Desde Guadalajara, Hidalgo se dio a la tarea de reorganizar el movimiento y establecer claramente sus prop�sitos. Por un lado, design� a Ignacio L�pez Ray�n como secretario de Estado y del Despacho, y a Jos� Mar�a Chico, de Gracia y Justicia. Por otro, el 29 de noviembre expidi� un primer decreto a toda la naci�n aboliendo la esclavitud y, a la siguiente semana, promulg� un dictamen m�s preciso que firmar�a con L�pez Ray�n. Para sostener la guerra impuso el cobro del 2% sobre el precio de las mercanc�as nacionales y del 3% sobre las importadas, en tanto que suprimi� el uso de papel sellado y los estancos de p�lvora, naipes y colorantes para telas. Asimismo, aprovech� que hubiese una imprenta en la ciudad y encarg� al cura Francisco Severo Maldonado la publicaci�n del peri�dico El Despertador Americano.
Hidalgo pretendi� hacer desde Guadalajara los primeros contactos con Estados Unidos, enviando a ese pa�s a Pascasio Ortiz Letona en calidad de embajador, pero �ste cay� en manos del enemigo y no lleg� a su destino. Igualmente, comision� a varios simpatizantes para levantar en armas regiones tales como las provincias internas de Sonora, Sinaloa, Chihuahua y otras m�s, quienes tuvieron mayor �xito en su empresa.
Con el objeto de sofocar el movimiento, F�lix Mar�a Calleja y Jos� de la Cruz marcharon hacia Guadalajara con lo mejor del ej�rcito del virreinato. Hidalgo sali� a enfrentarlos con cerca de 80 mil hombres mal armados y peor organizados, entre quienes se contaban unos siete mil indios de Colotl�n que s�lo manejaban flecha y honda. La batalla tuvo lugar el 17 de enero de 1811 cerca de Zapotlanejo, en un lugar conocido como Puente de Calder�n, con la total derrota de los insurgentes.
Los principales caudillos escaparon hacia el norte con una peque�a escolta, pero fueron apresados y fusilados. Calleja y De la Cruz, entre tanto, se apoderaron de Guadalajara dispuestos a borrar cualquier vestigio de rebeli�n. Calleja reinstal� en sus puestos a los tres miembros de la audiencia que no hab�an huido a San Blas, dict� varias �rdenes, ignor� al intendente Abarca y perdon� a Severo Maldonado, con la condici�n de que editara un nuevo peri�dico en favor del gobierno.
Antes de partir, Calleja orden� a De la Cruz recuperar San Blas y castigar a Mercado y a su gente. La noche del 31 de enero Mercado muri� en forma accidental y los dem�s jefes fueron ejecutados despu�s. A su regreso a Guadalajara, De la Cruz se enter� de su designaci�n para quedar al frente del gobierno de la intendencia, pero no le result� f�cil someter a los otros rebeldes y los combates continuaron por casi toda la comarca, aunque sí logr� que los grupos fuesen reduci�ndose. La Iglesia arremeti� con toda su fuerza contra los insurgentes, amenaz�ndolos de excomuni�n y anatematizando el movimiento. Igual actitud tomaron los dirigentes de las instituciones educativas como la universidad y los seminarios Tridentino y Clerical.
En el norte, Jos� �ngel Calvillo, cura de Colotl�n, continu� causando dolores de cabeza. El 23 de marzo de 1811 venci� a un contingente realista cerca de su parroquia, pero al a�o siguiente, despu�s de fracasar en su intento de tomar Aguascalientes, se dice que fue hecho prisionero y fusilado, aunque tambi�n se afirma que se remont� a la sierra con los indios y ah� se qued�.
Quien m�s problemas caus� con sus correr�as en el sur fue Gordiano Guzm�n. Para rechazar sus embates se recurri� a la formaci�n de "tropas patri�ticas" en las haciendas, pero los resultados alcanzados fueron muy pobres.
Al finalizar 1812, a causa del despojo y la agresi�n sufridos, varios pueblos ind�genas de la ribera de Chapala se levantaron en armas. Su jefe, Encarnaci�n Rosas, arm� un grupo con hondas y piedras que repetidas veces enfrent� y derrot� a los soldados de la intendencia. Junto con el cura de Ocotl�n, Marcos Castellanos, se refugiaron en la isla de Mezcala, donde padecieron lo indecible hasta noviembre de 1816, cuando De la Cruz accedi� a reintegrar las tierras, repartir yuntas y exentarlos de tributos.
Otro grupo rebelde encabezado por Pedro Moreno se hab�a fortificado desde 1814
en el cerro del Sombrero, cercano a Santa Mar�a de los Lagos. En junio de 1816
se le sum� con una peque�a tropa el republicano espa�ol Francisco Javier Mina,
quien hab�a optado por luchar en M�xico contra el despotismo de Fernando VII.
Para someterlos, el obispo de Guadalajara y su intendente patrocinaron un ej�rcito
al mando de Pascual Li��n. �ste prefiri� sitiar el cerro y obligar a sus defensores
a salir cuando carecieran de v�veres y agua. Finalmente, Moreno muri� en combate
y Mina fue fusilado.
