La reducci�n de los ind�genas chichimecas a rancher�as y congregaciones no tuvo gran �xito; dadas las dif�ciles condiciones de convivencia, se fugaban y se reun�an en otros asentamientos en donde hostilizaban a sus vecinos y a los espa�oles. Esto motiv� la urgente fundaci�n de nuevos pueblos y el otorgamiento de mercedes de tierras a espa�oles. Tal es el caso de las mercedes de tierras concedidas en 1605 a Diego Mu�oz cerca de los Peotillos, junto a la sierra de Guaxcam�. Por su parte, en 1606 el capit�n Gabriel Ortiz de Fuenmayor otorg� a los ind�genas de Santa Catarina, en la regi�n del R�o Verde, merced de tierra de tres leguas por cada viento, pero �stos tuvieron que solicitar en repetidas ocasiones el amparo de la justicia para que no se les molestara en la posesi�n de sus tierras y aguas. Sin embargo, como ya se dijo, el sistema que mostr� una mayor efectividad, tanto en el establecimiento pac�fico de nuevas poblaciones de composici�n ind�gena como para prop�sitos evangelizadores, fue el de las misiones.
En 1607, los franciscanos fray Juan Bautista de Mollinedo, guardi�n del convento franciscano de Xich�, y fray Juan de C�rdenas entraron en la regi�n del R�o Verde a evangelizar a los ind�genas. Llegaron al puesto de Santa Catarina, pasaron al de Pinihu�n donde congregaron a algunos ind�genas y les hicieron una capilla de paja para decirles misa. Lo mismo hicieron en Lagunillas; pasaron al Valle del Ma�z donde erigieron convento e iglesia de palizada con barro por ambos lados, blanqueada con cal y techada con paja. Finalmente levantaron el convento y la iglesia de Tula. En Santa Catarina permanecieron de regreso algunos d�as, luego tomaron rumbo al norte hasta el Jaumave y siguieron adelante hasta el Nuevo Reino de Le�n, �ltimo t�rmino del R�o Verde. Entraron en contacto con diversos grupos de ind�genas: alaquines, machipaniquanes, leemagues, pames, mascorros, caisanes, coyotes, guachichiles, negritos, guanchenis, guenacapiles, alpa�ales, pisones, cauicuiles y alacazauis.
Los frailes obtuvieron licencia real para proveer lo necesario para la conversi�n de los indios del R�o Verde, valle de Conc�, Cerro Gordo y Jaumave en marzo de 1612, por c�dula real que expidi� el virrey marqu�s de Guadalc�zar. Se calcul� que habr�a en promedio unas 600 personas. En el Jaumave hab�a una rancher�a de indios de este nombre que gozaban de mucha tierra f�rtil con dos r�os caudalosos, uno a la orilla del pueblo y otro a media legua de distancia llamado Huena Capil.
En 1617 dispuso el marqu�s de Guadalc�zar, vali�ndose del patronazgo real, la fundaci�n del convento e iglesia en el R�o Verde, en donde deb�an asistir dos religiosos de la provincia franciscana de Michoac�n, quienes recibir�an por av�o 150 pesos de oro com�n, 75 fanegas de ma�z, ornamentos, campana, c�lices, patenas, vinajeras, manteles, libro de canto y fierro para hacer hostias. Para empezar a poblar y beneficiar las tierras orden� dar a los indios, por una sola vez, 200 fanegas de ma�z, dos docenas de bueyes, cuatro docenas de rejas de arar, 50 vacas, dos toros, 200 ovejas y 100 cabras. Del reparto se encargar�an fray Juan Bautista Mollinedo y Juan de Porras y Ulloa, capit�n y alcalde mayor de las minas de Xich�.
Durante los meses de julio, agosto y septiembre de 1617, fray Juan Bautista Mollinedo, en presencia de las naciones chichimecas de cada comarca y de los vecinos espa�oles, fund� parroquias, se�al� sus l�mites y dej� ministros en los siguientes lugares. Santa Catarina M�rtir del R�o Verde (1� de julio), San Antonio de las Lagunillas (6 de julio), Nuestra Se�ora de la Presentaci�n de Pinihu�n (8 de julio), San Felipe de Jes�s de los Gamotes (10 de julio), Nuestra Se�ora de la Pur�sima Concepci�n del Valle del Ma�z (15 de julio), San Antonio de Tula (22 de julio), San Juan Bautista del Jaumave (23 de julio), Nuestra Se�ora de los �ngeles del Monte Alberne (29 de julio), Santa Clara (7 de agosto), San Crist�bal del R�o Blanco (8 de agosto), Santa Mar�a Teotl�n (4 de septiembre), San Pedro M�rtir de las Alpujarras (12 de septiembre) y San Juan Tetla del Cerro Gordo (22 de septiembre).
En las d�cadas de 1680 y 1690 fray Mart�n Herr�n trabaj� en la Custodia de Rioverde. Una de las principales tareas a las que se dedic� fue la defensa de los ind�genas contra el abuso de los hacendados espa�oles, quienes invad�an sus tierras, les exig�an servicio personal y, en ocasiones, los vend�an como esclavos en M�xico, Puebla y Quer�taro. Los ind�genas que viv�an en el territorio que cubr�a esta custodia se encontraban en extrema pobreza, al grado de que ni siquiera pod�an cubrir las obvenciones y limosnas. Los religiosos de la custodia recib�an su sustento del real haber.
El 17 de enero de 1692, los franciscanos tomaron posesi�n de la iglesia que los indios hab�an hecho en el paraje de Santa Mar�a, bajo la advocaci�n de Nuestra Se�ora de los Remedios.
En los Montes, cerca del nacimiento del r�o de los Alaquines, se encontraba una poblaci�n compuesta por m�s de mil pames, muchos de ellos huidos de las conversiones vecinas. Ah� se fund� San Jos� de los Montes de los Alaquines el 31 de mayo de 1693.
En la regi�n del Rioverde hab�a pueblos bajo la jurisdicci�n de cuatro justicias distintas: Escanela, al sur, administraba los pueblos de la Barranca, y Conc�, Jalpan y Tancoyol, que depend�an de la provincia de San Agust�n en lo eclesi�stico. El Nuevo Reino de Le�n administraba entre poniente y norte los pueblos de San Antonio, San Crist�bal y San Bernardino, que depend�an en lo eclesi�stico de la provincia franciscana de Zacatecas. La Villa de los Valles administraba la conversi�n de Santa Mar�a Teotatl�n, bajo la jurisdicci�n eclesi�stica de la provincia del Santo Evangelio de M�xico; los pueblos de Valle del Ma�z Tula, Jaumave, Monte Alberne y Santa Clara, con las visitas de San Nicol�s, Nuestra Se�ora de los Remedios, San Jos� de Tanguanch�n, San Andr�s de las Palmillas, San Lorenzo y el Puiyo, todos bajo la jurisdicci�n eclesi�stica de la provincia franciscana de Michoac�n y custodia del Rioverde. A San Luis Potos� correspond�an los pueblos de Santa Catarina del Rioverde, San Juan Tetla, San Antonio de las Lagunillas, la Presentaci�n de Pinihu�n, San Felipe de Jes�s de los Gamotes y San Jos� de los Montes, bajo la jurisdicci�n eclesi�stica de la provincia franciscana de Michoac�n.
A pesar de sus irregularidades, el establecimiento de estas poblaciones, muchas veces al margen de los intereses estrictamente econ�micos de la Corona y, ciertamente, al margen de los intereses de los mas privilegiados, fue sin duda uno de los fundamentos m�s s�lidos tanto de las instituciones como de la naciente sociedad.
