en libertad de escoger su nacionalidad. El gobierno americano tambi�n se oblig� a no dejar pasar a M�xico a las tribus belicosas. Estados Unidos daba una indemnizaci�n de 15 millones de pesos y todas las reclamaciones de s�bditos americanos ante el gobierno mexicano quedaban canceladas. Varios art�culos defin�an c�mo la tropa invasora iba a entregar las plazas, el armamento, las aduanas y c�mo iba a efectuarse la evacuaci�n del Ej�rcito americano. El �ltimo art�culo daba un plazo de cuatro meses para el canje de ratificaciones. En un art�culo secreto adicional se ampliaba el tiempo para el canje.115
Los comisionados dieron una exposici�n al gobierno y a la opini�n p�blica sobre el Tratado. Sus ideas son dignas de anotarse: la p�rdida era forzosa e inevitable, la que hab�an tenido las armas en la guerra; el Tratado era una gran desgracia, pero imped�a que creciera la p�rdida con la ocupaci�n de gran parte del territorio nacional, por lo que era m�s un tratado de recuperaci�n que de cesi�n; las p�rdidas no hab�an crecido, a pesar de haber sucumbido la capital, pues aqu� se conced�a lo mismo que los americanos ped�an en la casa de Alfaro, en agosto de 1847, cuando el resultado de la guerra era incierto.116
El Tratado lleg� a Washington a finales del mes de febrero. Polk present� el Tratado al Senado, con la recomendaci�n de que se reprobara el art�culo 10 sobre concesiones de tierras hechas por el gobierno mexicano. Tambi�n tuvo que explicar la situaci�n an�mala del comisionado Trist. El Senado aprob� el Tratado con algunas modificaciones que no afectaron la esencia del mismo, por treinta y ocho votos contra catorce, el 10 de marzo de 1848. Fueron designados para el canje de ratificaciones el procurador general Nathan Clifford y el senador Ambrose H. Sevier.117
Desde principios de 1848, la inquietud en los estados era grande, sobre todo por los partidarios de la guerra. El gobernador de San Luis Potos�, Ram�n Adame, quien hab�a asistido a la junta de gobernadores de Quer�taro, era partidario de continuar la guerra. Desde que regres� Adame a San Luis Potos� comenz� a preparar un levantamiento contra el gobierno nacional. El 12 de enero, el vicegobernador, Mariano �vila, pas� una iniciativa a la Legislatura pidiendo desconocer a Pe�a y Pe�a y que San Luis Potos� reasumiera su soberan�a. �vila era el instrumento de Adame para comenzar la revoluci�n. La Legislatura rechaz� la iniciativa del vicegobernador y pidi� al comandante general que tomara cartas en el asunto. El comandante general mantuvo fidelidad al gobierno nacional y tom� prisionero a Adame el 19 de enero. El gobernador y el vicegobernador dimitieron de sus cargos. La revoluci�n qued� frustrada. Adame fue liberado y huy� al estado de Zacatecas, cuyas autoridades eran favorables al partido en pro de la guerra. La revoluci�n fue frustrada, pero el mal estaba hecho. En los estados creci� el descontento por las negociaciones que se estaban realizando con los americanos.118
Cuando la opini�n p�blica conoci� el Tratado de Paz, la oposici�n creci� y las cr�ticas al gobierno fueron m�s violentas. Se culpaba al gobierno de Pe�a y Pe�a de pasividad y apat�a. En marzo, Miguel Atrist�in escrib�a a Mariano Riva Palacio: "Pero me parece que caminamos al ocaso, y si esto es muy peligroso en un terreno llano, mucho m�s lo ser� cuando el Gobierno se encuentre rodeado de tantos embarazos"119.
El 29 de febrero el gobierno de M�xico firm� un armisticio con el Ej�rcito de ocupaci�n americano. El armisticio dispon�a la suspensi�n de hostilidades en todo el territorio de la Rep�blica; la conservaci�n rigurosa de l�neas; la libertad de las poblaciones para ejercer sus derechos pol�ticos, restableciendo autoridades y llevando a cabo elecciones; la devoluci�n de inmuebles, y la organizaci�n de fuerzas mexicanas de polic�a. El armisticio era consecuencia l�gica de la firma del Tratado de Guadalupe Hidalgo y daba mayor estabilidad y fuerza al gobierno de Quer�taro.120 Los federalistas puros reaccionaron igualmente en contra del Tratado y del armisticio. G�mez Far�as escrib�a a Manuel Gonz�lez Cos�o al respecto: "Ya sabr� U. que el llamado armisticio que se trata de celebrar tiene dos principales objetos: el primero alhagar al comercio facilit�ndole la internaci�n libre de todos los efectos que en m�s de un a�o se han introducido de contrabando, o pagando los derechos a nuestros enemigos; y el segundo, paralizar los esfuerzos de los Estados para armarse dici�ndoles que ponerse en una actitud amenazante ser�a oponerse a los beneficios de la paz"121. Para los liberales puros el armisticio constitu�a un gran obst�culo para llevar adelante sus planes de continuar la guerra.
