Gómez Cuervo emprendió su gestión con ánimo sumamente conciliatorio, pero los problemas se le presentaron en cuanto empezó a tomar en cuenta lo estipulado por la legislación ahora vigente: confirmar la validez de las operaciones de nacionalización y desamortización de las propiedades eclesiásticas efectuadas en 1861 y 1862, asumir el control de los cementerios y prohibirle al clero pedir limosna sin su autorización. En consecuencia, surgieron nuevos brotes de rebeldía, mas la noticia de la captura de Maximiliano y luego de su fusilamiento calmaron los ánimos. Incluso Lozada se manifestó sumiso al gobierno republicano en julio de ese año. Juárez, por su parte, dispuso el 7 de agosto la creación del distrito militar de Tepic, dependiente en forma directa del presidente de la República, con lo cual quedaba Lozada protegido de las arremetidas y venganzas de los dirigentes de Jalisco y apaciguados los secesionistas de Tepic.
El 14 de agosto de 1867 se lanzó la convocatoria para renovar los poderes ejecutivos de la federación, del estado y del Congreso local, lo que dio lugar a la formación de dos grupos principales. Uno de ellos, la Unión Liberal, apoyaba a Ignacio L. Vallarta para gobernador; el otro, conocido como el Club Republicano Progresista, agrupaba a los liberales más identificados con Ramón Corona y sostenía al propio Gómez Cuervo, quien a la postre resultó ganador y tomó formal posesión el 8 de diciembre de 1867.
Gómez Cuervo se manifestó a favor de un desarrollo del comercio y la industria que diera mayor impulso tanto al campo como a la ciudad; prometió castigar severamente a quienes atentaran contra el orden público y criticó con dureza el fanatismo religioso, al que se propuso combatir mediante la creación de una vasta red de escuelas en las que imperara el criterio científico.
En otro ámbito, Benito Juárez fue reelecto como presidente de la República por voto mayoritario del Congreso; pero quedó entre dos bandos antagónicos surgidos de las propias filas liberales: uno encabezado por el mismo vicepresidente Sebastián Lerdo de Tejada y el otro por el general Porfirio Díaz.
En Jalisco, esta situación resultó en favor de la Unión Liberal que no dejó de hostigar a Gómez Cuervo, descalificando en general su política y acusándolo de ser el causante principal del caos hacendario, del bandolerismo y de la miseria reinante. Pidió incluso esta agrupación al Congreso federal que Gómez Cuervo fuera desconocido como gobernador, pero dicha asamblea se declaró incompetente para resolver el caso. No obstante, los ataques no cejaron, encabezados por el propio Vallarta que, primero como diputado federal y luego como ministro de Gobernación, escribió buen número de artículos sobre el tema en El Monitor Republicano de la capital.
A causa del bandolerismo imperante, el Congreso de Jalisco aprobó la pena de muerte a todo aquel que fuera sorprendido en actos delictivos. Esta medida fue bien vista en un principio, pero a largo plazo le acarreó serios problemas al gobierno estatal. El gobernador, por ejemplo, por ordenar su cabal cumplimiento, fue removido y sometido a juicio por el Congreso de la Unión. La oportuna intervención de los partidarios de Gómez Cuervo ante el vicepresidente Lerdo de Tejada y el apoyo que consiguieron de éste ayudaron para que se le exonerara de los cargos y pudiera recuperar su puesto. En consecuencia, el propio Vallarta se vio obligado a renunciar al Ministerio de Gobernación en septiembre de 1868.
Gómez Cuervo se tomó un tiempo para volver; pero en cuanto lo hizo, el 15 de febrero de 1869, se reanudaron los conflictos. Sólo que en esta ocasión se sumaron a los ataques de la Unión Liberal, los alzamientos de Trinidad García de la Cadena contra Juárez en Zacatecas y, a principios de 1870, la revuelta de Eufrasio Carreón en el sur de Jalisco, quien abanderó el Plan de Sayula, que rechazaba al gobernador. Gracias a la actuación del general Sóstenes Rocha, se evitó que García de la Cadena se adueñara de Guadalajara; finalmente fue derrotado por completo cerca de Tamazula, el 22 de febrero de 1870, y Carreón convencido de que aplazara su protesta. Pero nuevos problemas surgieron de inmediato para Gómez Cuervo, pues la nueva legislatura estatal, instalada el 9 de abril de 1870, quedó compuesta mayoritariamente por simpatizantes de Vallarta. Entre otras cosas, a principios de junio, una comisión de diputados le pidió que aclarara las condiciones de las finanzas públicas. Ante la negativa del mandatario, so pretexto de haber terminado el periodo ordinario de sesiones del Congreso, la asamblea procedió a desconocerlo y nombrar en su lugar a Jesús L. Camarena.
