Finalmente, cuando L�pez de Santa Anna arrib� a Guadalajara, procedente de Zacatecas en marzo de 1835, fue recibido con grandes honores por los pudientes citadinos y pudo constatar que el orden conservador imperaba en la capital jalisciense. El centralismo triunfante hab�a desplazado a la Constituci�n de 1824; Jalisco, al igual que los dem�s estados, pas� a depender m�s intensamente del gobierno central.
De conformidad con las Bases Constitucionales promulgadas el 3 de octubre de 1835, la designaci�n de los gobernadores quedar�a en manos del presidente de la Rep�blica, convirti�ndolos as� en subordinados del gobierno central. Asimismo, los congresos estatales se convirtieron en Juntas Departamentales compuestas por s�lo cinco miembros cuya �nica funci�n ser�a la de aconsejar a su gobernador. En Jalisco, ya entronizado Jos� Antonio Romero, �nicamente quedaron seis ayuntamientos.
En junio de 1836, Romero fue integrado al gabinete presidencial y lo sucedi� Antonio Escobedo, quien recibi� las Siete Leyes Constitucionales decretadas en la ciudad de M�xico el 30 de diciembre de ese a�o. Dicho documento dispon�a a�adir el "poder conservador" a los poderes ejecutivo, legislativo y judicial, a efecto de que �ste los regulara. Establec�a, adem�s, que el periodo presidencial tendr�a una duraci�n de ocho a�os en vez de cuatro, en tanto que los estados ser�an ahora departamentos, subdivididos a su vez en distritos y partidos y sin injerencia en el manejo arancelario.
La rebeli�n regionalista sobrevino cuando el presidente Anastasio Bustamante, en agosto de 1841, impuso una contribuci�n de 15% sobre textiles de procedencia extranjera. El general Mariano Paredes Arrillaga, comandante militar de Jalisco, proclam� entonces el llamado Plan del Progreso, que denunciaba el lamentable estado de la naci�n causado por las "peligrosas innovaciones" implantadas por las recientes administraciones, criticaba el referido impuesto y el manejo de la hacienda p�blica, convocaba a un congreso nacional extraordinario que reformara la Constituci�n de 1824 y desconoc�a al presidente Bustamante.
Due�o de la situaci�n en Guadalajara, Paredes Arrillaga form� una Junta de Notables que inclu�a a federalistas y centralistas. Aunque Escobedo fue ratificado como gobernador, prefiri� renunciar dejando su sitio a Paredes, quien design� una nueva Junta Departamental. En septiembre de 1841, Paredes, que hab�a ganado seguidores en el resto del pa�s, sali� a pelear contra Bustamante. El 28 de ese mismo mes se publicaron las Bases de Tacubaya que desconoc�an tambi�n a los poderes nacionales e instaban a reformar la Constituci�n de 1824.
Bustamante se retir�, y Antonio L�pez de Santa Anna le gan� a Paredes el camino a la presidencia de la Rep�blica, por lo que �ste tuvo que conformarse con gobernar Jalisco. Una vez en el poder, Santa Anna lanz� un llamado para instituir un nuevo congreso constituyente, pero en virtud de que �ste se form� por una gran mayor�a de federalistas orden� su inmediata disoluci�n y dispuso la creaci�n de la Junta Nacional Instituyente, compuesta exclusivamente por militares. Fruto de esta junta fueron las Bases Org�nicas de la Rep�blica Mexicana, que no eran otra cosa que las Siete Leyes promulgadas tiempo atr�s con ligeras modificaciones. El nuevo documento fue jurado por los tapat�os el 12 de junio de 1843.
En agosto de 1844, Antonio Escobedo, quien hab�a vuelto a ocupar la gubernatura
de Jalisco, recibi� del gobierno central la orden de contribuir con 150 mil
pesos para la recuperaci�n del territorio texano, disposici�n que provoc� una
nueva insurrecci�n. Paredes Arrillaga la encabez�, ahora en contra de Santa
Anna, quien finalmente fue desterrado. Sin embargo, Paredes tuvo que esperar
todav�a dos a�os m�s para llegar a la presidencia.
