Por otra parte, la colonizaci�n de tierras del noroeste fue produci�ndose paulatinamente gracias a los misioneros jesuitas. Pero a causa de las m�ltiples acusaciones en contra de la compa��a por abusar de los indios y agredir a los blancos, as� como su renuencia a la autoridad real, Carlos III expuls� a sus miembros de todos sus dominios. Los primeros en partir fueron los doce jesuitas radicados en Guadalajara, entre quienes se hallaba el despu�s muy famoso Francisco Javier Clavijero; posteriormente siguieron los del Nayar, Sonora, Sinaloa y California. En su lugar quedaron los franciscanos, cuyos renovados br�os, a pesar de cierta resistencia de los ind�genas, posibilitaron el establecimiento de sus misiones hasta latitudes muy altas por la costa del Pac�fico.
Para apoyar el movimiento entre el noroeste y Nueva Galicia y ofrecer una alternativa a las naves que ven�an de Filipinas a Acapulco, ante la eventualidad del mal tiempo o de que aparecieran piratas, se consider� necesario establecer un fondeadero mejor que el de Matanch�n. As�, el visitador Jos� de G�lvez decidi� en 1768 buscar un buen sitio y fundar un puerto en toda forma. A pesar de lo insalubre del sitio, su privilegiada ubicaci�n convirti� a San Blas en la clave del movimiento entre M�xico y las misiones y presidios del noroeste y California, cuyas utilidades reportar�an grandes provechos a Nueva Galicia. Su importancia, sin embargo, nunca logr� acercarse siquiera a la de Acapulco.
G�lvez elabor� adem�s un plan de reorganizaci�n de las llamadas Provincias Internas, que eran precisamente las tierras del norte agregadas a la dominaci�n espa�ola despu�s de la constituci�n de Nueva Galicia y Nueva Vizcaya. Mientras estuvo en Guadalajara, G�lvez orden� tambi�n impuestos fijos para el manejo de la sal y que las ganancias obtenidas de las salinas ubicadas en torno a San Blas fueran invertidas en el mejoramiento del puerto. El tabaco fue objeto de un mayor gravamen y un control m�s estricto, lo que dio lugar a que el contrabando se incrementara.
Durante el tiempo en que San Blas estuvo bajo la tutela espa�ola tuvo iguales responsabilidades y privilegios administrativos que los dem�s puertos del imperio e, incluso, sus empleados recibieron mayores salarios. Con el �nimo de fomentar su colonizaci�n se repartieron solares y tierras de labranza con los aperos necesarios, de los que podr�an adue�arse definitivamente despu�s de un trabajo asiduo. Mas las p�simas condiciones sanitarias hicieron que la falta de empleados fuese un constante problema. Hubo ocasiones en que la carencia de estibadores oblig� a utilizar la partida militar para cargar o descargar alg�n barco.
Durante la guerra que los espa�oles libraron contra Inglaterra, entre 1779 y 1785, de San Blas zarparon debidamente abastecidas varias naves que ir�an a reforzar la guarnici�n de Manila, as� como las expediciones que se remontaron hasta Canad� y Alaska.
Pero la decadencia de San Blas no tard� en sobrevenir: en 1792 Francisco de
la Bodega y Cuadra pact� con los ingleses y les entreg� Nootka, como resultado
de que la fortaleza espa�ola mermaba ya.
