El Nuevo Reino de León, en lo administrativo, dependía del virreinato de México y de la Real Audiencia de la misma ciudad. En lo espiritual, del obispado de Guadalajara. La enorme distancia a la capital y la falta de comunicación hacían que la administración fuese lenta y que los asuntos graves recibieran atención cuando ya no era necesaria.
Hubo el propósito de crear para las provincias del norte otro virreinato. El oidor Juan Picado Pacheco lo propuso en 1719, pero la idea no fue realizada entonces. Muchos años más tarde, en 1776, a propuesta del visitador José de Gálvez, fue creado un sistema administrativo para las que se llamaron Provincias Internas. Éstas comprendieron: Sonora, Sinaloa, las Californias, la Nueva Vizcaya, Coahuila, Nuevo León, Tamaulipas, Texas y Nuevo México. La sede del comandante general (el primero fue don Teodoro de Croix) estuvo en Arizpe, Sonora. La medida no dio buen resultado, hubo necesidad, en 1787, de dividirlas en dos grupos, y, para distinguirlas, fueron llamadas de Oriente y de Occidente. Coahuila, Nuevo León, Tamaulipas y Texas formaron las de Oriente, y, al ser establecido el sistema de intendencias, en 1786, quedaron incorporadas en la de San Luis Potosí. Con este nuevo modo de gobierno desaparecieron las alcaldías mayores. En las poblaciones hubo a partir de entonces tenientes y jueces subdelegados.