Al comenzar 1862, se supo que Francia, España e Inglaterra preparaban una invasión armada a nuestro país por causa de la suspensión de pagos dispuesta por el gobierno. Ogazón se aprestó a organizar un ejército que se sumara a las tropas nacionales; pero a fin de cuentas tuvieron que afiliarse a las de Ramón Corona para salir a pelear contra las huestes de Lozada. Por otra parte, Antonio Rojas rehusó ponerse a las órdenes de José López Uraga. Ogazón pidió entonces auxilio a su colega de Guanajuato, Manuel Doblado, quien asumió el puesto del gobierno estatal en noviembre por indicación del presidente Juárez. Pero tampoco tuvo éxito en poner orden, y dos meses después Ogazón se hizo cargo de nueva cuenta hasta que fue sustituido el 26 de junio de ese mismo año por el general José María Alteaga. Como éste se rodeó de notables ciudadanos, entre ellos Jesús Camarena, Emeterio Robles Gil y Gregorio Dávila, en su inicio fue muy bien aceptado; mas el cúmulo de préstamos forzosos que impuso ante la imperiosa necesidad de allegarse fondos acabó por ganarle el repudio general.
Las tropas francesas finalmente tomaron Puebla, localidad de la que habían sido rechazadas el año anterior, y se posesionaron de la ciudad de México el 10 de junio de 1863. Seis días después, una Junta Superior de Gobierno, compuesta por encumbrados personajes de la capital, determinó que un triunvirato formado por Mariano Salas, Juan N. Almonte y el arzobispo Labastida y Dávalos gobernara provisionalmente la nación. Esta junta dispuso el establecimiento de un régimen monárquico, cuya corona fue ofrecida al archiduque de Austria, Fernando Maximiliano de Habsburgo, quien se presentó en México en junio del año siguiente. Dirigieron toda la maniobra, por instrucciones de Napoleón III, el mariscal Federico Forey, jefe del ejército invasor, y el ministro plenipotenciario de Francia en México, Dubois de Saligny.
Asimismo, sendas divisiones del ejército francés partieron a posesionarse de Morelia y Guadalajara. El mariscal Francisco Aquiles Bazaine y sus huestes arribaron a la capital jalisciense el 6 de enero de 1864. No hubo enfrentamientos porque Arteaga había abandonado previamente la ciudad, pero tampoco se les dio la bienvenida que esperaban los franceses. Incluso el canónigo José Luis Verdía hizo público su repudio con palabras altisonantes.
Aquiles Bazaine organizó de inmediato un gobierno provisional, encabezado por Mariano Morett, y dejó el mando militar a cargo del coronel Garnier, antes de emprender su regreso a México; entre tanto, algunas figuras importantes del estado, como Jesús López Portillo, Juan José Caserta y Vicente Ortigosa, entre otros, decidieron engrosar las filas imperiales. El sur de Jalisco, en cambio, se convirtió en refugio de insumisos; mas, a pesar de contar con militares de renombre, como el mismo gobernador Arteaga y José López Uraga, durante los primeros meses de 1864 no lograron causar mayores problemas a las tropas francesas. Quienes las hostilizaron con ahínco, logrando darles algunos sustos y causarles daños cuantiosos, fueron algunos bandoleros, como el Chino, la Simona Gutiérrez, y el propio Antonio Rojas.
Lozada, entre tanto, cobró mayores bríos en favor de los monárquicos, facilitando que éstos dominaran completamente el camino de Guadalajara a Tepic y San Blas. A cambio, Maximiliano le concedió el grado de general y Napoleón III la condecoración llamada Legión de Honor.
Pero más al norte, en el sur de Sinaloa, Ramón Corona, nombrado por Juárez general en jefe del Ejército de Occidente, logró ponerle freno lo mismo a la pretensión de Lozada de posesionarse del sur de Sinaloa que al ulterior avance de los franceses.
Debido a que López Uraga desertó de las filas liberales a poco de ser nombrado comandante del Ejército del Centro, el presidente Juárez designó, en julio de 1864, a José María Arteaga en su lugar, y éste al general Anacleto Herrera y Cairo como gobernador y comandante militar de Jalisco, cargos que luego recayeron en José María Gutiérrez Hermosillo, quien tuvo que abandonar el estado ante el embate de sus enemigos.
