En los años en que los españoles de la provincia de Culiacán a duras penas lograban sobrevivir, desde el centro de la Nueva España había surgido otro movimiento de expansión hacia el norte. El motivo fue que en Zacatecas se habían descubierto muy ricos yacimientos de plata (1546), por lo que pronto se pobló esa ciudad y un amplio territorio entre ella, México y Guadalajara. Un rico vizcaíno llamado Diego de Ibarra, quien hizo su fortuna en Zacatecas con las minas y la ganadería, reclutó un considerable ejército, bien armado, lo puso bajo el mando de su sobrino el joven Francisco de Ibarra y lo envió hacia el norte en 1554 con la misión de explorar la tierra, descubrir minas, fundar villas y evangelizar a los indios. Durante ocho años el joven capitán recorrió los territorios que hoy forman el estado de Durango y logró consolidar su poblamiento, por lo que fue nombrado gobernador de ese nuevo dominio español al que pusieron por nombre Reino de la Nueva Vizcaya y tuvo por capital la villa de Durango. Este reino nació al amparo del grupo político que dominaba en la Nueva España y fue creado, entre otros objetivos, para cercar a la Nueva Galicia por el oriente e impedir su expansión. Los dos grandes adversarios, Hernán Cortés y Nuño de Guzmán, ya habían desaparecido del ambiente político, pero sus respectivos sucesores alimentaron por mucho tiempo la rivalidad entre la Nueva España y la Nueva Galicia.
En el año de 1564, el ahora gobernador Francisco de Ibarra, con 100 soldados españoles e indios auxiliares, cruzó la sierra de Topia y descendió a la provincia de Culiacán. De la villa de San Miguel partió hacia el norte sin que los indios cahitas opusieran resistencia, llegó al sitio donde estuvo la villa de San Jerónimo de los Corazones con ánimo de castigar a los indios que mataron españoles, pero se abstuvo de hacerlo cuando se enteró de que la causa de la destrucción de la villa habían sido los propios soldados que Vázquez de Coronado dejara como pobladores, quienes habían matado indígenas y violado a sus mujeres. Francisco de Ibarra volvió al sur y al llegar al Río Fuerte fundó la villa de San Juan Bautista de Carapoa en algún punto que desconocemos. Creó, al menos de nombre, la provincia de Sinaloa, nombró a Pedro Ochoa Garrapa como alcalde mayor y repartió generosas encomiendas de indios mayos y yaquis a los soldados que quedaron como pobladores. Después volvió a la provincia de Culiacán para reforzar su ejército y emprender la reconquista de Chametla. La fundación de la provincia de Sinaloa y de la villa de San Juan Bautista de Carapoa tenía por objetivo implantar el dominio español sobre los cahitas y anexar su territorio al Reino de la Nueva Vizcaya; sin embargo, los encomenderos no pudieron obligarlos a pagar tributo ni a prestar servicios personales a los españoles, y en cambio lograron irritar a los indios por lo que, ante la amenaza de algún hecho violento, los pobladores prefirieron volver a Culiacán.
Francisco de Ibarra tuvo mejor fortuna en la reconquista de Chametla que en la provincia de Sinaloa, pues consiguió vencer a los indios xiximes y descubrió importantes minas de plata en Copala, Pánuco, Maloya y San Marcial. En 1565, fundó la villa de San Sebastián (hoy Concordia) para que fuera cabecera de la provincia, que ahora se llamaría San Sebastián y sería parte del Reino de la Nueva Vizcaya. El poblamiento de San Sebastián fue más duradero porque el gobernador hizo inversiones para trabajar las minas, lo que atrajo a pobladores españoles de otros lugares. El principal problema de éstos en la provincia de San Sebastián fue la falta de trabajadores indígenas. Francisco de Ibarra murió en el mineral de Pánuco, en 1575, a la edad de 36 años.
La expedición de Francisco de Ibarra tuvo consecuencias en la delimitación política de los territorios del noroeste, ya que quedó establecido que la provincia de Sinaloa, limitada al sur por el Río Mocorito y sin límites por el norte, pertenecía al Reino de la Nueva Vizcaya; la provincia de San Sebastián también fue incorporada al reino. Ibarra también logró poner otro límite, por el norte, a la expansión de la Nueva Galicia, y dejó a la provincia de Culiacán separada por tierra del reino al que pertenecía, aunque la Audiencia de Guadalajara reclamó por mucho tiempo la posesión de Chametla por haber sido conquista de Nuño de Guzmán.
