Con este nuevo sistema administrativo, las antiguas alcald�as mayores y corregimientos se convirtieron en partidos, a cargo de un subdelegado designado por el intendente, quien era generalmente de origen peninsular, mientras los subdelegados fueron casi siempre criollos prominentes.
La intendencia de Guadalajara naci� con 26 partidos y Colima se le incorpor� en 1795, pero hacia 1801 Aguascalientes y Juchipila pasaron a Zacatecas. A cambio, el antiguo Gobierno de las Fronteras de San Luis de Colotl�n se anex� a Guadalajara convertido en el partido de Bola�os, aunque el subdelegado residi� siempre en Colotl�n.
Despu�s de permanecer igual por m�s de 150 a�os en 1777 la mitra tapat�a perdi� control de una vasta zona, con la que se cre� la di�cesis de Linares, pero fue compensada en 1795 con Zapotl�n, Tuxpan, Colima y parte del territorio parroquial de La Barca, que hab�an dependido de la michoacana. En t�rminos generales, puede decirse que el clero de Guadalajara hab�a ganado en importancia pues encabezarlo era ya considerado una digna culminaci�n de la carrera eclesi�stica. As� lo muestra el que ahora todos los obispos de la di�cesis murieran gobernando, a diferencia de tiempos idos, cuando eran m�s j�venes y, con frecuencia, trasladados a otro sitio despu�s de un cierto tiempo y de haber hecho suficientes m�ritos.
Al comenzar el siglo XVIII ya se observaba un importante repunte demogr�fico; no obstante, los caminos entre pueblos y ciudades no mejoraban. Solamente el que llevaba a los Pueblos de �valos guardaba condiciones aceptables, pero rutas accidentadas como las de Tepic y Zacatecas segu�an en p�simo estado.
Para el cruce de r�os se recurr�a habitualmente al uso de canoas, cuyos derechos y cobros detentaban los espa�oles en puntos como La Barca, Ocotl�n, San Crist�bal de la Barranca y Tololotl�n. En este �ltimo punto hubo varios intentos de construir un puente, pero no cristalizaron sino hasta 1720, gracias al empe�o del cura y las autoridades de Zapotlanejo, acort�ndose con ello de manera muy considerable el camino para llegar a Guadalajara.
El siglo XVIII se reconoce como de gran prosperidad, aunque �sta s�lo sirvi� para enriquecer a�n m�s a los espa�oles y criollos poderosos, en perjuicio de los indios, cuyo peligro de extinguirse se hab�a superado.
El incremento acusado de la poblaci�n sin que aumentara el trabajo y la producci�n signific� indigencia y desempleo, con el consecuente bandidaje; ello oblig� al reclutamiento de gente sin adiestramiento militar para formar cuerpos de vigilancia y represi�n. Aparte de cerca de tres mil soldados ubicados en presidios y ciertos puntos clave, durante muchos a�os no hubo soldados regulares en Nueva Galicia, hasta que La Habana cay� en manos de los ingleses en 1761 y se temi� que pudiesen llegar a las costas de M�xico. Se recurri� entonces a la leva y, en 1764, salieron de Guadalajara los primeros reclutas a engrosar las filas del ej�rcito virreinal.
Otros azotes que sufri� la regi�n entre 1735 y 1747 fueron dos epidemias que causaron gran mortandad entre los indios. Las sequ�as tambi�n ocasionaron serios problemas en 1784 conocido como el "a�o del hambre", debido a la enorme escasez de ma�z que sobrevino con las consecuentes enfermedades y muertes.
A causa de esas circunstancias, el obispo Antonio Alcalde decidi� construir un hospital m�s amplio y funcional que el antiguo y ya deficiente nosocomio de San Miguel. Las obras se iniciaron en marzo de 1787 con dinero del propio prelado y en 1793 ya se encontraba funcionando a cargo de los betlemitas. No obstante, en 1795, acusados de malversar los fondos los religiosos se vieron obligados a retirarse hasta de la ciudad.
Otra instituci�n de supuesta ayuda p�blica fue la Casa de Recogidas de Guadalajara, que funcion� desde 1748 para recluir mujeres de conducta "ligera". Este organismo clausur� sus puertas en los albores del siglo XIX, por los esc�ndalos que involucraron a jerarcas de la Iglesia que se aprovechaban de las retenidas.
La obra cumbre de la beneficencia colonial fue la llamada Casa de la Misericordia,
conocida despu�s como Hospicio Caba�as, ya que su promotor principal fue el
obispo Juan Cruz Ruiz de Caba�as y Crespo, quien decidi� aprovechar parte de
las crecidas rentas mitrales para emprender su construcci�n. Se inici� esta
gran tarea en 1803 sobre un proyecto elaborado en buena medida por Manuel Tols�
y dirigido por Jos� Guti�rrez. Sin haberse terminado, el 1 de febrero de 1810
empez� a trabajar la instituci�n, pero fue cerrada ese mismo a�o a causa de
la insurgencia.