Gómez Cuervo hizo caso omiso y se mantuvo adjudicándose facultades extraordinarias, de modo que la discrepancia entre el ejecutivo del estado y los diputados llegó hasta la capital del país en busca de apoyo presidencial. Vallarta y Fermín González Riestra pedían a toda costa la destitución de Gómez Cuervo, mientras que Alfonso Lancaster Jones y José María Vigil lo defendían. Gómez Cuervo continuó en el poder gracias al respaldo que le brindó la gran mayoría de los ayuntamientos del estado, pero su mandato llegó a su fin sin que hubiera lanzado la convocatoria para nuevas elecciones. Aurelio Hermoso —nombrado gobernador interino por el Congreso— designó a Camarena como suplente mientras se celebraba el sufragio, que fue convocado para principios de mayo. Gómez Cuervo, a fin de cuentas, abandonó Jalisco cuando Corona recibió instrucciones de México de que respaldara a Camarena.
En los comicios, la Unión Liberal apoyó a Emeterio Robles Gil, el Club Jalisciense propuso a Rafael Jiménez y el general Ramón Corona y sus seguidores postularon a Ignacio L. Vallarta. Este último resultó electo no sin que se hubiesen presentado algunas irregularidades y hechos violentos durante la votación; no obstante, el 28 de septiembre de 1871 asumió formalmente la gubernatura en una situación muy incierta.
El 8 de noviembre de 1871 Porfirio Díaz se levantó en armas contra Juárez promulgando el Plan de la Noria, el cual encontró muchos adeptos en Jalisco. Al terminar el año, por Atotonilco, Ahualulco y Tototlán había ya grupos en franca rebelión, pero Díaz no pudo convencer al cabecilla Manuel Lozada de que se sumara a su lucha. Gracias a préstamos voluntarios o forzosos de los acaudalados tequileros, el gobierno de Vallarta pudo formar un ejército que, a partir de febrero de 1872, a las órdenes de Ramón Corona, infligió las primeras derrotas a los insurrectos en suelo jalisciense.
Porfirio Díaz se trasladó a Jalisco, donde permaneció oculto en espera de encontrar más seguidores. Se asegura que el Plan de Ameca, promulgado el 3 de abril de 1872 en dicha población, fue obra de él mismo, pues era esencialmente igual al Plan de la Noria. Díaz intentó entonces pactar de nuevo con Lozada, pero el líder indígena no le hizo caso.
Así las cosas, el 18 de julio de 1872 falleció el presidente Benito Juárez y desapareció el motivo principal de la revuelta. Sebastián Lerdo de Tejada asumió el cargo y procedió de inmediato a amnistiar a los rebeldes, con excepción de Díaz, al tiempo que lanzaba la convocatoria para elegir mandatario.
Desde su creación, en 1867, el distrito militar de Tepic había conservado una relativa calma; sin embargo, en agosto de 1868 casi todos los ayuntamientos y pueblos del cantón de Tepic hicieron la petición formal al Congreso de la Unión de separarse de Jalisco y, más tarde, en octubre, una segunda.
Durante 1869, Lozada, quien se había erigido en la mayor autoridad de esa región, se ocupó, junto con su colaborador más cercano, Domingo Nava, de restituir a los indios las tierras que les habían quitado los terratenientes, lo que dio ocasión a que periódicos tapatíos y de la ciudad de México lo atacaran duramente, argumentando que sus acciones eran contrarias a la ley y que pretendía incluso crear la "República de Occidente". Después de la muerte de Juárez, el gobierno federal le retiró su protección y más bien fue azuzado por Lerdo. De manera que, el 17 de enero de 1873, Lozada, a pesar de no estar tan convencido como sus seguidores, lanzó su Plan Libertador en el que conminaba a todos los desposeídos del país a tomar las armas.
El 24 de enero, cinco mil rebeldes se dirigieron rumbo a Mazatlán y tres mil más hacia Zacatecas. Lozada, por su parte, se puso al frente de un contingente mayor y marchó sobre Tequila con miras a tomar Guadalajara.
El general Ramón Corona, máxima autoridad militar en Jalisco, salió a combatir al enemigo y lo venció en un predio conocido como La Mojonera, en Zapopan, el 28 de enero de 1873. También fue derrotada en Rosario la columna que pretendía apoderarse de Mazatlán, y las huestes encabezadas por Dionisio Alamillo se retiraron sin pelear antes de llegar a Zacatecas. El acoso a Lozada esta vez sí tuvo éxito; fue capturado cerca de Tepic el 19 de julio de 1873 y ejecutado poco después.