En noviembre de 1864, los pocos jefes que quedaban en la entidad se reunieron en la hacienda de Zacate Grullo, cerca de Autlán, para reorganizarse. Entre ellos estaban Anacleto Herrera y Cairo, Julio García y Antonio Rojas, quienes acordaron una especie de guerra a muerte contra los invasores y todos aquellos que colaborasen con ellos.
A fines de año lograron apoderarse de Ciudad Guzmán y, más tarde, camino de Colima, arrasaron y cometieron infinidad de tropelías por cuanto pueblo pasaban con la finalidad de allegarse dinero y víveres. Mas no lograron su fin. Rojas murió a manos del capitán francés Berthelin en enero de 1865, y poco después Anacleto Herrera y Cairo y Manuel Echegaray terminaron por deponer las armas ante la superioridad del enemigo. De cualquier manera, no faltaron guerrilleros que con sus ataques ocasionales y sorpresivos impidieron a los franceses dominar impunemente toda la ruta de Guadalajara a Manzanillo.
No obstante sus triunfos, la organización administrativa y gubernamental del Imperio en el departamento de Jalisco no lograba establecerse bien, como lo muestra el constante cambio de prefectos habido entre 1864 y 1865. Con la modalidad imperial, el Estado Libre y Soberano de Jalisco se había transformado en varios de los cincuenta departamentos en que se dividió el Imperio Mexicano. Asimismo, se crearon ocho grandes comisarías imperiales. A Guadalajara le correspondió encabezar la cuarta de ellas y Jesús López Portillo quedó al cuidado del desarrollo y la buena administración "de los siete departamentos a su cargo". Otro baluarte del Imperio lo fue el prelado Pedro Espinoza y Dávalos, quien había vuelto a principios de 1864 estrenando el título de arzobispo de Guadalajara, que le había concedido Pío IX para fortalecerlo.
Hacia septiembre de 1865, la legislación imperial se endureció contra los republicanos y castigó con severidad no sólo a quienes peleaban contra las autoridades, sino también a quienes simplemente se negaran a colaborar con las tropas del emperador. A pesar del triunfalismo de El Imperio, el periódico oficial en Jalisco, dicha disposición era un síntoma de que las circunstancias comenzaban a ser mejores para los republicanos, como se hizo patente cuando surgieron problemas en Europa; además, el mal resultado obtenido hasta el momento y lo costoso que estaba resultando la aventura obligaron a los franceses a retirar algunos efectivos de México.
Nuevos pronunciamientos en favor de la República surgieron por doquier, destacando en Jalisco el del coronel Miguel Brizuela, quien se adueñó de la sierra de Tapalpa. A su vez, por disposición de Ramón Corona, algunas partidas comandadas por Donato Guerra, Eulogio Parra y Francisco Tolentino penetraron en Jalisco procedentes de Sinaloa. Favoreció su tránsito el hecho de que Lozada, presintiendo el fin de Maximiliano, proclamó su Acta de Neutralidad y se quedó al margen de los ulteriores acontecimientos.
Una columna de franceses que salió de Guadalajara hacia Ciudad Guzmán para apoyar a la guarnición de este lugar, amenazada por Brizuela, fue interceptada y derrotada completamente por las fuerzas del general Eulogio Parra el 18 de diciembre de 1866, en las inmediaciones de la hacienda de La Coronilla, cerca de Acatlán.
Con este triunfo, los liberales se convirtieron en dueños absolutos del sur de Jalisco y provocaron la huida apresurada de las autoridades imperiales establecidas en Guadalajara. Parra ordenó al general Guadarrama ocupar de inmediato la capital jalisciense y preparar el recibimiento de Ramón Corona, al frente de una tropa ordenada y respetuosa.
Corona nombró gobernador de Jalisco a Antonio Gómez Cuervo, lo cual fue muy
bien recibido en virtud de su reconocida honradez. Mientras tanto, el Ejército
de Occidente se sumó a los sitiadores de Querétaro, donde Maximiliano y sus
principales jefes ofrecieron la última resistencia hasta el 15 de mayo de 1867.
La República quedó así restaurada con base en la Constitución de 1857 y las
Leyes de Reforma, habiendo sido Benito Juárez el orquestador y guía indiscutible
de la gran resistencia nacional.
