En 1880, el territorio de Jalisco estaba dividido en doce cantones, 30 departamentos y 118 municipios, y sus 857 000 habitantes lo hacían el más poblado del país. Poco más de 70% de sus residentes vivían en zonas rurales, dedicados principalmente a la siembra de maíz, frijol y trigo, aunque otros también cultivaban caña de azúcar, algodón, arroz, cebada, chile, tabaco y papa. El agave había adquirido gran importancia, ya que su vino, mezcal o tequila, era cada vez más solicitado, sobre todo a partir de la llamada "fiebre del oro" en la Alta California.
Para el trabajo del campo había mano de obra contratada por los hacendados de manera permanente; pero además se recurría a peones temporales para levantar una determinada cosecha o realizar tareas ocasionales, cuyo sueldo era un poco más alto que el de los fijos. Con la paulatina formación de latifundios, se incrementó el número de campesinos que debían contratarse como peones, lo cual facilitó que los salarios se mantuvieran bajos. Además, debido al abandono en que había quedado la peonada al suprimirse las cofradías, los patrones pudieron ejercer un mayor control con un mínimo de protección.
Durante esta época la acumulación de tierras no fue general en la entidad. En la zona norte, por ejemplo, en Bolaños y Totatiche principalmente, predominaban las pequeñas propiedades debido a la difícil comunicación y al escaso atractivo de sus tierras. En el centro, en cambio, mejor comunicado y con muchos más habitantes, el latifundismo y el trabajo asalariado terminaron imponiéndose. A ello se sumó que las técnicas agrícolas eran más avanzadas en esta región.
Hacia 1880 la estructura agrícola e industrial de Jalisco se componía de 487 establecimientos, entre molinos de trigo y caña, destiladoras de aguardiente y mezcal, y fábricas de jabón y otros productos, cuyo mayor número se concentraba en el cantón de Guadalajara.
Las plantas textiles, que se habían instalado después de 1840, fueron sufragadas por comerciantes recientemente enriquecidos. De las diez fábricas de hilados y tejidos, destacaban por su rendimiento La Escoba y Atemajac, en los contornos de Guadalajara; y Bellavista y Jauja, en las inmediaciones de Tepic.
Aunque la mayoría de las minas seguían abandonadas, su actividad había repuntado ligeramente gracias a los yacimientos de Mascota, Etzatlán, Hostotipaquillo, El Cuale y Santo Tomás. Bolaños, otrora centro de primera importancia, se había venido abajo a causa de un incendio ocurrido en 1844, por lo que ahora sólo funcionaban las minas de Barranco y Tepic.
El comercio padeció una marcada decadencia por la guerra. El bandidaje que sobrevino después de ésta, el pésimo estado de los caminos y el acaparamiento de la moneda por los ricos comerciantes complicaron aún más la vida económica a partir de 1867.
Con la finalidad de promover el comercio, se dispuso la reorganización de la
feria de San Juan, que se había suspendido en 1857. Asimismo, se determinó la
celebración de otras en La Barca, Lagos y en la capital de Jalisco, lo cual
contribuyó a que, hacia 1873, se pudiera observar una relativa mejora general.
Un obstáculo que enfrentó el comercio en el estado fue el exceso de impuestos
y alcabalas. Además, el gobernador Vallarta tuvo que poner en vigor, a principios
de 1872, un decreto del gobierno federal que imponía la Ley del Timbre en vez
del papel sellado, lo que acarreó un aumento en las contribuciones y mayor injerencia
de la federación en los asuntos financieros particulares del estado. El popular
periódico tapatío Juan Panadero dio cuenta de un buen número de artesanos
y pequeños comerciantes que tuvieron que cerrar sus establecimientos debido
a la excesiva carga tributaria.