Aunque los rebeldes del Nayar no se apaciguaron por completo con la derrota de el Tigre de Alica, se pasó a vivir una cierta calma en el resto del estado; de este modo, la atención se centró de nuevo en el gobernador Vallarta y en sus desavenencias con Lerdo de Tejada, quien, por cierto, mantuvo al distrito militar de Tepic separado de Jalisco. Pronto se manifestó también una abierta oposición a las disposiciones hacendarias del gobierno, avivadas por agrias criticas de periódicos tapatíos como La Prensa Libre, Juan Panadero y El Judío Errante.
El problema más serio que enfrentó Vallarta y que lo obligó a solicitar una licencia para separarse temporalmente del cargo, tuvo lugar después de las elecciones de noviembre de 1873 para diputados y alcaldes, cuando fue acusado de fraude y abuso de autoridad ante el Congreso de la Unión. A fin de cuentas, las imputaciones fueron declaradas improcedentes y el mandatario salió fortalecido.
Pero en septiembre de 1874, cuando se publicó la convocatoria para elegir gobernador, las incriminaciones arreciaron. Esta vez se le imputaba haber promovido que Corona dejara la jefatura militar de Jalisco cuando fue nombrado ministro plenipotenciario de México en España. Corona retornó al país diez años después con amplias posibilidades de aspirar a la presidencia de la República, pero a Vallarta sí le afectó que Corona se marchara. Efectuados los comicios con un abstencionismo enorme, resultó electo el vallartista Jesús Leandro Camarena, quien tomó posesión el 1 de marzo de 1875; sin embargo, los lerdistas fueron compensados con la llegada del general José Ceballos, en abril de 1875, como nuevo comandante militar del estado.
Otro enfrentamiento se produjo en diciembre de 1875 cuando llegó el momento de elegir diputados. La junta escrutadora dio el triunfo a los vallartistas, pero los lerdistas, respaldados ahora por Ceballos, argumentaron fraude electoral e instalaron una Cámara paralela. El conflicto llegó hasta los más altos niveles, pero fue relegado por causa de otro pronunciamiento de Porfirio Díaz, en diciembre de 1875, enarbolando el Plan de Tuxtepec. Díaz acusaba ahora a Lerdo de malversar los fondos públicos y pretender perpetuarse en el poder. Reiteraba también que se estableciera el precepto de "No Reelección".
En Jalisco, Donato Guerra respaldó a Díaz en Lagos y Teocaltiche; por tanto, el gobierno federal dispuso que Ceballos declarase en estado de sitio a la entidad y asumiese su mando político, dejando a Camarena y demás vallartistas fuera de la jugada, lo que provocó nuevos alzamientos en favor de los "tuxtepecanos". Tal fue el caso de Pedro A. Galván, en Ahualulco. El gobernador protestó enérgicamente por el atropello en el Senado de la República —restaurado desde 1873—, donde se acordó que tan pronto cesara el problema se nombraría un nuevo dirigente para Jalisco. Mientras tanto, en abril de 1876, las tropas de Donato Guerra fueron derrotadas por completo, Galván fue aprehendido y se sofocó aparentemente la rebelión en la entidad.
Lerdo parecía ser el triunfador, cuando repentinamente José María Iglesias,
presidente de la Suprema Corte de Justicia de la Nación, declaró nulas las elecciones
de octubre de 1876, se proclamó presidente provisional y se encaminó a Guanajuato
para defender desde ahí su causa. Estos acontecimientos originaron una confusión
tal que muchas tropas lerdistas acabaron apoyando la rebelión de Tuxtepec, como
fue el caso del general Francisco Tolentino, en Tepic. Por su parte, García
de la Cadena se puso del lado de Iglesias, mientras Ceballos se mantenía fiel
a Lerdo. Finalmente, el 16 de noviembre de 1876, el ejército del gobierno fue
derrotado en Tecoac, lo que causó la huida del presidente Lerdo de la capital
del país. Ceballos se adhirió entonces a Iglesias, quien se reunió más tarde
con él en Guadalajara, creyendo poder enfrentar aquí al ejército de Díaz. Mas
al ver la superioridad del enemigo, ambos partieron rumbo a Manzanillo para
embarcarse hacia los Estados Unidos. Crispín S. Palomares quedó al frente de
Jalisco, pero Porfirio Díaz le ordenó el 8 de enero que regresara inmediatamente
el mando a Jesús L. Camarena, quien convocó a los diputados y todos juntos reconocieron
a Díaz como presidente provisional de la República. Al mes siguiente se realizaron
elecciones y Díaz resultó formalmente electo para concluir el periodo de cuatro
años que había comenzado el 1 de diciembre anterior.
