Viendo don Rodrigo Calder�n que iban mal sus negocios, dispuso bien su hacienda, arregl� sus papeles y se retir�a Valladolid. Conspiraban contra �l los palaciegos y se�ores; arreciaba la persecuci�n. Don Rodrigo tuvo varios avisos de que le iban a prender, pero no quiso fugarse; dese� esperar tranquilamente el golpe. Una noche, a la una de la madrugada, llam� a la puerta de su casa la justicia; �l estaba acostado; entr� el juez encargado de prenderle, y don Rodrigo comenz� a vestirse. Dice un bi�grafo, que fue amigo suyo y testigo de todos los sucesos, que estaba don Rodrigo tan turbado que "tard� un cuarto de hora en s�lo ponerse un escarp�n".
Pronto se rehizo el gran pol�tico; ni un solo momento desfalleci� en adelante. De Valladolid lo llevaron preso a Medina del Campo; de aqu�, m�s tarde, a Mont�nchez; luego, de este lugar a Santorcaz. Todos sus bienes le fueron confiscados; no dejaron a sus hijos y a la marqueza d�nde cobijarse. De Santorcaz don Rodrigo fue conducido a Madrid y aprisionado en su misma casa. Con la confiscaci�n todos los muebles hab�an desaparecido; la casa se hallaba desmantelada. La sala en que estaba preso el ministro era especiosa y oscura; continuamente ten�a que haber en ella luz de vela; en la puerta velaba una guardia de vista que se renovaba cada dos horas. All� dieron el tormento a don Rodrigo; le pusieron en el potro, apretaron b�rbaramente los cordeles y esperaron a que el atormentado confesase. No dijo nada don Rodrigo; no exhal� ni un solo lamento; no tuvo ni reproches ni s�plicas. Cuando despu�s le leyeron la sentencia de muerte, la oy� con gran valor. "Bendito se�is, mi Dios dijo; c�mplase en m� vuestra voluntad".
Desde entonces fuese preparando para el trance final. A consecuencia de su prisi�n le hab�a cargado un poco la gota; andaba con muletas, y tra�a tambi�n una venda en el brazo izquierdo, que qued� estropeado del tormento. Com�a muy poco; casi toda la regalada comida que le serv�an mand�bala a los pobres. Hac�a muchas penitencias; llevaba puesto un �spero cilicio.
Lleg� el momento de communicarle la ejecuci�n. El martes 19 de octubre de 1621 fue a medianoche un fraile a verle; llevaba la orden de prepararle. No extra�� la visita don Rodrigo, porque ya otras noches hab�a ido a acompa�arle. El religioso comenz� a hablar de las miserias de la vida."�Qui�n por lo eterno no trocar�a la vida temporal?", dijo. Don Rodrigo manifest� que �l hubiera querido tener no una vida, sino cien mil para darlas por Dios y por los hombres. El fraile replic�: "Pues por esa conformidad, para dar a vuestra se�or�a prendas de su gloria, quiere el mismo Se�or venir ma�ana a darle las gracias". Entendid� don Rodrigo el misterio, se arrodill� delante de un crucifijo y exclam� por tres veces: "Se�or, h�gase en m� vuestra voluntad".
Dos d�as despu�s, el jueves, hab�a de verificarse la ejecuci�n.