La Iglesia católica fue una parte muy importante en la organización social y política del imperio español, y en no pocas ocasiones desempeñó también funciones económicas. El gobierno español impulsó la organización de la Iglesia en los territorios colonizados, tanto entre los indios como entre los pobladores no indígenas. Durante el siglo XVI fue muy débil la organización eclesiástica en el noroeste y sólo hasta la última década llegaron los jesuitas a fundar las misiones. En estas provincias el firme establecimiento de la Iglesia aconteció en el siglo XVII tanto entre los indios por medio de las misiones como entre los colonos por medio de las parroquias.
El responsable de la organización y funcionamiento de la Iglesia entre la población no indígena era el obispo de la jurisdicción. Al principio, las provincias del noroeste pertenecieron al Obispado de Guadalajara que, además de la Nueva Galicia, comprendía los territorios del norte de Nueva España; era tal la extensión de la diócesis que el obispo poco podía hacer para administrarla. Al fin de aminorar el problema, en 1620, el papa aprobó la erección del obispado de Durango, que de hecho fue establecido el año siguiente cuando llegó a la ciudad de Durango el obispo Gonzalo de Hermosillo y Rodríguez. Las provincias del noroeste quedaron incluidas en esta diócesis, incluso Culiacán, aunque en lo político siguiera dependiendo de la Nueva Galicia.
Para la administración eclesiástica el territorio se dividía en parroquias a cargo de un cura párroco, cuya principal función era prestar servicios espirituales a la población de su territorio parroquial, exceptuando a los indios de misión.
En la provincia de Sinaloa, los misioneros jesuitas ejercieron funciones de párrocos de los colonos, y sólo hasta 1685 se creó la parroquia de Álamos para la atención de la ya crecida población del real de minas. En la villa de San Miguel de Culiacán hubo un cura párroco desde el siglo XVI y continuó durante el XVII. En la parte serrana de la provincia de Culiacán los misioneros jesuitas atendían a los colonos, y en 1602 se erigió la parroquia de Cosalá. En las tres provincias de Copala, Maloya y El Rosario hubo por años una sola parroquia en la villa de San Sebastian, cuyo párroco y sacerdotes auxiliares visitaban las comunidades de la zona. Más tarde, en 1660, se creó la parroquia de El Rosario. Aunque formalmente quedó establecida la iglesia diocesana, de hecho su presencia entre los colonos fue débil, debido a los pocos clérigos y a la dispersión de las comunidades que debían atender.
