El desempeño de la industria zacatecana fue aún más pobre que el de otras actividades económicas. En términos generales, siguió siendo predominantemente artesanal, de dimensiones modestas y funcionamiento intermitente, limitado con frecuencia a la fabricación por encargo de productos de consumo directo. Salvo en casos excepcionales, la producción manufacturera se mantuvo muy vinculada a las actividades agrícolas y ganaderas, y en ocasiones se localizaba incluso físicamente en las haciendas de cuyos insumos dependía.
Algunos establecimientos escapaban, por sus dimensiones o su importancia en la producción total del estado, de este cuadro general. Hacia 1896 existían en la capital de Zacatecas una fundición, una fábrica de pólvora y dos molinos de trigo. En Guadalupe funcionaba una importante fábrica textil que hacia finales de los ochenta utilizaba fuerza de vapor, empleaba 120 trabajadores y fabricaba mantas, pabilo, frazadas y jerga por un valor total de 30 000 pesos. Además existían en otros partidos del estado 23 molinos de trigo, cuatro tabaquerías, 16 trapiches, 18 fábricas de mezcal y una de tequila. Los propietarios de estos establecimientos eran casi siempre mexicanos, en su gran mayoría nativos de Zacatecas, residían cerca de sus negocios y por lo general se encargaban personalmente de su administración.
Con excepción de unos cuantos establecimientos, la industria zacatecana no parece haber operado en estos años bajo criterios empresariales modernos que procuraran la maximización de las ganancias o la ampliación de la producción. Es probable que las dimensiones y escasa elasticidad del mercado tampoco lo hubieran tolerado. La comercialización de los productos se restringía generalmente a los partidos en que ellos se elaboraban y, a juzgar por los datos que poseemos, casi nunca rebasaban las fronteras del estado.
El desarrollo industrial de la entidad tampoco recibió el impulso que se esperaba tras la creación del Banco de Zacatecas en 1891. La estrechez de los mercados y la ausencia de una política de promoción a la industria en el nivel estatal son algunos de los factores que, dificultaron su desarrollo, Pero, en última instancia, es probable que la industria minera, causa del bienestar de Zacatecas durante tantos años, fuera la que, a partir de cierto momento, haya representado uno de los obstáculos que más severamente distorsionaron el aparato productivo y lo condenaron a la monoproducción.