Sus principales propugnadores locales fueron el vers�til cura Francisco Severo Maldonado, a trav�s de su op�sculo Contrato de asociaci�n para la Rep�blica de los Estados Unidos de An�huac, aparecido en 1821, y Prisciliano S�nchez, quien public� en 1822 su Pacto federal de An�huac. En mayo de 1823, Luis Quintanar y la Diputaci�n Provincial exigieron al Congreso General que se convocara a una nueva asamblea. Adem�s se actu� con celeridad y eficiencia para conseguir que casi todos los ayuntamientos de su dependencia se pronunciasen partidarios del federalismo.
Para el 21 de junio de 1823, la Diputaci�n Provincial hizo p�blico el Plan de Gobierno Provisional que convert�a a la provincia de Guadalajara en el estado libre de Xalisco, con lo cual se alcanzaba, antes que en cualquier otro lugar de M�xico, la calidad pol�tica que habr�a de quedar despu�s establecida en la nueva constituci�n para todas las provincias mexicanas. Sin embargo, el desplante complic� a�n m�s las relaciones de Guadalajara con el poder central que comision� a Nicol�s Bravo y a Pedro Celestino Negrete para someter a Jalisco por la fuerza. �stos empero prefirieron negociar los llamados Convenios de Lagos, firmados en agosto de 1823, que compromet�an a Jalisco a obedecer las �rdenes emanadas del Supremo Poder y del Congreso Nacional, a cambio de que se respetase su condici�n federalista, por cierto ya emulada por otras provincias.
Para debilitar a Jalisco, el gobierno central promovi� que se le segregara el partido de Colima, con lo cual se perdi� no s�lo una considerable extensi�n de su territorio, sino todo el litoral donde se ubica el puerto de Manzanillo, que ya daba entonces muestras de alcanzar gran importancia. La misma t�ctica quiso aplicarse en Zapotl�n el Grande, pero aqu� la adhesi�n de sus habitantes se mantuvo firme, m�xime que Guadalajara movi� r�pidamente sus tropas en esa direcci�n.
Mientras tanto, el 7 de noviembre de 1823 qued� instalado formalmente en M�xico el nuevo Congreso Nacional y, despu�s de acalorados debates, el 31 de enero de 1824, se aprob� el Acta Constitutiva Federal, que fue jurada en el estado el 7 de febrero siguiente.
Como Quintanar no era bien visto por el Supremo Gobierno y en particular por el ministro de guerra, Manuel Mier y Ter�n —quien lo acusaba entre otras cosas de iturbidista—, se emprendi� en junio de 1824 una nueva campa�a contra Jalisco, que finaliz� con la captura de Quintanar y su deportaci�n a Acapulco. El 24 de enero de 1825 qued� instalada la I Legislatura del Estado y asumieron el poder constitucional Prisciliano S�nchez y Juan N. Cumplido, como gobernador y vicegobernador; respectivamente. Pero los tropiezos no se hicieron esperar. Uno de los primeros fue ocasionado por los peninsulares que persistieron en seguir aferrados a los usos coloniales, gan�ndose mayor animadversi�n de los liberales en el gobierno, quienes vieron en los "gachupines" un peligro creciente para el pa�s, m�xime que Espa�a se negaba a reconocer la independencia de M�xico. El 3 de septiembre de 1827 se expidi� una ley que expulsaba a los espa�oles; no obstante, �sta no surti� el efecto deseado, pues muchos encontraron la forma de no salir.
La muerte s�bita del gobernador S�nchez, el 30 de diciembre de 1826, hizo que Juan N. Cumplido asumiera la gubernatura, cargo que ocupar�a en otras seis ocasiones, siempre en calidad de interino. Jos� Ignacio Ca�edo sucedi� a Cumplido en 1829, pero al poco tiempo tuvo que abandonar el cargo por causa de la inconformidad originada por las severas medidas econ�micas que adopt�. Al mediar 1830 reasumi� el puesto de manera ef�mera, y para ocuparlo a�o y medio a partir de febrero de 1831. Por cierto que durante diciembre de este a�o hubo de trasladarse la capital a Lagos, a causa de que el comandante militar Ignacio Incl�n, enviado de M�xico para combatir a Gordiano Guzm�n y dem�s partidarios de Vicente Guerrero, hab�a convertido a Guadalajara en un verdadero cuartel. Antes de que el a�o concluyera Incl�n fue sustituido y el gobierno pudo volver.
Finalmente, en agosto de 1832 Ca�edo renunci� y el vicegobernador Ignacio Herrera
termin� el periodo, siendo sucedido por Pedro Tam�s en marzo siguiente.