Un problema central para el �xito del gobierno estaba en la reuni�n del Congreso. De acuerdo con la Constituci�n, s�lo el Congreso pod�a ratificar los convenios internacionales. Era vital, por lo tanto, la reuni�n del Congreso. A pesar de tantas dificultades, las elecciones pudieron efectuarse, aun en los lugares ocupados por las tropas americanas, despu�s de celebrado el armisticio. El Congreso ser�a, esta vez, un Congreso constitucional dividido en dos C�maras. Los moderados tomaron la iniciativa en el proceso electoral y vencieron a los puros en las elecciones. El nuevo Congreso estar�a dominado por los moderados y en favor de la paz.122
El Congreso deber�a comenzar a sesionar el 1� de enero, pero hasta el 7 de mayo pudo reunirse en la Ciudad de Quer�taro. La C�mara de Diputados eligi� presidente a Francisco Elorriaga y la de Senadores a Manuel G�mez Pedraza. El d�a 14, el Congreso eligi� Presidente interino a Manuel de la Pe�a y Pe�a. Los moderados ten�an el control del proceso para aprobar el Tratado: mayor�a en las dos C�maras, moderados en la presidencia de ambas C�maras y confirmaci�n de Pe�a y Pe�a en la Presidencia de la Rep�blica. El 19 de mayo la C�mara de Diputados aprob� el Tratado, con las modificaciones hechas por el Senado americano, por cincuenta y uno contra treinta y cinco votos. El 21 de mayo el Senado aprob� el Tratado por treinta y tres contra cuatro votos. El d�a 30 de mayo el gobierno de M�xico y los comisionados americanos canjearon las ratificaciones del Tratado en Quer�taro. Ese mismo d�a la C�mara de Diputados calific� las actas de elecci�n de Presidente de la Rep�blica. Como ninguno de los candidatos tuvo mayor�a absoluta, la C�mara procedi� a la elecci�n que recay� en el general Jos� Joaqu�n de Herrera. El general Herrera estuvo renuente a aceptar la Presidencia, pero finalmente accedi� y jur� el d�a 3 de junio de 1848.123
Los puros hicieron un esfuerzo final por invalidar el Tratado. Once diputados puros hicieron una petici�n a la Suprema Corte de Justicia, alegando que el Congreso hab�a violado la Constituci�n de 1824 y el Acta de Reformas en los procedimientos para aprobar el Tratado. Argumentaban que los estados deber�an aprobar el Tratado. La Suprema Corte de Justicia deneg� el recurso en julio de 1848.124
La administraci�n de Quer�taro en estos meses tuvo que hacer frente a un peligro m�s que se cern�a sobre el pa�s: la guerra de castas. �sta comenz� con fuerza en varios puntos del pa�s: Yucat�n, la Sierra Gorda y la costa sur del estado de M�xico, principalmente. Los ind�genas hab�an resentido mayores presiones de parte de los gobiernos locales y nacional para contribuir al esfuerzo de la guerra contra Estados Unidos. Tambi�n, el Ej�rcito hab�a dejado espacios vac�os de poder con la movilizaci�n a que se viera impuesto. Estas razones, m�s los tradicionales problemas de la tierra, dieron lugar a estos brotes de rebeli�n ind�gena, precisamente cuando M�xico enfrentaba la crisis m�s seria de su historia.
Al canjearse las ratificaciones del Tratado en Quer�taro terminaba el ciclo de la guerra. Mucho era lo que se hab�a perdido, pero M�xico hab�a salvado su nacionalidad. Con sobrada raz�n los comisionados que firmaron el Tratado dec�an en la exposici�n al gobierno: "Nosotros sufriremos un menoscabo de territorio; pero en el que conservamos, -nuestra independencia es plena y absoluta, sin empe�o ni liga de ning�n -g�nero. Tan sueltos y libres quedamos, aceptando el Tratado, para ver por nuestros propios intereses, y para tener una pol�tica exclusivamente mexicana, como lo est�bamos en el momento de hacerse la independencia."125
