Aunque la consumaci�n de la Independencia y el advenimiento del federalismo suscitaron transformaciones importantes en casi todas las instituciones de origen colonial, la Iglesia continu� siendo la misma y hasta se vio fortalecida, pues al perder el rey de Espa�a su autoridad sobre estas tierras, ces� autom�ticamente el Regio Patronato y el clero mexicano qued� libre de su tutela. Sin embargo, los beneficios de esta autonom�a se volvieron inciertos al quedar vacantes los obispados sin que hubiera mecanismo alguno establecido para ocuparlos de nuevo. Caba�as falleci� en 1824 y pasaron m�s de cinco a�os antes de que Diego Aranda y Carpinteiro fuese nombrado su sucesor.
Comoquiera, la Iglesia no enfrent� los mismos problemas econ�micos y la falta de liquidez del gobierno, ya que continu� recibiendo con puntualidad los aportes de la feligres�a. Lo que si ocurri� fue que los caudales eclesi�sticos se hicieron sumamente atractivos para el gobierno, de manera que la Constituci�n Particular del Estado, en su art�culo s�ptimo, le adjudic� al poder civil la potestad de administrar tal riqueza, lo que provoc� en�rgicas protestas y finalmente tuvo que desistir de sus pretensiones. A fin de cuentas, la Iglesia sali� ganando, pues la referida Constituci�n establec�a tambi�n que: "La religi�n del Estado es la Cat�lica Apost�lica y Romana, sin tolerancia de otra alguna."
Por su parte, la vasta libertad de imprenta dio lugar a un buen n�mero de op�sculos y folletines sobre asuntos varios, aunque el papel de la Iglesia y sus derechos y obligaciones result� ser el m�s socorrido. El Polar, El Fantasma, El Nivel y La Palanca, escandalizaron con su anticlericalismo a la poblaci�n conservadora y encontraron pronta respuesta en boletines como Tambi�n los callados suelen hablar, Ya Jalisco perdi� su nivel y Por aqu� rapa el nivel, por all� lo rapan a �l.
Lleg� a perturbar tanto la franqueza de estas publicaciones, en una sociedad que no la hab�a conocido anteriormente, que las autoridades de Guadalajara intentaron en 1826 ponerle cortapisas legales, pero su intento result� fallido hasta que se impuso el centralismo.
El escritor jalisciense de mayores vuelos durante los primeros 25 a�os de vida
independiente fue el franciscano Francisco Frejes, fallecido en el convento
de Guadalupe de Zacatecas en 1847, y autor de la Memoria hist�rica de los
sucesos m�s notables de la conquista particular de Jalisco por los espa�oles,
editada en 1833 y la Historia breve de la conquista de los estados independientes
del Imperio Mexicano, publicada en 1839. En estos libros, por primera vez
en el occidente de M�xico, se denostaba a los conquistadores y enaltec�a a los
ind�genas que hab�an ofrecido mayor resistencia.
